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  • #1445

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Opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Scatterplot en clone/CDR3 length n'est pas réparti par système

Je ne sais pas si c'est lié, mais lorsqu'on utilise cette vue et qu'on désélectionne tous les systèmes, la resélection des systèmes ne fonctionne pas (on ne voit plus l'ensemble des clones).


Euh, reproductible ? Quel jeu de données ?


Concernant le titre : j'ai cru comprendre par la suite que c'était une fonctionnalité. Mais je pense quand même qu'on a envie de voir les choses par système et ça ne fait pas forcément sens de regarder les longueurs des clones tous systèmes mélangés (pareil pour la longueur du CDR3). Du coup pour différencier les systèmes on est obligé de les colorer par système mais ça enlève la possibilité de les colorer par autre chose (et la coloration par V ou par J ne colore que pour un système, ce qui limite aussi l'intérêt).

Concernant le commentaire : non plus de problème


Pour CDR3 length, effectivement, j'imagine qu'ils regardent locus par locus.

Par contre, pour clone length (quand cela fonctionne, pas reads toutes de la même taille), cela ressemble fortement à leur genscan, y compris avec plusieurs locus.

En fait, on peut toujours avoir ce qu'on veut en choisissant les locus en haut à gauche... mais c'est dommage qu'on ne puisse pas avoir cette fonctionnalité dans le grid / bar quand on voit les locus.


@nobody

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Reference: vidjil/vidjil#1445