Format de germlines/*.g pas suffisamment souple
Dans germlines.data on a deux entrées pour TRA+D mais en fait l'une va écraser l'autre. D'autre part on a TRD+ qui est défini comme : "5": ["TRDV.fa", "TRDD2-01.fa"], "3": ["TRDJ.fa", "TRDD3-01.fa"] mais cela inclut le réarrangement TRDV/TRDJ qui doit être géré par ailleurs (avec un TRDD au milieu).
Bref on veut définir plusieurs listes de gènes "5", "4" et "3" au sein d'une même entrée. "possible_recombinations": { { "5" : ["TRDV.fa"], "3" : ["TRDD3-01fa"]}, { "5" : ["TRDD2-01.fa"], "3" : ["TRDD3-01.fa", "TRDJ.fa"]}, etc. }
Si on le fait, cela évitera de plus de répéter les shortcut/color/description (et "recombinations" suffira)
Mais cela veut dire que tout le monde a les même "parameters". C'est loin d'être évident entre un Dd2-Dd3 et un Vd-Dd2 (même si le up/downstream aide).
On pourrait aussi enlever le "follows", cela avait un sens avant dans l'algo, plus maintenant. Ou alors le renommer en un truc type "family" ou "locus".
d9350010. On verra plus tard pour question de "parameters"