Rule systems versus ODE
Biocham promeut l'écriture de modèles de règles (haut niveau), i.e. réactions avec cinétiques et/ou influences avec forces, et en dérive notamment des systèmes d'ODE (bas niveau) entre nombreuses autres interprétations. A l'inverse on peut associer une infinité de de modèles de règles à un système d'ODE. La fonction d'import de modèles ODE en choisit un, et est à revoir pour le traitement des règles mal formées. Mais en aucun cas, les systèmes d'ODE doivent être présentés à l'utilisateur comme un modèle, tout au plus une spécification de fonction pour la synthèse de modèles de règles. Plusieurs commandes ou implémentations sont à revoir, par exemple check_polynomiality dans models.pl n'a pas sa place comme commande Biocham, mais check_mass_action_law oui (pour reaction kinetics comme pour infuence forces)