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Aevol 7 opt

ROUZAUD-CORNABAS Jonathan requested to merge aevol_7_opt into aevol_7

Ce merge contient :

  • le début des post treatments avec Aevol 7 et la parallélisation de ancestor stats
  • un travail de factoring de code pour améliorer son utilisation (par exemple, les fonctions du cycle de vie d'un individu peuvent être appellées pour un individu et pas une pop ou un indice)
  • des nouveaux FuzzyFactory (Fuzzy continue tjs mais aussi un discret qui est validé)
  • un nouvel algo de recherche (il détecte si une mutation à lieu dans un ARN ou un gene et ne recalcul que ce qui a besoin, c'est l'idée du cache des promoters mais porter à tout le code)
  • RAevol de fonctionnel avec des envs statiques
  • un gros tas d'optimisation bas niveau bien dégueux (genre lire des bps pour rien car ça permet d'aligner les lectures)
  • des options qui marchent pour le compilo intel (et sont désactivés pour gcc) qui permettent de vectoriser le code de certaines fonctions

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