Algo multi-système 1.9, faire passer les tests, k-mers ambigus
Il n'y a finalement très peu de tests en multi-système. Faire un fichier avec des reads devant être segmenté un peu partout.
Branche multi, b5fa7e8, le test est fait... reste à le faire passer :)
Solutions possibles :
- monter DETECT_THRESHOLD
- graines plus longues
- k-mots communs interdits : une manière simple serait de faire une fonction IKmerStore::remove (ou annihilate, ou ...) qui supprime de l'index les k-mers du fasta donné.Sur l'index TRG, on appellerait remove(IGH), remove(IGK)...
On voit cela plus tard, peut-être en janvier, avec k-mers communs et index commun ou pas.
Solution proposée :
- k-mots communs interdits : une manière simple serait de faire une fonction IKmerStore::remove (ou annihilate, ou ...) qui supprime de l'index les k-mers du fasta donné.Sur l'index TRG, on appellerait remove(IGH), remove(IGK)...
- (et idéalement, l'avoir aussi à distance 1)
- C'est relativement facile à faire
- Cela permet, dans notre code actuel, d'être quasiment fonctionnellement équivalent à ce qu'on sera quand on aura au début du seul index/automate.
- Fonctionnellement, car on sera toujours beaucoup plus long.
- et 'au début', car après l'automate permettrait de partir dans des graines bien plus différentes par V/J