Dev/fix typing
This PR:
- enable type-checking on all Python code (except in the docs)
- fix all type-check errors due to the first point
- update pre-check tools
- update flake8 repo
Prochaines maintenances programmées: lundi 06/05, lundi 03/06, lundi 01/07
Pour plus d'informations: https://doc-si.inria.fr/display/SU/Gitlab
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