Dd-Ja
1 réarrangements de Necker (pool 94, leur patient B1) est un Dd2 - Dd3 - Ja29 J'imagine qu'on le détecte en Dd2-Dd3. A voir si on traite (on ne va pas traiter tous les cas les plus rares ?)
Avec l'automate d'Aho-Corasick (ou tout autre index qui indexe tous les germlines en même temps), les réarrrangements atypiques peuvent être gérés simplement : théoriquement on a les affectations des différents gènes qui se suivent. En pratique il y a aussi des faux positifs qu'il faut savoir éliminer.
À terme, ajouter un réarrangement bizarre ne nous demandera que quelques lignes depuis germlines.data, et de bien viser les "follows", le mieux on visera le moins on aura de faux positifs.
Et on a besoin de transformer "follows" pour qu'il prenne une liste : TRD > Dd2-Jd > Dd2-Dd3 TRD > Dd2-Ja > Dd2-Dd3 Dd2-Dd3 ne doit être testé qu'après Dd2-Jd et Dd2-Ja.
On n'avait pas des problèmes en VdJa (demander Yann/Aurélie) ? Ja 29 ?
Ben si… https://www.producteev.com/workspace/t/553fc9bab0fa09cf47000017
Normalement c'est bon.