Heuristique i.0 : être capable d'inférer des germlines "inconnus" (#1400) · Issues · vidjil / vidjil

Heuristique i.0 : être capable d'inférer des germlines "inconnus"

Suite à la discussion en janvier à Necker. On voudrait segmenter des séquences... à la découverte de ce qu'on ne connaît pas. But : 100% des reads ont une explication, TOO_SHORT, ou sinon on dit ce qu'il y a dedans.

Cas relativement simple : +V+V+V+V+V+V+V__________________________ À distinguer du cas TOO_FEW_J / trop court. Ici, c'est probablement autre chose, et on pourrait extraire une fenêtre centrée sur la fin du V
Et cas plus dur : idem... sans les +V. Bref, être capable de deviner le point de jonction... on se souvient de ce qui avait été fait avec David. On pourrait tout à fait rentrer cela dans le Vidjil actuel : avoir un CountSegmenter qui prédit un point de cassure... (Question subsidiaire : que donne CRAC si on lui donne un jeu de reads V(D)J ?)

Séquences de Prague, sur rbx, collegues/pragues/IGH-UNSEG.affects Il y a des trop petits... mais il y a aussi d'autres choses...

Si on infère des choses bizarres, il faudra mettre des checks sur la representative et/ou de gros warnings partout (on est pas sûr que la fenêtre est pertinente, qu'autour c'est pareil...)

b9994d1 et 196acbc Sur Pee (217, Rennes)

-g -i : 48% (110s)
après max12: 85%
après sortLeftRight : 99.1% (42s, car pas de -i)

http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=1442&custom=1443&custom=1568&custom=1569& À gauche, multi+inc, à droite, multi+xxx.

Changements légers ce matin, marche avec -i, pas segmenté si < 5 kmers (DETECT_THRESHOLD) http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=1442&custom=1585&custom=1443&custom=1586&

ok pour "xxx"... mais il faudrait pouvoir avoir des choses plus méchantes, en devinant des germlines (à la David ?)

12bcb3cc: MAX1U, -4. Modèle de proba à discuter ensemble, pour l'instant c'est trop méchant.

@magiraud @mikael-s

Suite à la discussion en janvier à Necker.
On voudrait segmenter des séquences... à la découverte de ce qu'on ne connaît pas. But : 100% des reads ont une explication, TOO_SHORT, ou sinon on dit ce qu'il y a dedans.

1) Cas relativement simple :
    +V+V+V+V+V+V+V__________________________
À distinguer du cas TOO_FEW_J / trop court. Ici, c'est probablement autre chose, et on pourrait extraire une fenêtre centrée sur la fin du V

2) Et cas plus dur : idem... sans les +V. Bref, être capable de deviner le point de jonction... on se souvient de ce qui avait été fait avec David. On pourrait tout à fait rentrer cela dans le Vidjil actuel : avoir un CountSegmenter qui prédit un point de cassure... (Question subsidiaire : que donne CRAC si on lui donne un jeu de reads V(D)J ?)
***
Séquences de Prague, sur rbx, collegues/pragues/IGH-UNSEG.affects
Il y a des trop petits... mais il y a aussi d'autres choses...
***
Si on infère des choses bizarres, il faudra mettre des checks sur la representative et/ou de gros warnings partout (on est pas sûr que la fenêtre est pertinente, qu'autour c'est pareil...)
***
b9994d1 et 196acbc
Sur Pee (217, Rennes)
   - -g -i : 48% (110s)
   - après max12: 85% 
   - après sortLeftRight : 99.1%  (42s, car pas de -i)

Attention, est-on sûr de ce qu'on trouve ? Les longueurs des représentatives ont l'air plutôt bonnes, mais il faudrait quelque chose pour en être plus sûr et vérifier qu'on ne clustérise pas des bouts de V.
***
http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=1442&custom=1443&custom=1568&custom=1569&
À gauche, multi+inc, à droite, multi+xxx.
***
Changements légers ce matin, marche avec -i, pas segmenté si < 5 kmers (DETECT_THRESHOLD)
http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=1442&custom=1585&custom=1443&custom=1586&
***
ok pour "xxx"... mais il faudrait pouvoir avoir des choses plus méchantes, en devinant des germlines (à la David ?)
***
12bcb3c: MAX1U, -4. Modèle de proba à discuter ensemble, pour l'instant c'est trop méchant.
***
@magiraud @mikael-s

Discussion
Designs

The one place for your designs

To enable design management, you'll need to meet the requirements. If you need help, reach out to our support team for assistance.