N, autres nucléotides étendus
core/tools.cpp:complement_nucleotide(66-76) pourrait faire croire que l'on gère d'autres nucléotides que A, C, G, T. Il n'en est évidemment rien :
- KmerStore::get() ne renvoie qu'un seul kmer
- et même dans dynprog, Cost::substitution fait seulement (a == b)
Si on y tient :
- autoriser des caractères étendus dans les reads > trop complexe à gérer, risque de ralentir (*mais que se passe t-il actuellement ? si N ? il faudrait être clair)
- autoriser des caractères étendus dans les germlines > pas plus simple, mais pour le coup cela ne ralentirait pas
Bofbof. Utiilité ?
- en sortie : voir "representative"
l'automate rendrait certaines choses possibles (en le faisant grossir, certes)