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Created Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

tools/align.cpp pour génération de matrice de distance

Coucou Marc,

Suite à notre discussion de ce matin, je te propose donc de transformer tools/align.cpp (sur branche c++11-new) pour avoir une option pour pouvoir comparer 2 à 2 toutes les séquences d'un fichier fasta et sortir la matrice avec le code qui existe pour cela.

(Pour l'instant, il compare 2 séquences dans un fichier fasta, c'est plus un couteau suisse pour vérifier/tester nos procédures d'alignement.)

Les options sont gérées de manière magique par docopt.h : http://docopt.org/ https://github.com/docopt/docopt.cpp Si tu as besoin d'explications, n'hésite pas.

(à terme, cgi/align.cpp sera aussi juste une sortie de tools/align.cpp)


Euh… docopt ? « Note that GCC-4.8 will not work due to its missing the regex module. »

On n'est pas en train de dire qu'il faut installer gcc 4.8 partout ?


Discussion docopt mise aussi dans "refactorer options vidjil.cpp".

Pff... désolé je n'avais pas vu la dépendance, je ne sais pas pour tools/align.cpp. C'est un composant serveur, est-ce gênant ? (sur rbx, cela compile avec g++-4.9).


@magiraud @duez

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