Commit ad189d71 authored by Vincent Danjean's avatar Vincent Danjean
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Switching Alphy to ALTree


git-svn-id: svn+ssh://imag/users/huron/danjean/svnroot/claire/altree/trunk@45 cf695345-040a-0410-a956-b889e835fe2e
parent e37ae040
package Alphy::Base;
package ALTree::Base;
###########################################
######## MAIN DATA STRUCTURES #########
......
package Alphy::Chi2;
package ALTree::Chi2;
use strict;
use Alphy::CUtils;
use ALTree::CUtils;
BEGIN {
use Exporter ();
......@@ -88,7 +88,7 @@ sub chi2_significatif {
if (not defined($chi2_seuil->[$ddl])) {
#my $c=`critchi2 $chi2_p $ddl`+0; # Verif que les 2 appels sont quivalents
$chi2_seuil->[$ddl]=Alphy::CUtils::critchi($chi2_p, $ddl);
$chi2_seuil->[$ddl]=ALTree::CUtils::critchi($chi2_p, $ddl);
#if ($c != $$chi2_seuil[$ddl]) {
# print STDERR "Critchi2 : $c != $$chi2_seuil[$ddl]\n";
#}
......
package Alphy::Foret;
package ALTree::Foret;
################################################################
################################################################
......@@ -6,7 +6,7 @@ package Alphy::Foret;
################################################################
################################################################
use base qw(Alphy::Base Alphy::SiteCollection);
use base qw(ALTree::Base ALTree::SiteCollection);
sub New { # [classe]
my $class=shift;
......@@ -37,7 +37,7 @@ sub ProvideSite {
my $site_nb=shift;
if (not $self->HasSiteIndex($site_nb)) {
$self->AddSite(Alphy::SitePerForet->New($site_nb));
$self->AddSite(ALTree::SitePerForet->New($site_nb));
}
return $self->GetSite($site_nb);
}
......
package Alphy::Import;
package ALTree::Import;
use strict;
use Alphy::Sens;
use Alphy::Tree;
use Alphy::Foret;
use Alphy::Node;
use Alphy::SitePerTree;
use Alphy::SitePerForet;
use Alphy::SiteSensPerForet;
use ALTree::Sens;
use ALTree::Tree;
use ALTree::Foret;
use ALTree::Node;
use ALTree::SitePerTree;
use ALTree::SitePerForet;
use ALTree::SiteSensPerForet;
BEGIN {
use Exporter ();
......
package Alphy::Node;
package ALTree::Node;
################################################################
################################################################
......@@ -6,7 +6,7 @@ package Alphy::Node;
################################################################
################################################################
use base 'Alphy::Base';
use base 'ALTree::Base';
# Structure Node
# "id" -> String
......
package Alphy::Sens;
package ALTree::Sens;
################################################################
################################################################
......@@ -6,7 +6,7 @@ package Alphy::Sens;
################################################################
################################################################
use base 'Alphy::Base';
use base 'ALTree::Base';
#Creation d'une structure
sub New { # [classe] sens
......
package Alphy::Site;
package ALTree::Site;
################################################################
################################################################
......@@ -6,8 +6,8 @@ package Alphy::Site;
################################################################
################################################################
use base 'Alphy::Base';
use Alphy::Sens;
use base 'ALTree::Base';
use ALTree::Sens;
# Structure Site
# "site_nb" -> Integer
......@@ -37,10 +37,10 @@ sub AddSens {
my($ref_site_sens)=$self->NewSens($sens);
$self->{"sens_struct"}->{$sens->GetLabel()}=$ref_site_sens;
my $sensRev=Alphy::Sens->NewRev($sens);
my $sensRev=ALTree::Sens->NewRev($sens);
my($ref_site_sens_rev)=$self->NewSens($sensRev);
$self->{"sens_struct"}->{$sensRev->GetLabel()}=$ref_site_sens_rev;
Alphy::SiteSens::LinkRev($ref_site_sens, $ref_site_sens_rev);
ALTree::SiteSens::LinkRev($ref_site_sens, $ref_site_sens_rev);
}
sub GetSens {
my $self=shift;
......
package Alphy::SiteCollection;
package ALTree::SiteCollection;
################################################################
################################################################
......@@ -6,7 +6,7 @@ package Alphy::SiteCollection;
################################################################
################################################################
use base 'Alphy::Base';
use base 'ALTree::Base';
sub InitSiteCollection {
my $self=shift;
......
package Alphy::SitePerForet;
package ALTree::SitePerForet;
################################################################
################################################################
......@@ -6,7 +6,7 @@ package Alphy::SitePerForet;
################################################################
################################################################
use base qw(Alphy::Base Alphy::Site);
use base qw(ALTree::Base ALTree::Site);
use sort '_quicksort';
sub New { # [classe] site_nb
......@@ -22,7 +22,7 @@ sub New { # [classe] site_nb
sub NewSens {
my $self=shift;
my $sens=shift;
return Alphy::SiteSensPerForet->New($sens, $self);
return ALTree::SiteSensPerForet->New($sens, $self);
}
sub mysort {
......
package Alphy::SitePerTree;
package ALTree::SitePerTree;
################################################################
################################################################
......@@ -6,8 +6,8 @@ package Alphy::SitePerTree;
################################################################
################################################################
use base qw(Alphy::Base Alphy::Site);
use Alphy::SiteSensPerTree;
use base qw(ALTree::Base ALTree::Site);
use ALTree::SiteSensPerTree;
# Structure SitePerTree
# "site_nb" -> Integer
......@@ -28,7 +28,7 @@ sub New { # [classe] site_nb
sub NewSens {
my $self=shift;
my $sens=shift;
return Alphy::SiteSensPerTree->New($sens, $self);
return ALTree::SiteSensPerTree->New($sens, $self);
}
sub SetCI {
......
package Alphy::SiteSens;
package ALTree::SiteSens;
################################################################
################################################################
......@@ -6,7 +6,7 @@ package Alphy::SiteSens;
################################################################
################################################################
use base 'Alphy::Base';
use base 'ALTree::Base';
# Structure SiteSens
# "site_struct" -> Site
......
package Alphy::SiteSensPerForet;
package ALTree::SiteSensPerForet;
################################################################
################################################################
......@@ -6,7 +6,7 @@ package Alphy::SiteSensPerForet;
################################################################
################################################################
use base qw(Alphy::Base Alphy::SiteSens);
use base qw(ALTree::Base ALTree::SiteSens);
# Structure SiteSensPerForet
# "site_struct" -> Site
......
package Alphy::SiteSensPerTree;
package ALTree::SiteSensPerTree;
################################################################
################################################################
......@@ -6,7 +6,7 @@ package Alphy::SiteSensPerTree;
################################################################
################################################################
use base qw(Alphy::Base Alphy::SiteSens);
use base qw(ALTree::Base ALTree::SiteSens);
# Structure SiteSens
# "site_struct" -> Site
......
package Alphy::Tree;
package ALTree::Tree;
################################################################
################################################################
......@@ -6,7 +6,7 @@ package Alphy::Tree;
################################################################
################################################################
use base qw(Alphy::Base Alphy::SiteCollection);
use base qw(ALTree::Base ALTree::SiteCollection);
# "nodes" -> Hash of ('id' -> Node)
# "sites" -> Hash of ('site_nb' -> SitePerTree)
......
......@@ -10,7 +10,7 @@
#include "const-c.inc"
MODULE = Alphy::CUtils PACKAGE = Alphy::CUtils
MODULE = ALTree::CUtils PACKAGE = ALTree::CUtils
INCLUDE: const-xs.inc
......
......@@ -3,18 +3,18 @@ use ExtUtils::MakeMaker;
# See lib/ExtUtils/MakeMaker.pm for details of how to influence
# the contents of the Makefile that is written.
WriteMakefile(
NAME => 'Alphy::CUtils',
VERSION_FROM => 'lib/Alphy/CUtils.pm', # finds $VERSION
NAME => 'ALTree::CUtils',
VERSION_FROM => 'lib/ALTree/CUtils.pm', # finds $VERSION
PREREQ_PM => {}, # e.g., Module::Name => 1.1
($] >= 5.005 ? ## Add these new keywords supported since 5.005
(ABSTRACT_FROM => 'lib/Alphy/CUtils.pm', # retrieve abstract from module
(ABSTRACT_FROM => 'lib/ALTree/CUtils.pm', # retrieve abstract from module
AUTHOR => 'Claire Bardel <bardel@vjf.inserm.fr>') : ()),
LIBS => ['-lm '], # e.g., '-lm'
DEFINE => '', # e.g., '-DHAVE_SOMETHING'
INC => '-I.', # e.g., '-I. -I/usr/include/other'
# Un-comment this if you add C files to link with later:
# OBJECT => '$(O_FILES)', # link all the C files too
MYEXTLIB => 'c_sources/libalphy-cutils$(LIB_EXT)',
MYEXTLIB => 'c_sources/libaltree-cutils$(LIB_EXT)',
);
if (eval {require ExtUtils::Constant; 1}) {
# If you edit these definitions to change the constants used by this module,
......@@ -23,7 +23,7 @@ if (eval {require ExtUtils::Constant; 1}) {
# changes.
my @names = (qw());
ExtUtils::Constant::WriteConstants(
NAME => 'Alphy::CUtils',
NAME => 'ALTree::CUtils',
NAMES => \@names,
DEFAULT_TYPE => 'IV',
C_FILE => 'const-c.inc',
......
......@@ -2,9 +2,9 @@
use ExtUtils::MakeMaker;
$Verbose = 1;
WriteMakefile(
NAME => 'Alphy::CUtils',
NAME => 'ALTree::CUtils',
SKIP => [qw(all static static_lib dynamic dynamic_lib)],
clean => {'FILES' => 'libalphy-cutils$(LIB_EXT)'},
clean => {'FILES' => 'libaltree-cutils$(LIB_EXT)'},
);
sub MY::top_targets {
......@@ -13,11 +13,11 @@ all :: static
pure_all :: static
static :: libalphy-cutils$(LIB_EXT)
static :: libaltree-cutils$(LIB_EXT)
libalphy-cutils$(LIB_EXT): $(O_FILES)
$(AR) cr libalphy-cutils$(LIB_EXT) $(O_FILES)
$(RANLIB) libalphy-cutils$(LIB_EXT)
libaltree-cutils$(LIB_EXT): $(O_FILES)
$(AR) cr libaltree-cutils$(LIB_EXT) $(O_FILES)
$(RANLIB) libaltree-cutils$(LIB_EXT)
';
}
......
......@@ -40,11 +40,11 @@ my $types = {map {($_, 1)} qw()};
my @names = (qw());
print constant_types(); # macro defs
foreach (C_constant ("Alphy::CUtils", 'constant', 'IV', $types, undef, 3, @names) ) {
foreach (C_constant ("ALTree::CUtils", 'constant', 'IV', $types, undef, 3, @names) ) {
print $_, "\n"; # C constant subs
}
print "#### XS Section:\n";
print XS_constant ("Alphy::CUtils", $types);
print XS_constant ("ALTree::CUtils", $types);
__END__
*/
......
......@@ -20,12 +20,12 @@ constant(sv)
Second, if present, is found value */
switch (type) {
case PERL_constant_NOTFOUND:
sv = sv_2mortal(newSVpvf("%s is not a valid Alphy::CUtils macro", s));
sv = sv_2mortal(newSVpvf("%s is not a valid ALTree::CUtils macro", s));
PUSHs(sv);
break;
case PERL_constant_NOTDEF:
sv = sv_2mortal(newSVpvf(
"Your vendor has not defined Alphy::CUtils macro %s, used", s));
"Your vendor has not defined ALTree::CUtils macro %s, used", s));
PUSHs(sv);
break;
/* Uncomment this if you need to return IVs
......@@ -81,7 +81,7 @@ constant(sv)
break; */
default:
sv = sv_2mortal(newSVpvf(
"Unexpected return type %d while processing Alphy::CUtils macro %s, used",
"Unexpected return type %d while processing ALTree::CUtils macro %s, used",
type, s));
PUSHs(sv);
}
......@@ -40,11 +40,11 @@ my $types = {map {($_, 1)} qw()};
my @names = (qw());
print constant_types(); # macro defs
foreach (C_constant ("Alphy::CUtils", 'constant', 'IV', $types, undef, 3, @names) ) {
foreach (C_constant ("ALTree::CUtils", 'constant', 'IV', $types, undef, 3, @names) ) {
print $_, "\n"; # C constant subs
}
print "#### XS Section:\n";
print XS_constant ("Alphy::CUtils", $types);
print XS_constant ("ALTree::CUtils", $types);
__END__
*/
......
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