Issues · vidjil / vidjil

New issue

Le contrôleur load_backup echoue

#2352 · opened Apr 10, 2017 by Ryan Herbert !!-bug #-crisis-prevention server server-backup server-database
- 2
updated Oct 31, 2017
Ne pas lancer plusieurs process gourmands en mémoire en même temps

#2349 · opened Apr 10, 2017 by Mikaël Salson #-crisis-prevention dev-robust server server-task.py
- 3
updated Jan 21, 2020
Stocker les informations de pairage des chaînes / de single cell

#2344 · opened Apr 07, 2017 by Mikaël Salson !-reflexion bio-barcodes-umi bio-paired-chains repseq-formats server-fuse
- 7
updated Dec 13, 2019
Des url mal formées génèrent des erreurs serveur

#2340 · opened Apr 05, 2017 by Mathieu Giraud server
- 0
updated Apr 05, 2017
Table des utilisateurs : mettre des colonnes 'runs' et 'sets'

#2339 · opened Apr 05, 2017 by Mathieu Giraud server server-admin server-sample-sets
- 0
updated Apr 05, 2017
cloneDB : ontologie des maladies

#2334 · opened Apr 05, 2017 by Thonier Florian !-reflexion app-clonedb ec-ngs repseq-standardization
- 2
updated Dec 04, 2017
clonedb: option pour partager ou non anonymement ses séquences

#2332 · opened Apr 05, 2017 by Mathieu Giraud !-hard #-privacy #-sensible app-clonedb com-first-time-user ec-ngs server
- 1
updated Dec 04, 2017
Le lien vers igmt peut être erroné avec du xxx

#2331 · opened Apr 05, 2017 by Thonier Florian !!-bug bio-germlines client repseq-IMGT
- 3
updated Dec 04, 2018
app/analyze : conserver lien entre séquence et dénomination

#2329 · opened Apr 05, 2017 by Thonier Florian app-analyze client-cloneList repseq-IMGT repseq-formats
- 8
updated Oct 18, 2018
Clarifier ce que sont les clusters

#2328 · opened Apr 05, 2017 by Mathieu Giraud client doc
- 2
updated Apr 10, 2017
Export csv : autres infos

#2327 · opened Apr 05, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion client client-export feature
- 1
updated Apr 10, 2017
Bar plots en replicate

#2324 · opened Apr 04, 2017 by Mathieu Giraud client client-bar feature wont-fix
- 3
updated Apr 17, 2019
Tests fonctionnels sur le serveur live pour détecter des incidents de prod

#2323 · opened Apr 04, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion #-quality dev-build dev-tests dev-tests-watir server
- 13
updated Sep 28, 2020
Quand le scheduler ne fonctionne pas, les jobs en FAILED n'apparaissent pas dans le log debug

#2320 · opened Apr 04, 2017 by Mikaël Salson #-crisis-prevention server server-task.py
- 3
updated Apr 10, 2017
Plusieurs recombinaisons dans une séquence

#2318 · opened Apr 04, 2017 by Mathieu Giraud bio-analyze-more bio-germlines-pseudo bio-paired-chains client cpp cpp-heuristic repseq-IMGT
- 6
updated Apr 09, 2019
Être plus précis sur ce qui signifie "pas d'occurrence" dans CloneDB

#2316 · opened Apr 04, 2017 by Mathieu Giraud app-clonedb client
- 0
updated Apr 12, 2018
Le lien "Results of CloneDB" dans l'info devrait contenir la requête

#2315 · opened Apr 04, 2017 by Mathieu Giraud app-clonedb client
- 0
updated Apr 12, 2018
Affichage de la qualité dans le segmenteur

#2313 · opened Apr 04, 2017 by Mathieu Giraud Paris-Pitié bio-control client client-aligner feature repseq-formats
- 5
updated Jan 15, 2019
UMI / traitement des identifiants moléculaires uniques

#2309 · opened Apr 03, 2017 by Mathieu Giraud Jul 29, 2020 LON-Jack MON-Monza PRA-Prague bio-barcodes-umi bio-mrd server-pre-process
- 22
updated Jul 28, 2020
NextSeq et 4 lanes

#2306 · opened Apr 03, 2017 by Mathieu Giraud BEL-Belfast sequencers-Illumina server-pre-process
- 1
updated Apr 03, 2017
De-duplication de reads de capture

#2305 · opened Apr 03, 2017 by Mathieu Giraud BEL-Belfast bio-barcodes-umi bio-capture repseq-Nikos server-pre-process
- 2
updated Jul 24, 2020
Les contrôleurs de permissions cassent si un groupe user_* existe sans son utilisateur

#2303 · opened Mar 31, 2017 by Ryan Herbert !!-bug server
- 0
updated Mar 31, 2017
Afficher d'un coup les clones de plusieurs samples / d'un set

#2299 · opened Mar 30, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion bio-control client client-axis client-ergonomy feature
- 2
updated Jan 10, 2019
app/analyze: pb de responsive

#2292 · opened Mar 24, 2017 by Ghost User !!-bug app-analyze client-less-css client-responsive
- 1
updated Apr 11, 2017
app/analyze: quand il y a trop de séquences, l'ascenseur du segmenteur n'est pas fonctionnel

#2291 · opened Mar 24, 2017 by Mathieu Giraud app-analyze client-aligner client-ugly
- 2
updated Apr 11, 2017
Utilisateurs: avoir une colonne "groups" plus explicite

#2289 · opened Mar 23, 2017 by Mathieu Giraud priority-1-low server-admin server-groups
- 2
updated Mar 23, 2017
Segmenter et MiXCR: on ne voit pas les CDR3, ni les bords V/J précis

#2288 · opened Mar 22, 2017 by Mathieu Giraud bio-AA bio-analyze-more client client-aligner repseq-Shugay repseq-formats repseq-mixcr
- 2
updated Sep 27, 2017
Longueur des séquences consensus sur S22

#2287 · opened Mar 22, 2017 by Mathieu Giraud cpp cpp-heuristic cpp-representative
- 1
updated Mar 23, 2017
Utilisateurs: pays et position

#2286 · opened Mar 22, 2017 by Mathieu Giraud com priority-1-low server-database
- 0
updated Mar 22, 2017
Visualisation de getSegLengthDoubleFeature

#2276 · opened Mar 22, 2017 by Thonier Florian Web 2018.01 bio-primers client client-graph feature
- 5
updated Nov 23, 2018
`germline` ne devrait pas être une variable globale

#2271 · opened Mar 21, 2017 by Mathieu Giraud client dev-refactor
- 0
updated Apr 25, 2017
Les configs serveur n'acceptent pas certains caractères Unicode

#2266 · opened Mar 17, 2017 by Mathieu Giraud bikeshedding server-config
- 0
updated Mar 17, 2017
Mus musculus, isotypes.data

#2262 · opened Mar 16, 2017 by Mathieu Giraud bio-species
- 0
updated Mar 16, 2017
germlines-classes.data pour Sarah

#2261 · opened Mar 16, 2017 by Mathieu Giraud bio-species
- 0
updated Sep 17, 2017
Minimisation de l'automate

#2251 · opened Mar 14, 2017 by Mathieu Giraud !-hard cpp cpp-aho cpp-mem
- 0
updated Mar 16, 2017
Que signifie une e-valeur de 1 ?

#2250 · opened Mar 14, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion bio-e-value cpp cpp-heuristic
- 2
updated Mar 14, 2017
Trop de délétions dans les D : longueur négative

#2249 · opened Mar 14, 2017 by Mikaël Salson Algo -- Important !!-bug bio-e-value cpp cpp-finesegmenter-D
- 2
updated Jun 26, 2018
Inventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleurs

#2247 · opened Mar 13, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion bikeshedding bio-control client client-warning doc repseq-formats
- 10
updated Nov 20, 2018
Réflexion sur les zones dans le client et l'indépendance des vues

#2245 · opened Mar 11, 2017 by Mathieu Giraud Web 2018.01 !-reflexion client client-design client-ergonomy client-views
- 7
updated Sep 11, 2020
Avertir lorsque le pourcentage de séquences assemblées est faible

#2243 · opened Mar 09, 2017 by Mikaël Salson Paris-Pitié bio-control client-warning server-pre-process
- 3
updated Oct 19, 2018
Fort pourcentage de séquences non assemblées par PEAR

#2242 · opened Mar 09, 2017 by Mikaël Salson Paris-Pitié bio-analyze-more server-pre-process
- 4
updated Jan 21, 2019
Titre des samples lors de la comparaison de différentes analyses d'un même fichier (compare samples)

#2241 · opened Mar 09, 2017 by Mikaël Salson !-hard Paris-Pitié client-ergonomy server server-compare-last-results
- 2
updated Mar 13, 2017
Avoir une doc au format manpage pour le paquet algo

#2238 · opened Mar 09, 2017 by Ryan Herbert cpp dev-packaging doc priority-1-low
- 1
- 1
updated Dec 13, 2017
Faut-il afficher 1000 clones dans le client sur un échantillon ?

#2236 · opened Mar 09, 2017 by Mathieu Giraud Paris-Pitié bio-CLL bio-analyze-more client feature
- 9
updated Apr 08, 2019
Avoir un rapport plus générique

#2233 · opened Mar 09, 2017 by Mathieu Giraud LIL-Lille PAR-Debré Paris-Pitié bio-control client client-rapport
- 7
updated Aug 04, 2020
chargement de load analysis à chaque rechargement du model

#2225 · opened Mar 07, 2017 by Ghost User
- 0
updated Mar 07, 2017
should-get: timeout

#2219 · opened Mar 07, 2017 by Mathieu Giraud dev-tests
- 0
updated Mar 07, 2017
Ajout de séquence externe : la sauvegarder dans le .analysis

#2212 · opened Mar 02, 2017 by Mathieu Giraud client client-virtual-clone server-database
- 0
updated Mar 19, 2019
format_json.py: option pour grouper sur 1 ligne à partir d'une certaine profondeur

#2210 · opened Mar 02, 2017 by Mathieu Giraud dev-tests priority-1-low
- 0
updated Mar 02, 2017
Liens symboliques et montage de fichiers : robustesse à la suppression du lien ?

#2207 · opened Mar 02, 2017 by Mathieu Giraud server
- 0
updated Mar 02, 2017
clone.js: factoriser getSize() et getSize2()

#2204 · opened Mar 01, 2017 by Mathieu Giraud client client-normalization dev-refactor
- 0
updated Mar 01, 2017
Ajouter un clone: shouldRefresh() plus léger

#2203 · opened Mar 01, 2017 by Mathieu Giraud app-analyze client client-virtual-clone
- 0
updated Aug 22, 2017
Documenter l'application web de manière indépendante de l'algo RepSeq

#2200 · opened Feb 23, 2017 by Mathieu Giraud client doc repseq-mixcr repseq-platform
- 0
updated Feb 23, 2017
Étendre les tests de vitesse du client

#2197 · opened Feb 21, 2017 by Mathieu Giraud client client-speed dev-tests
- 1
updated Sep 04, 2019
Mesurer la performance du client

#2196 · opened Feb 20, 2017 by Mathieu Giraud !-important !-reflexion client client-speed dev-ci dev-tests
- 13
updated Jan 21, 2020
Inclure le .g dans le .vidjil

#2195 · opened Feb 20, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion bio-germlines repseq-formats wont-fix
- 2
updated Apr 25, 2017
API/URL: documenter, accès sur fichier distant

#2193 · opened Feb 18, 2017 by Mathieu Giraud Web 2018.01 client client-api doc repseq-platform
- 4
updated Jun 12, 2019
API/URL: être robuste à l'interprétation d'URL non correctement formées

#2192 · opened Feb 18, 2017 by Mathieu Giraud client client-api dev-robust
- 0
updated Nov 21, 2019
Lever un warning si on utilise -3 avec des séquences non gappées

#2189 · opened Feb 16, 2017 by Mathieu Giraud bio-AA cpp cpp-finesegmenter cpp-options doc priority-1-low
- 0
updated Feb 16, 2017
Retour à l'utilisateur lors de l'AJAX new clone

#2186 · opened Feb 16, 2017 by Mathieu Giraud client client-ergonomy
- 0
updated Jun 13, 2018
Mettre en place un reset analysis ?

#2177 · opened Feb 10, 2017 by Ryan Herbert !-reflexion client server
- 1
updated Jan 10, 2019
Features de séquences et axes : concepts et liens

#2174 · opened Feb 09, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion +-roadmap client client-aligner client-axis
- 0
updated May 27, 2020
Mieux construire la pseudo-germline xxx en prenant aussi les gènes D

#2168 · opened Feb 04, 2017 by Mathieu Giraud Heuristique 2.0 bio-germlines-pseudo cpp cpp-heuristic
- 7
updated Oct 03, 2018
Mieux construire la pseudo-germline xxx en ne prenant pas les doublons

#2167 · opened Feb 04, 2017 by Mathieu Giraud bio-germlines bio-germlines-pseudo cpp cpp-heuristic
- 0
updated Feb 04, 2017
Méta-données : provenance de l'échantillon

#2166 · opened Feb 03, 2017 by Mathieu Giraud bio-control bio-metadata server-database
- 0
updated Feb 07, 2017
Killer un processus qui tourne sur un fichier qu'on écrase ?

#2165 · opened Feb 03, 2017 by Mikaël Salson LIL-Lille dev-robust server server-task.py server-upload
- 4
updated Mar 02, 2017
Le nom du fichier n'est pas le bon après avoir "try again" quand l'upload echoue

#2164 · opened Feb 02, 2017 by Ryan Herbert !!-bug server server-upload
- 1
updated Feb 02, 2017
La suppression doit-elle vraiment supprimer ?

#2163 · opened Feb 02, 2017 by Mikaël Salson !-reflexion !-security server server-admin
- 2
updated Nov 06, 2019
Afficher des D selon leur niveau de e-valeur

#2162 · opened Feb 02, 2017 by Mikaël Salson !-reflexion REN-Rennes bio-e-value cpp-finesegmenter-D
- 2
updated Jan 10, 2019
Pouvoir signaler sur le client un downtime de la db et/ou la suspendre

#2152 · opened Feb 01, 2017 by Mathieu Giraud #-crisis-prevention client client-notifications com
- 13
updated Oct 11, 2018
Avoir un mécanisme automatique détectant un downtime de la db

#2151 · opened Feb 01, 2017 by Mathieu Giraud #-crisis-prevention client com server server-database server-monitor
- 2
updated Feb 22, 2017
Nettoyage des sessions web2py

#2145 · opened Jan 31, 2017 by Mikaël Salson dev-robust server ⟳-recurring-issue
- 7
updated Oct 26, 2017
Tester buildBrowserGermline.py

#2144 · opened Jan 31, 2017 by Mathieu Giraud bio-germlines bio-species client
- 0
updated Jan 31, 2017
À quoi doit ressembler le segmenteur ?

#2137 · opened Jan 27, 2017 by Mathieu Giraud bio-CLL client client-aligner client-design client-ergonomy
- 9
updated Oct 21, 2019
Sélection flexible des features à afficher dans le segmenteur

#2136 · opened Jan 27, 2017 by Mathieu Giraud client client-aligner client-ergonomy feature
- 1
updated Feb 09, 2017
Visualiser FR1 et autres dans le client

#2135 · opened Jan 27, 2017 by Mathieu Giraud Paris-Pitié bio-CLL client-aligner feature
- 1
updated Jun 16, 2020
Des workers meurent silencieusement

#2131 · opened Jan 25, 2017 by Mikaël Salson !-reflexion server
- 0
updated Jan 25, 2017
Champ 'germlines' dans le .vidjil et germlines par défaut

#2130 · opened Jan 25, 2017 by Mathieu Giraud bio-germlines bio-species client doc repseq-formats
- 1
updated Apr 25, 2017
Pas de confirmation avant la suppression d'un fichier de séquences

#2128 · opened Jan 24, 2017 by Mikaël Salson !-reflexion server server-ergonomy
- 0
updated Feb 28, 2019
remplacer documentUri

#2126 · opened Jan 24, 2017 by Mathieu Giraud client dev-policy
- 1
updated Nov 29, 2017
Afficher l'organisme dans le client

#2125 · opened Jan 24, 2017 by Mathieu Giraud bio-species client client-design
- 1
updated Apr 14, 2017
Avoir une meilleure modélisation des délétions à la fin du V et au début du J

#2124 · opened Jan 24, 2017 by Mathieu Giraud bio-e-value bio-large-deletion cpp cpp-costs cpp-finesegmenter
- 21
updated Nov 14, 2019
Pas d'assigation VDJ lorsqu'il y a de grosses délétions

#2119 · opened Jan 20, 2017 by Mikaël Salson !!-bug KIE-Kiel LIL-Lille bio-analyze-more bio-large-deletion cpp cpp-costs cpp-finesegmenter
- 3
updated Jun 25, 2018
Mode anonyme / impersonate pour utilisateurs (ayant pourtant le droit infos personnelles)

#2114 · opened Jan 19, 2017 by Mathieu Giraud #-privacy LIL-Lille client server server-auth
- 0
updated Jan 19, 2017
Favoriser une meilleure distribution des insertions dans le FineSegmenter

#2110 · opened Jan 17, 2017 by Mathieu Giraud !-hard !-reflexion bio-e-value cpp cpp-costs cpp-finesegmenter
- 5
updated Nov 22, 2017
Les décorateurs web2py fonctionneraient-ils ?

#2106 · opened Jan 16, 2017 by Ryan Herbert !-reflexion client priority-1-low server server-auth server-groups
- 0
updated Feb 01, 2017
Construire jeu de données de clusterisation à partir des analyses cliniques

#2099 · opened Jan 10, 2017 by Thonier Florian
- 0
updated Jan 10, 2017
Monitorer la vitesse de download/upload

#2087 · opened Jan 02, 2017 by Mathieu Giraud !-hard server-monitor server-speed
- 1
updated Jan 25, 2017
findPotentialField() & autres : enlever de segmenter.js

#2082 · opened Dec 27, 2016 by Mathieu Giraud !-hard !-reflexion client client-aligner
- 3
updated Jan 10, 2019
FineSegmenter et libSSA

#2080 · opened Dec 27, 2016 by Mathieu Giraud cpp cpp-finesegmenter cpp-speed
- 0
updated Sep 21, 2017
VDJML

#2078 · opened Dec 23, 2016 by Mathieu Giraud client-export repseq-community repseq-formats
- 4
updated Nov 20, 2018
Faire une passe sur doc/user.org avec le papier PLOS

#2075 · opened Dec 19, 2016 by Mathieu Giraud com com-paper doc
- 1
updated Aug 23, 2017
Documenter ?/?

#2074 · opened Dec 19, 2016 by Mathieu Giraud client client-axis client-grid doc
- 0
updated Dec 19, 2016
Séquences ?/?

#2073 · opened Dec 19, 2016 by Mathieu Giraud cpp-finesegmenter dev-tests-curated-vdj
- 0
updated Dec 19, 2016
Faire que la liste des clones et le segmenteurs soient copiables en texte

#2068 · opened Dec 15, 2016 by Mathieu Giraud app-analyze client client-aligner client-cloneList client-ergonomy client-export repseq-formats
- 0
updated Dec 15, 2016
Intégrer un composant liste dans le segmenteur autonome

#2066 · opened Dec 15, 2016 by Mathieu Giraud !-reflexion app-analyze client client-aligner client-cloneList cpp-finesegmenter
- 1
updated Jan 19, 2017
Pre-process par défaut

#2065 · opened Dec 14, 2016 by Mathieu Giraud com-first-time-user doc server server-pre-process
- 3
updated Oct 07, 2019
Pouvoir trier les axes par une liste arbitraire

#2061 · opened Dec 13, 2016 by Mathieu Giraud client client-axis client-ergonomy
- 1
updated Apr 11, 2017
Afficher la documentation des axes 1 of 2 tasks completed

#2060 · opened Dec 13, 2016 by Mathieu Giraud client client-axis client-grid doc
- 3
updated Jan 10, 2019
Features à l'extérieur d'une séquence

#2049 · opened Dec 08, 2016 by Mikaël Salson bio-primers client client-aligner repseq-formats
- 1
updated Dec 08, 2016