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Created Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Envoyer des clones à BLAST

Il faudrait un bouton "Blast" à côté de "IgBlast". En particulier lorsqu'on récupère des reads "xxx", on veut savoir ce qu'il y a dedans.

Mikaël, tu as l'air d'utiliser souvent Ensembl, le génome browser est joli et cela fait européen. Peux-tu regarder, ou au moins dire quelles options tu utilises ?


J'avais regardé ils ont une API mais pas pour lancer Blast il faudra passer par la simulation de formulaire aussi. http://www.ensembl.org/Multi/Tools/Blast?db=core

J'utilise les options par défaut. Le hic (petit, mais quand même), c'est que les séquences sont cherchées sur l'humain par défaut. Pour la souris ou le rat… il faudrait changer.


ok... il n'y a plus qu'à trouver un volontaire pour faire cela (crossDomain.js / segmenter.js) :-)

Dans un premier temps, si l'humain fonctionne, c'est déjà cela (est-ce que la souris et le rat fonctionnent sur IMGT et IgBlast ?)


utiliser aussi les fonctions exportFasta du modèle ?


Fait. J'ai utiliser l'API, et mis les paramètres de bases.


Bien. Chez moi cela fonctionne... mais pour un clone.


@flothoni

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