API v1 broken (gatb-pipeline fails)
gatb-pipeline is unable to create new jobs (get 422 Unprocessable Entity
from rails)
rails logs:
Started POST "/api/v1/jobs" for ::1 at 2017-04-06 16:18:02 +0200
Processing by Api::V1::JobsController#create as JSON
Parameters: {"job"=>{"webapp_id"=>"122", "param"=>"-t pipeline --12 /tmp/SRR959239_2_small_100Klines.fastq.gz
"}, "files"=>{"0"=>#<ActionDispatch::Http::UploadedFile:0x005583f39c6e50 @tempfile=#<Tempfile:/tmp/RackMultipar
t20170406-22-1t8adxa.gz>, @original_filename="SRR959239_2_small_100Klines.fastq.gz", @content_type="application
/gzip", @headers="Content-Disposition: form-data; name=\"files[0]\"; filename=\"SRR959239_2_small_100Klines.fas
tq.gz\"\r\nContent-Type: application/gzip\r\n">}}
Completed 422 Unprocessable Entity in 5ms (ActiveRecord: 0.0ms)
ActiveRecord::RecordNotSaved (You cannot call create unless the parent is saved):
app/controllers/api/v1/jobs_controller.rb:40:in `block in create'
app/controllers/api/v1/jobs_controller.rb:35:in `create'
how to use the gatb-pipeline frontend:
Aller directement sous ; http://woody.irisa.fr:28200 C'est là où se trouve l'appli "gatb-pipeline"
Récupérer par exemple les 2 fichiers suivants sous http://gatb-pipeline.gforge.inria.fr/test/
SRR959239_1_small_100Klines.fastq.gz SRR959239_2_small_100Klines.fastq.gz
Pour les récupérer en ligne de commande : wget http://gatb-pipeline.gforge.inria.fr/test/SRR959239_1_small_100Klines.fastq.gz wget http://gatb-pipeline.gforge.inria.fr/test/SRR959239_2_small_100Klines.fastq.gz
NB: les données n’ont pas de sens bio-informatique, c’est juste un jeu de données tronqué pour faire des tests rapides
Une fois les fichiers uploadés, cliquez sur "Compute Assembly". L'exécution de l'appli se fait sous AllGo. Attention, cela prend 2-3 minutes.