Adding equilibrated regularization

compute_displacement_error.py

 #coding=utf8
 
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-### Created by Martin Genet, 2016-2017                               ###
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-### École Polytechnique, Palaiseau, France                           ###
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+### Created by Martin Genet, 2016-2017                                       ###
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+### École Polytechnique, Palaiseau, France                                   ###
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+################################################################################
 
 import dolfin
 import glob
@@ -17,7 +17,7 @@ import myVTKPythonLibrary as myvtk
 
 import dolfin_dic as ddic
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 def compute_displacement_error(
         sol_folder,

compute_displacements.py

 #coding=utf8
 
-########################################################################
-###                                                                  ###
-### Created by Martin Genet, 2016-2017                               ###
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-### École Polytechnique, Palaiseau, France                           ###
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+### Created by Martin Genet, 2016-2017                                       ###
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+### École Polytechnique, Palaiseau, France                                   ###
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+################################################################################
 
 import dolfin
 import glob
@@ -18,7 +18,7 @@ import myVTKPythonLibrary as myvtk
 
 import dolfin_dic as ddic
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 def compute_displacements(
         sol_folder,

compute_quadrature_degree.py

 #coding=utf8
 
-########################################################################
-###                                                                  ###
-### Created by Martin Genet, 2016-2017                               ###
-###                                                                  ###
-### École Polytechnique, Palaiseau, France                           ###
-###                                                                  ###
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+### Created by Martin Genet, 2016-2017                                       ###
+###                                                                          ###
+### École Polytechnique, Palaiseau, France                                   ###
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+################################################################################
 
 import dolfin
 import numpy
@@ -16,7 +16,7 @@ import myVTKPythonLibrary as myvtk
 
 import dolfin_dic as ddic
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 def compute_quadrature_degree_from_points_count(
         image_filename,
@@ -79,7 +79,7 @@ def compute_quadrature_degree_from_points_count(
 
     return degree
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 def compute_quadrature_degree_from_integral(
         image_filename,

compute_strains.py

 #coding=utf8
 
-########################################################################
-###                                                                  ###
-### Created by Martin Genet, 2016-2017                               ###
-###                                                                  ###
-### École Polytechnique, Palaiseau, France                           ###
-###                                                                  ###
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+### Created by Martin Genet, 2016-2017                                       ###
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+### École Polytechnique, Palaiseau, France                                   ###
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+################################################################################
 
 import dolfin
 import glob
@@ -17,7 +17,7 @@ import myVTKPythonLibrary as myvtk
 
 import dolfin_dic as ddic
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 def compute_strains(
         sol_folder,

compute_unwarped_images.py

 #coding=utf8
 
-########################################################################
-###                                                                  ###
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+###                                                                          ###
 ### Created by Martin Genet, 2012-2016                               ###
-###                                                                  ###
+###                                                                          ###
 ### University of California at San Francisco (UCSF), USA            ###
 ### Swiss Federal Institute of Technology (ETH), Zurich, Switzerland ###
-### École Polytechnique, Palaiseau, France                           ###
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+### École Polytechnique, Palaiseau, France                                   ###
+###                                                                          ###
+################################################################################
 
 import glob
 import numpy
@@ -19,7 +19,7 @@ import myVTKPythonLibrary as myvtk
 
 import dolfin_dic as ddic
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 def compute_unwarped_images(
         images_folder,

compute_warped_images.py

 #coding=utf8
 
-########################################################################
-###                                                                  ###
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+###                                                                          ###
 ### Created by Martin Genet, 2012-2016                               ###
-###                                                                  ###
+###                                                                          ###
 ### University of California at San Francisco (UCSF), USA            ###
 ### Swiss Federal Institute of Technology (ETH), Zurich, Switzerland ###
-### École Polytechnique, Palaiseau, France                           ###
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+### École Polytechnique, Palaiseau, France                                   ###
+###                                                                          ###
+################################################################################
 
 import glob
 import numpy
@@ -19,7 +19,7 @@ import myVTKPythonLibrary as myvtk
 
 import dolfin_dic as ddic
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 def compute_warped_images(
         ref_image_folder,

compute_warped_mesh.py

 #coding=utf8
 
-########################################################################
-###                                                                  ###
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+###                                                                          ###
 ### Created by Martin Genet, 2012-2016                               ###
-###                                                                  ###
+###                                                                          ###
 ### University of California at San Francisco (UCSF), USA            ###
 ### Swiss Federal Institute of Technology (ETH), Zurich, Switzerland ###
-### École Polytechnique, Palaiseau, France                           ###
-###                                                                  ###
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+### École Polytechnique, Palaiseau, France                                   ###
+###                                                                          ###
+################################################################################
 
 import numpy
 import os
@@ -19,7 +19,7 @@ import myVTKPythonLibrary as myvtk
 
 import dolfin_dic as ddic
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 def compute_warped_mesh(
         mesh_folder,

generate_images.py

 #coding=utf8
 
-########################################################################
-###                                                                  ###
-### Created by Martin Genet, 2016-2017                               ###
-###                                                                  ###
-### École Polytechnique, Palaiseau, France                           ###
-###                                                                  ###
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+### Created by Martin Genet, 2016-2017                                       ###
+###                                                                          ###
+### École Polytechnique, Palaiseau, France                                   ###
+###                                                                          ###
+################################################################################
 
 import glob
 import math
@@ -20,7 +20,7 @@ import myVTKPythonLibrary as myvtk
 
 import dolfin_dic as ddic
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 #class ImagesInfo():
     #def __init__(self, n_dim, L, n_voxels, n_integration, T, n_frames, data_type, images_folder, images_basename):
@@ -94,7 +94,7 @@ import dolfin_dic as ddic
     #def __init__(self, type, **kwargs):
         #self["type"] = type
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 class Image():
     def __init__(self, images, structure, texture, noise):
@@ -262,7 +262,7 @@ class Image():
         i[0] += random.normalvariate(self.avg, self.std)
         #if (g is not None): g[k] += [2*random.normalvariate(self.avg, self.std) for k in xrange(len(g))]
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 class Mapping:
     def __init__(self, images, structure, deformation, evolution):
@@ -484,7 +484,7 @@ class Mapping:
             #F[:] = numpy.dot(numpy.transpose(self.R), numpy.dot(F, self.R))
             ##print "F = "+str(F)
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 def generateImages(
         images,

generate_undersampled_images.py

 #coding=utf8
 
-########################################################################
-###                                                                  ###
-### Created by Martin Genet, 2016-2017                               ###
-###                                                                  ###
-### École Polytechnique, Palaiseau, France                           ###
-###                                                                  ###
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+### Created by Martin Genet, 2016-2017                                       ###
+###                                                                          ###
+### École Polytechnique, Palaiseau, France                                   ###
+###                                                                          ###
+################################################################################
 
 import numpy
 import vtk
@@ -16,7 +16,7 @@ import myVTKPythonLibrary as myvtk
 
 import dolfin_dic as ddic
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 def generateUndersampledImages(
         images,

image_expressions_cpp.py

 #coding=utf8
 
-########################################################################
-###                                                                  ###
-### Created by Martin Genet, 2016-2017                               ###
-###                                                                  ###
-### École Polytechnique, Palaiseau, France                           ###
-###                                                                  ###
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+### Created by Martin Genet, 2016-2017                                       ###
+###                                                                          ###
+### École Polytechnique, Palaiseau, France                                   ###
+###                                                                          ###
+################################################################################
+
+################################################################################
 
 def get_ExprIm_cpp(
         im_dim,

image_expressions_py.py

 #coding=utf8
 
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-### Created by Martin Genet, 2016-2017                               ###
-###                                                                  ###
-### École Polytechnique, Palaiseau, France                           ###
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+### Created by Martin Genet, 2016-2017                                       ###
+###                                                                          ###
+### École Polytechnique, Palaiseau, France                                   ###
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+################################################################################
 
 import dolfin
 import numpy
@@ -16,7 +16,7 @@ import myVTKPythonLibrary as myvtk
 
 import dolfin_dic as ddic
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 def getScalingFactor(scalar_type_as_string):
     if   (scalar_type_as_string == 'unsigned char' ): return float(2**8 -1)

plot_binned_strains_vs_radius.py

 #coding=utf8
 
-########################################################################
-###                                                                  ###
-### Created by Martin Genet, 2016-2017                               ###
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-### École Polytechnique, Palaiseau, France                           ###
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+### Created by Martin Genet, 2016-2017                                       ###
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+### École Polytechnique, Palaiseau, France                                   ###
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+################################################################################
 
 import math
 import numpy
 import os
 import sys
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 def plot_binned_strains_vs_radius(
         working_folder,

plot_displacement_error.py

 #coding=utf8
 
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-### Created by Martin Genet, 2016-2017                               ###
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-### École Polytechnique, Palaiseau, France                           ###
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+### Created by Martin Genet, 2016-2017                                       ###
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+### École Polytechnique, Palaiseau, France                                   ###
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+################################################################################
 
 import math
 import numpy
 import os
 import sys
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 def plot_displacement_error(
         working_folder,

plot_strains.py

 #coding=utf8
 
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-### Created by Martin Genet, 2016-2017                               ###
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-### École Polytechnique, Palaiseau, France                           ###
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+### Created by Martin Genet, 2016-2017                                       ###
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+### École Polytechnique, Palaiseau, France                                   ###
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+################################################################################
 
 import os
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 def plot_strains(
         working_folder,

plot_strains_vs_radius.py

 #coding=utf8
 
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-### Created by Martin Genet, 2016-2017                               ###
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-### École Polytechnique, Palaiseau, France                           ###
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+### Created by Martin Genet, 2016-2017                                       ###
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+### École Polytechnique, Palaiseau, France                                   ###
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 import math
 import numpy
 import os
 import sys
 
-########################################################################
+################################################################################
 
 def plot_strains_vs_radius(
         working_folder,