Issues · vidjil / vidjil · GitLab

Devrait-on toujours lancer le fuse quand il y a de très nombreux échantillons ?

#4538 · opened Oct 21, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion doc
- 2
updated Oct 21, 2020
stats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un set

#4539 · opened Oct 21, 2020 by Mathieu Giraud Web 2021.03 Paris-Pitié feature server-ergonomy server-qc-stats
- 8
updated Dec 02, 2020
Récupérer les positions FR1/2/3/4 et CDR1/2/3 via IMGT

#4540 · opened Oct 29, 2020 by Mathieu Giraud bio-analyze-more client-aligner
- 0
updated Oct 29, 2020
Tester la partie serveur du tutorial (en ci, ou sur un serveur live)

#4542 · opened Oct 31, 2020 by Mathieu Giraud Web 2021.03 doc-tutorial server server-monitor
- 2
updated Jan 19, 2021
tests tutorial : extraire .tex à partir d'un/plusieurs .rb

#4543 · opened Oct 31, 2020 by Mathieu Giraud dev-build doc-tutorial
- 1
updated Nov 20, 2020
.gitlab-ci.yml : est-ce possible de factoriser les navigateurs ?

#4544 · opened Oct 31, 2020 by Mathieu Giraud dev-ci dev-gitlab
- 0
updated Oct 31, 2020
org-babel-tangle.py et fichiers inclus

#4545 · opened Oct 31, 2020 by Mathieu Giraud
- 0
updated Nov 20, 2020
vidjil-algo: Avoir un meilleur suffixe pour l'export des reads des clones

#4546 · opened Nov 02, 2020 by Mathieu Giraud *-go LIL-Lille cpp-export priority-1-low
- 0
updated Nov 02, 2020
Pouvoir modifier par le client des features de séqueces / des recombinaisons particulières

#4548 · opened Nov 03, 2020 by Mathieu Giraud bio-analyze-more bio-germlines-unexpected client-aligner feature
- 0
updated Nov 03, 2020
Nouvelles variables / variables non-existentes dans defs.py

#4549 · opened Nov 03, 2020 by Mathieu Giraud
- 4
updated Nov 13, 2020
task.py devrait accéder à un dictionnaire pour les (pre-, post-)process, voire pour les process ?

#4550 · opened Nov 03, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion dev-refactor server-pre-process server-task.py
- 1
updated Nov 13, 2020
Avoir une confirmation utilisateur pour créer/uploader des données sur un serveur non-HDS

#4551 · opened Nov 03, 2020 by Mathieu Giraud #-healthcare #-legal server-sample-sets server-upload
- 0
updated Dec 04, 2020
Computation of MRD value upon clustering

#4553 · opened Nov 05, 2020 by Joao Meidanis
- 2
updated Nov 26, 2020
Fuse de fichier avec des windows mix de 50 et 60 nt

#4554 · opened Nov 06, 2020 by Thonier Florian !!-bug feature server-fuse
- 3
updated Nov 06, 2020
Fenêtre info ne s'ouvre pas sur d'anciens samples (avec un custom)

#4555 · opened Nov 06, 2020 by Mikaël Salson !!-bug *-go client client-info priority-3-month
- 0
updated Nov 06, 2020
Avoir un warning spécifique si un clone a plusieurs dénominatio npossible lors d'un fuse

#4556 · opened Nov 06, 2020 by Thonier Florian client feature
- 0
updated Nov 06, 2020
Avoir un champ type "created/uploaded_time" pour les sets, les samples ?

#4557 · opened Nov 06, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion feature server-admin server-database
- 0
updated Nov 23, 2020
Avoir un meilleur retour utilisateur quand il y a une requête "bloquante" à la db

#4558 · opened Nov 06, 2020 by Mathieu Giraud client-database server-ergonomy
- 1
updated Dec 11, 2020
Simplifier voir limiter/interdire la requête SampleSet pour les admins ?

#4559 · opened Nov 10, 2020 by Mathieu Giraud priority-1-low server-admin server-speed
- 1
updated Nov 10, 2020
Avoir le nom de l'échantillon lors de l'envoi d'un clone vers un service tiers

#4561 · opened Nov 17, 2020 by Thonier Florian !-reflexion LYON-Sarah bio-analyze-more bio-external-data feature
- 0
updated Nov 17, 2020
Ouvrir "My Account" lorsqu'on clique sur son nom

#4563 · opened Nov 19, 2020 by Mathieu Giraud !-easy *-go client-database server-auth server-my-account
- 0
updated Dec 10, 2020
pourvoir faire une recherche sur les runs/individus par le numero de set

#4565 · opened Nov 20, 2020 by Thonier Florian *-go feature server server-database server-ergonomy
- 3
updated Nov 20, 2020
Stocker 'color_by' dans les préférences

#4568 · opened Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud !-easy *-go Paris-Pitié client-color-by
- 1
updated Jan 06, 2021
Pouvoir associer d'un coup plusieurs samples à un set / créer un nouveau set avec des samples existants

#4569 · opened Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud Paris-Pitié server-sample-sets user-request
- 1
updated Dec 11, 2020
Documenter comment travailler sur un format .vidjil

#4570 · opened Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud !-easy *-go Paris-Pitié doc repseq-formats
- 0
updated Nov 20, 2020
API / URL serveur : arriver sur une page d'un set

#4571 · opened Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud Paris-Pitié server-api server-sample-sets
- 0
updated Nov 20, 2020
Pouvoir cliquer avec le bouton droit sur des liens sample sets

#4572 · opened Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud Paris-Pitié client-ergonomy server-sample-sets
- 1
updated Nov 20, 2020
Page principale du serveur : trier les sets par ordre de mise à jour ?

#4573 · opened Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud Paris-Pitié bio-mrd client-database client-ergonomy
- 5
updated Dec 04, 2020
Déploiement Web 2020.12 🎄 10 of 13 tasks completed

#4574 · opened Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud Web 2020.12
- 7
updated Dec 10, 2020
Faire un template de release/déploiement web

#4575 · opened Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud Web 2020.12 Dec 11, 2020 dev-policy
- 1
- 0
updated Dec 10, 2020
qc-stats : Un même échantillon est présent plusieurs fois

#4577 · opened Nov 23, 2020 by Mikaël Salson !!-bug *-go server-qc-stats
- 0
updated Nov 23, 2020
Comment relancer les fuse sur un serveur

#4579 · opened Nov 23, 2020 by Thonier Florian !-reflexion feature server server-api server-fuse
- 1
updated Nov 23, 2020
Follow-up from "Feature ct/mrd brasil tool and client" 0 of 1 task completed

#4580 · opened Dec 02, 2020 by Thonier Florian
- 0
updated Dec 02, 2020
My Account: réécrire certains liens avec les URLs courtes

#4583 · opened Dec 02, 2020 by Mathieu Giraud !-easy *-go server-api server-my-account
- 1
updated Dec 10, 2020
My Account/Usage: inclure les tags des sets ?

#4584 · opened Dec 02, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion server-my-account server-sample-sets
- 0
updated Dec 10, 2020
My Account : corriger le compte des samples et le remettre en prod

#4585 · opened Dec 02, 2020 by Mathieu Giraud !!-bug server-my-account server-sample-sets
- 2
updated Dec 10, 2020
My Account : améliorer la css

#4586 · opened Dec 02, 2020 by Mathieu Giraud bikeshedding client-less-css server server-ergonomy server-my-account
- 2
updated Dec 03, 2020
My Account/Usage : remplacer "Group user_XX" par quelque chose comme "Personal group user_XX"

#4589 · opened Dec 02, 2020 by Mathieu Giraud *-go priority-1-low server-ergonomy server-my-account
- 0
updated Dec 10, 2020
My Account/Usage : enlever le 's' quand il n'y a qu'un seul patient/run/set

#4590 · opened Dec 02, 2020 by Mathieu Giraud *-go bikeshedding priority-1-low server-my-account
- 0
updated Dec 10, 2020
Tests server-fonctionnal peu reproductibles

#4591 · opened Dec 02, 2020 by Mathieu Giraud dev-tests-watir
- 7
updated Jan 05, 2021
Évaluer la reproductibilité des pipelines

#4592 · opened Dec 02, 2020 by Mathieu Giraud Feb 9, 2021 dev-gitlab dev-tests
- 1
updated Dec 09, 2020
My Account /Usage : search box

#4593 · opened Dec 02, 2020 by Mathieu Giraud server-admin server-my-account
- 3
updated Dec 10, 2020
Que devrait contenir une page My Account ?

#4594 · opened Dec 02, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion bikeshedding server-my-account
- 1
updated Dec 03, 2020
processes: un process apparaît autant de fois qu'il est dans un sample set

#4596 · opened Dec 03, 2020 by Mikaël Salson *-go server server-ergonomy server-my-account
- 1
- 2
updated Dec 03, 2020
Genescan / Biomed-2 sur distributions

#4597 · opened Dec 04, 2020 by Mathieu Giraud !-hard
- 0
updated Dec 04, 2020
getHTMLInfo: afficher la productivité du clone

#4598 · opened Dec 04, 2020 by Thonier Florian !-easy client client-ergonomy client-info feature
- 1
- 1
updated Dec 04, 2020
Réflexion sur l'ensemble du client, page blanche, nouvelles vues

#4600 · opened Dec 04, 2020 by Mathieu Giraud Mar 4, 2021 !-reflexion +-roadmap client-ergonomy client-views
- 0
updated Dec 04, 2020
task.py et ailleurs: Utiliser des constantes pour les status des process

#4602 · opened Dec 08, 2020 by Mathieu Giraud !-easy *-go dev-robust server-task.py
- 0
updated Dec 08, 2020
Propriétaires vus dans le volume `results` sur Docker

#4603 · opened Dec 09, 2020 by Mathieu Giraud BRU-Bruxelles server-docker
- 3
updated Jan 06, 2021
Test germline de dev : les remettre dans les schedules en allow_failure ?

#4604 · opened Dec 09, 2020 by Mathieu Giraud priority-1-low
- 1
updated Dec 09, 2020
Scatterplot : les légendes des locus sont sous les icônes

#4605 · opened Dec 09, 2020 by Mikaël Salson Web 2021.03 !!-bug *-go client-ergonomy client-grid client-less-css client-ugly
- 2
updated Dec 11, 2020
IMGt, update paramètres de la requête (V_REGIONsearchIndel, subset)

#4606 · opened Dec 09, 2020 by Thonier Florian bio-analyze-more feature repseq-IMGT
- 1
- 1
updated Dec 23, 2020
Améliorer la récupération des tests loupés dans les artefacts Watir

#4607 · opened Dec 09, 2020 by Mathieu Giraud dev-gitlab dev-tests-watir
- 0
updated Dec 09, 2020
My Account/Usage : pouvoir accéder aux sets

#4608 · opened Dec 10, 2020 by Mathieu Giraud server-ergonomy server-my-account server-sample-sets
- 0
updated Dec 10, 2020
MyAccount / Usage pour admin

#4610 · opened Dec 10, 2020 by Mathieu Giraud priority-1-low server-admin server-my-account
- 0
updated Dec 10, 2020
Implement --post for fuse

#4612 · opened Dec 11, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion server-fuse server-pre-process
- 0
updated Dec 11, 2020
API Server: pouvoir spécifier l'id de l'analyse

#4613 · opened Dec 11, 2020 by Mathieu Giraud *-go server-api
- 0
updated Dec 11, 2020
Comparer automatiquement les résultats sur certains fichiers récents ?

#4614 · opened Dec 11, 2020 by Mikaël Salson #-quality cpp server
- 1
updated Dec 18, 2020
tools/diff.py : différence entre deux .vidjil

#4616 · opened Dec 18, 2020 by Mathieu Giraud
- 0
updated Dec 18, 2020
Message d'alerte : revoir la CSS

#4617 · opened Dec 18, 2020 by Mikaël Salson Jan 15, 2021 !-important #-crisis-prevention *-go client-less-css priority-3-month
- 5
updated Jan 21, 2021
Configuration apparaissant plusieurs fois dans les résultats

#4618 · opened Dec 19, 2020 by Thonier Florian !!-bug server server-sample-sets
- 1
updated Dec 19, 2020
Sous-espèces et germlines (quasi-)dupliquées

#4620 · opened Dec 23, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion bio-germlines bio-germlines-isotypes bio-species
- 5
updated Jan 12, 2021
Productivité et codon start et autres éléments

#4621 · opened Dec 31, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion bio-AA bio-CLL repseq-IMGT
- 2
updated Jan 05, 2021
Mettre à jour d3js pour v6 ?

#4622 · opened Jan 04, 2021 by Mathieu Giraud client
- 0
updated Jan 04, 2021
Enlever lessc de js/lib/info.txt ?

#4623 · opened Jan 04, 2021 by Mathieu Giraud client-less-css doc priority-1-low server-docker
- 0
updated Jan 04, 2021
Séquences avec du V-INTRON ou avant

#4624 · opened Jan 05, 2021 by Mathieu Giraud bio-analyze-more bio-germlines priority-1-low
- 0
updated Jan 05, 2021
Notifications : utiliser com.js (refactorer com.js ?)

#4626 · opened Jan 08, 2021 by Mathieu Giraud client-notifications dev-refactor
- 0
updated Jan 08, 2021
alert : utiliser com.js (et refactorer com.js)

#4627 · opened Jan 08, 2021 by Mathieu Giraud #-crisis-prevention client-notifications dev-refactor
- 0
updated Jan 08, 2021
Avoir un test intégration : upload + lancement run + vérification clone majoritaire

#4628 · opened Jan 08, 2021 by Mathieu Giraud dev-tests-watir
- 2
updated Jan 08, 2021
C++20 ?

#4630 · opened Jan 11, 2021 by Mathieu Giraud !-reflexion cpp cpp-compiler dev-policy
- 0
updated Jan 11, 2021
Follow-up from "Resolve "Avoir les données germline du cochon (Sus Scrofa)"" 0 of 1 task completed

#4631 · opened Jan 12, 2021 by Thonier Florian bio-germlines bio-germlines-isotypes doc
- 0
updated Jan 12, 2021
Analyse avec MiXCR ne fonctionne pas avec les distributions

#4632 · opened Jan 12, 2021 by Thonier Florian !!-bug client-virtual-clone
- 1
- 8
updated Jan 15, 2021
Connaître le nom des fichiers uploadés, avant le pre-process

#4633 · opened Jan 13, 2021 by Mathieu Giraud REN-Rennes server-pre-process server-task.py server-upload user-request
- 6
updated Jan 13, 2021
Doc dev et/ou code : documenter le schéma de la db

#4634 · opened Jan 13, 2021 by Mathieu Giraud dev-policy doc server-database
- 0
updated Jan 13, 2021
Retirer la vue non-anonymisée dans le mode impersonate

#4635 · opened Jan 13, 2021 by Mathieu Giraud #-ethics server-admin
- 0
updated Jan 13, 2021
Console : remonter plus d'infos, erreurs et succès

#4636 · opened Jan 13, 2021 by Mathieu Giraud client-notifications
- 0
updated Jan 13, 2021
Donner accès à l'utilisateur à la console ?

#4637 · opened Jan 13, 2021 by Mathieu Giraud client-notifications
- 0
updated Jan 13, 2021
Console : doc dev

#4638 · opened Jan 13, 2021 by Mathieu Giraud client-notifications doc
- 0
updated Jan 13, 2021
Pseudogènes IMGT non assignés à des sous-groupes

#4639 · opened Jan 13, 2021 by Mathieu Giraud bio-germlines
- 0
updated Jan 13, 2021
Nouveau TRGJ1*02

#4640 · opened Jan 13, 2021 by Mathieu Giraud bio-germlines repseq-IMGT
- 0
updated Jan 21, 2021
vidjil-algo: analyser stdin

#4642 · opened Jan 14, 2021 by Mathieu Giraud Algo 2021.01 cpp cpp-options
- 1
- 6
updated Jan 15, 2021
vidjil-algo: option pour afficher l'alignement avec les germlines type vdj_align

#4643 · opened Jan 14, 2021 by Mathieu Giraud Algo 2021.01 cpp cpp-options priority-1-low
- 1
- 0
updated Jan 14, 2021
Vidjil-algo dans le navigateur

#4644 · opened Jan 14, 2021 by Mikaël Salson client cpp
- 1
- 0
updated Jan 14, 2021
Afficher un vrai alignement avec --show-junction

#4645 · opened Jan 14, 2021 by Mathieu Giraud cpp-dynprog cpp-export
- 0
updated Jan 14, 2021
--show-junction : afficher les aligments avec 3-5 gènes V/J les plus proches, et pas seulement le premeir

#4646 · opened Jan 14, 2021 by Mathieu Giraud cpp-dynprog cpp-export
- 0
updated Jan 14, 2021
mulitple-test et json.decoder.JSONDecodeError

#4649 · opened Jan 15, 2021 by Mathieu Giraud !!-broken-ci dev-tests-should-get
- 2
updated Jan 15, 2021
Pouvoir filtrer les reads VDJ depuis l'algo (cas fichier RNA)

#4650 · opened Jan 19, 2021 by Thonier Florian Paris - St Louis bio-rnaseq cpp cpp-export cpp-options user-request
- 5
updated Jan 19, 2021
Warning quand des programmes différents donnent des estimations différentes de productivité

#4651 · opened Jan 19, 2021 by Mathieu Giraud bio-productivity client-warning repseq-IMGT
- 0
updated Jan 19, 2021
Warning et/ou confirmation quand merge de séquences productives + non-productives

#4652 · opened Jan 19, 2021 by Mathieu Giraud LIL-Lille bio-productivity client-warning
- 0
updated Jan 19, 2021
vidjil-algo : prendre plusieurs fichiers ?

#4653 · opened Jan 19, 2021 by Mathieu Giraud cpp cpp-options priority-1-low
- 1
updated Jan 21, 2021
vidjil-algo: warning quand une désignation a un mauvais score

#4654 · opened Jan 19, 2021 by Mathieu Giraud client-warning cpp-finesegmenter math-stats
- 0
updated Jan 19, 2021
Que prendre pour les up/downstream ?

#4655 · opened Jan 20, 2021 by Mathieu Giraud bio-germlines
- 7
updated Jan 21, 2021
split-germlines.py : indiquer dans le header une référence à la séquence up/down

#4656 · opened Jan 20, 2021 by Mathieu Giraud bio-germlines
- 2
- 0
updated Jan 21, 2021
Examiner les warnings sur les germlines

#4657 · opened Jan 20, 2021 by Mathieu Giraud *-go bio-germlines
- 1
updated Jan 20, 2021
Vérification d'overlap : le faire aussi sur non up/down (bref les V) + refactor split-germlines

#4659 · opened Jan 20, 2021 by Mathieu Giraud bio-germlines dev-refactor
- 0
updated Jan 20, 2021
Le filtre se désactive avec plus de 127 gènes

#4660 · opened Jan 21, 2021 by Mathieu Giraud cpp-filter-fine
- 3
updated Jan 21, 2021

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