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Attention une mise à jour du service Gitlab va être effectuée le mardi 07 février entre 13h30 et 14h00. Cette mise à jour va générer une interruption du service dont nous ne maîtrisons pas complètement la durée mais qui ne devrait pas excéder quelques minutes (habituellement de l'ordre de trois minutes).

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  • #1581
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Issue created Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Tailles de fenêtres différentes selon les locus

Mikaël : "pourquoi ne pas mettre la taille de la fenêtre dans Germline et avoir des tailles différentes selon les germlines ? Je ne vois pas pourquoi TRG et IGH (par exemple) devraient nécessairement avoir la même taille de fenêtre."


Ce serait un rétro-pédalage depuis le -w 50 (mais c'est possible, et plus pertinent de changer selon la germline que selon l'option multi ou pas)

Les raisons (peut-être mauvaises) qui avaient poussé à un -w unique :

  • on souhaite pouvoir comparer IGH et IGH+
  • et TRD avec TRD+, avec VdJa, avec TRA -> par transitivité TRA avec TRD, alors que VJ et VDJ mais est-ce vraiment important ? deux fenêtres IGH et IGH+ n'ont de toute façon rien à voir ensemble...

... et si on resplite un clone, on aura des tailles de fenêtres encore différentes à l'intérieur d'un même locus...


@magiraud @mikael-s

Edited Apr 10, 2018 by Mikaël Salson
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