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  • #1230

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Created Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

FineSegmenter : refuser de segmenter si cela n'est pas joli

Maintenant qu'on peut considérer plusieurs germlines, attention à ne pas autoriser n'importe quelle segmentation

Le KmerSegmenter est déjà bien stringeant. (et donc, quand "-c clones", le "bon" germline est passé au FineSegmenter)

Le FineSegmenter, lui, accepte trop facilement de segmenter quelque chose qui n'a rien à voir, et cela se voit sur le "-c segment" (il va segmenter en TRG alors qu'il devrait attendre l'IGH qui est derrière). Replonger dans les scores / positions de dynprog...


Priorité remontée. Voir en particulier les données du 27 novembre (Cas IGH)


Necker 23 décembre (patient 94). Peut-être faire remonter aussi, pour la representative de chaque clone, le score de Kmer/FineSegmentation, et mettre un warning dans la liste des clones aux clones bizarres


Évoqué aussi par Yann le 10 février, pour une séquence dont le D ne faisait... qu'un nucléotide !


D: 4da08e22, au moins 5 bases au premier passage (cela pourrait être amélioré, certes, là c'est score-indépendant)


Échange de mails avec Marine : une fin de V avec seulement 10 nucléotides.


a710c4ae Pour l'instant, c'est juste une vérification qu'il y a au moins 10 matches. A améliorer avec un vrai calcul de p-valeur/e-valeur.


#1231 (closed), #1232 (closed)


@magiraud @mikael-s

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