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New issue
  • Priority Created date Last updated Milestone due date Due date Popularity Label priority Manual
  • La redirection de /vidjil/default/index ne fonctionne pas toujours comme prévu
    #3345 · opened Jul 06, 2018 by Ryan Herbert   !!-bug server
    • 0
    updated Jul 06, 2018
  • Pouvoir débugger le filtrage, décompte de k-mers
    #3346 · opened Jul 06, 2018 by Mathieu Giraud   cpp-finesegmenter dev-tests wont-fix
    • CLOSED
    • 2
    • 2
    updated Jul 06, 2018
  • Option pour arrêter la génération du json au bout de n séquences
    #3347 · opened Jul 09, 2018 by Mathieu Giraud   Algo 2018.08   cpp-export cpp-mem cpp-options
    • CLOSED
    • 1
    • 1
    updated Jul 10, 2018
  • doc en .md : org-babel-tangle.py pour les tests browser
    #3348 · opened Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud   dev-tests doc
    • CLOSED
    • 1
    • 3
    updated Jul 12, 2018
  • doc en .md en anchors pour l'aide depuis le client
    #3349 · opened Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud   doc
    • 3
    updated Jul 12, 2018
  • Faire un artefact avec la doc .html et le déployer
    #3350 · opened Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud   dev-cd doc
    • CLOSED
    • 1
    • 4
    updated Dec 04, 2019
  • Dockerimages starting order
    #3351 · opened Jul 10, 2018 by Alexander Shlemov   !!-bug server-docker
    • 3
    updated Jul 11, 2018
  • Optimiser la page des groupes
    #3352 · opened Jul 10, 2018 by Ryan Herbert   !-important server server-admin
    • CLOSED
    • 1
    • 8
    updated Oct 05, 2018
  • should-vdj-to-tap.py --retry
    #3353 · opened Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud   *-go dev-tests-curated-vdj
    • 0
    updated Jul 10, 2018
  • Une séquence n'est pas analysée quand le filtrage est activé
    #3354 · opened Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud   Algo 2018.08   !!-bug cpp-filter-fine dev-tests-curated-vdj
    • CLOSED
    • 1
    • 55
    updated Jul 11, 2018
  • Réduire l'affichage lors du debug de la méthode filter
    #3355 · opened Jul 10, 2018 by Cyprien Borée   cpp-filter-fine
    • 4
    updated Jul 10, 2018
  • genes et up/down-stream : vérifier qu'on tombe au bon endroit par rapport à *01
    #3356 · opened Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud   Algo 2018.08   *-go bio-germlines-pseudo
    • CLOSED
    • 11
    updated Oct 17, 2018
  • Détection de séquences VJ particulières
    #3357 · opened Jul 11, 2018 by Mikaël Salson   bio-primers client-warning cpp cpp-heuristic
    • 1
    updated Aug 30, 2018
  • Objets 'Output', où mettre la préparation complète du json_clone ?
    #3358 · opened Jul 11, 2018 by Mathieu Giraud   cpp-export dev-refactor
    • CLOSED
    • 13
    updated Nov 21, 2018
  • Le tri de la liste sample_set ne fonctionne pas correctement
    #3359 · opened Jul 11, 2018 by Ryan Herbert   !!-bug server
    • CLOSED
    • 1
    • 0
    updated Jul 13, 2018
  • Gestion plus propre des warnings   1 of 3 tasks completed
    #3360 · opened Jul 11, 2018 by Mikaël Salson   !-reflexion client-warning cpp dev-refactor
    • 1
    • 7
    updated Jun 11, 2020
  • Erreur de compilation avec `g++-7`
    #3361 · opened Jul 11, 2018 by Mikaël Salson   Algo 2018.08   !!-bug cpp cpp-compiler
    • CLOSED
    • 1
    • 4
    updated Jul 11, 2018
  • À quoi sert le ref dans les fichiers .g / à quoi sert germline_id
    #3362 · opened Jul 12, 2018 by Mikaël Salson   bio-germlines doc repseq-formats
    • 6
    updated Sep 07, 2018
  • Documenter le format utilisé dans les fichiers `.g`
    #3363 · opened Jul 12, 2018 by Mikaël Salson   bio-germlines doc repseq-formats
    • 1
    updated Sep 07, 2018
  • Génération du JSON : l'espace mémoire augmente de 50% à la fin de Vidjil
    #2120 · opened Jan 20, 2017 by Mikaël Salson   json-export   cpp cpp-mem priority-1-low
    • CLOSED
    • 35
    updated Jun 11, 2020
  • mettre une rangée d'étoiles dans le .info_color et dans le menu "filter" pour les tags
    #1461 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team   !-easy *-go client client-design client-filter priority-2
    • 0
    updated Jul 12, 2018
  • Mettre le même tag à tous les clones sélectionnés
    #1292 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team   !-easy *-go LIL-Immuno client-ergonomy client-filter
    • CLOSED
    • 1
    • 3
    updated Feb 05, 2019
  • Vérifier tous les liens de la doc, internes comme externe
    #3364 · opened Jul 12, 2018 by Mathieu Giraud   dev-ci dev-tests doc
    • CLOSED
    • 5
    updated Jan 22, 2020
  • should-vdj-to-tap ne vérifie pas correctement le locus
    #3365 · opened Jul 12, 2018 by Mikaël Salson   Algo -- Important   !!-bug *-go dev-tests-curated-vdj
    • 1
    updated May 20, 2020
  • CI ne lance pas shouldlocus
    #3366 · opened Jul 12, 2018 by Mikaël Salson   Algo 2018.08   *-go dev-ci dev-tests-curated-vdj
    • CLOSED
    • 2
    updated Jul 12, 2018
  • Authentification forte
    #3367 · opened Jul 12, 2018 by Mathieu Giraud   !-security #-legal #-vidjilnet server-auth
    • 8
    updated Dec 16, 2020
  • Réparer Vidjil-deploy-doc
    #3368 · opened Jul 12, 2018 by Mikaël Salson   dev-cd dev-ci doc
    • CLOSED
    • 3
    updated Aug 27, 2020
  • Tester tools/validate-links.py
    #3369 · opened Jul 12, 2018 by Mikaël Salson   dev-tests doc
    • 1
    updated May 20, 2020
  • Une séquence passe en unexpected au lieu d'IGH
    #3370 · opened Jul 12, 2018 by Mikaël Salson   !-reflexion bio-germlines-pseudo cpp cpp-heuristic dev-tests-curated-vdj
    • 1
    updated Jul 13, 2018
  • Différences entre les séquences d'IMGT et celles récupérées en utilisant leur accession
    #3372 · opened Jul 13, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug bio-germlines bio-germlines-pseudo repseq-IMGT
    • CLOSED
    • 1
    • 0
    updated Jul 13, 2018
  • Des erreurs dans certains fichiers de germline
    #3373 · opened Jul 13, 2018 by Mikaël Salson   Algo 2018.08   !!-bug bio-germlines bio-species
    • CLOSED
    • 1
    • 1
    updated Jul 13, 2018
  • Stocker en base de données tous les accès
    #3374 · opened Jul 13, 2018 by Mikaël Salson   !-security #-quality #-vidjilnet server server-database server-logs
    • 6
    updated Jan 08, 2019
  • La page des logs est trop longue à charger : la paginer
    #3375 · opened Jul 13, 2018 by Mikaël Salson   server server-database server-ergonomy server-speed
    • 1
    updated Feb 28, 2019
  • SEG_METHOD_123: Détecter les recombinaisons à trois, même si elles sont vues comme VJ normal
    #3376 · opened Jul 13, 2018 by Mathieu Giraud   !-hard cpp-heuristic
    • 2
    updated Jul 16, 2018
  • Données complètement anonymes sur le serveur
    #3378 · opened Jul 13, 2018 by Mathieu Giraud   #-privacy server server-admin server-database
    • 2
    updated Jan 10, 2019
  • identito-vigilance: protocole par le biais des SNP
    #3379 · opened Jul 13, 2018 by Thonier Florian   !-reflexion bio-control
    • 0
    updated Jul 13, 2018
  • Mettre un objet "Clone" dans le cpp
    #3380 · opened Jul 13, 2018 by Mathieu Giraud   !-hard cpp dev-refactor
    • CLOSED
    • 1
    updated Dec 04, 2018
  • top par système dans vidjil-algo
    #3381 · opened Jul 13, 2018 by Mathieu Giraud   Algo -- Important   *-go cpp cpp-export dev-refactor
    • 0
    updated Jun 25, 2020
  • gestion des configurations
    #3382 · opened Jul 13, 2018 by Thonier Florian   client server-groups
    • 0
    updated Jul 13, 2018
  • Vérifier s'il y a recopie en retournant la valeur de sortedWindowsToJson
    #3383 · opened Jul 13, 2018 by Mikaël Salson   cpp cpp-mem
    • CLOSED
    • 11
    updated Jul 16, 2018
  • Liste des `SEG_METHOD_*`
    #3385 · opened Jul 16, 2018 by Mathieu Giraud   cpp cpp-heuristic
    • 0
    updated Feb 15, 2019
  • Indexer séparément, mais à la suite, les up/down-stream
    #3386 · opened Jul 16, 2018 by Mathieu Giraud   !-reflexion bio-germlines-pseudo cpp cpp-heuristic
    • 0
    updated Jul 16, 2018
  • Effacer les objets au fur et à mesure qu'ils sont exportés   1 of 3 tasks completed
    #3387 · opened Jul 16, 2018 by Mikaël Salson   Algo 2018.08   cpp cpp-export cpp-mem
    • CLOSED
    • 1
    • 27
    updated Jul 20, 2018
  • Agrandir la taille des graines pour limiter les faux positifs
    #3388 · opened Jul 16, 2018 by Mikaël Salson   Algo -- Important   *-go cpp cpp-heuristic
    • 1
    updated Nov 23, 2019
  • Séquences stockées dans `seqs_by_window` : champs, compression ?
    #3389 · opened Jul 17, 2018 by Mathieu Giraud   !-reflexion cpp-mem
    • 9
    updated Jul 18, 2018
  • Qualité sur la fenêtre en sortie de vidjil-algo sans passer par `quality` de toutes les séquences
    #3390 · opened Jul 17, 2018 by Mathieu Giraud   bio-control cpp-export feature
    • 6
    updated Jul 17, 2018
  • Stocker les k-mers pour la représentative au lieu de stocker les séquences
    #3391 · opened Jul 17, 2018 by Mathieu Giraud   !-hard cpp-mem wont-fix
    • 2
    updated Jul 17, 2018
  • Profilage de l'espace mémoire utilisé par Vidjil-algo
    #3392 · opened Jul 17, 2018 by Mikaël Salson   *-go cpp cpp-mem
    • 4
    updated Apr 29, 2020
  • BinReadStorage : n'utiliser des bins que lorsque c'est nécessaire
    #3393 · opened Jul 18, 2018 by Mikaël Salson   Algo 2018.09   *-go cpp cpp-mem
    • CLOSED
    • 1
    • 18
    updated Aug 07, 2018
  • BinReadStorage : Pertinence de 30 bins, tests ?
    #3394 · opened Jul 18, 2018 by Mathieu Giraud   cpp-representative dev-tests priority-1-low
    • 2
    updated Mar 15, 2019
  • La génération du JSON peut allouer 1 GB de mémoire à la fin de vidjil-algo
    #3395 · opened Jul 18, 2018 by Mathieu Giraud   cpp cpp-mem priority-1-low
    • CLOSED
    • 1
    • 1
    updated Oct 17, 2018
  • Tester le temps d'exécution et l'utilisation mémoire de Vidjil-algo
    #3396 · opened Jul 18, 2018 by Mikaël Salson   cpp cpp-mem cpp-speed dev-tests dev-tests-should-get
    • CLOSED
    • 1
    updated Aug 27, 2020
  • Coûts environnementaux et économiques de CI
    #3397 · opened Jul 18, 2018 by Mathieu Giraud   #-ethics dev-ci
    • 27
    updated Dec 02, 2020
  • Release 2018.07.2
    #3398 · opened Jul 18, 2018 by Mathieu Giraud   Algo 2018.08   Jul 26, 2018
    • CLOSED
    • 11
    updated Oct 31, 2018
  • Tests sur des navigateurs récents
    #3399 · opened Jul 18, 2018 by Mikaël Salson   *-go dev-tests-watir
    • 2
    updated Feb 04, 2019
  • Pas de résultat visible avec des runs COMPLETED
    #3400 · opened Jul 19, 2018 by Ryan Herbert   !!-bug LIL-Lille server server-task.py
    • 2
    updated Jul 19, 2018
  • Liste de tests fonctionnels server   18 of 62 tasks completed
    #3401 · opened Jul 19, 2018 by Ryan Herbert   dev-robust dev-tests-watir server
    • 1
    • 4
    updated Jan 08, 2021
  • Aho : segmentation en DJ au lieu de VDJ
    #3402 · opened Jul 19, 2018 by Mikaël Salson   Heuristique 2.0   !!-bug cpp cpp-aho math-stats
    • 1
    updated Oct 03, 2018
  • Les tests should-vdj ne lancent pas en `xxx`
    #3403 · opened Jul 19, 2018 by Mikaël Salson   Algo 2018.09   dev-tests-curated-vdj
    • CLOSED
    • 1
    updated Jul 19, 2018
  • Aho : segmentation en xxx au lieu de IGH VDJ
    #3404 · opened Jul 19, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug bio-germlines-pseudo cpp cpp-aho math-stats
    • CLOSED
    • 0
    updated Jul 19, 2018
  • Choses sur lesquelles il y a eu du travail et qui seraient à boucler
    #3405 · opened Jul 20, 2018 by Mathieu Giraud   +-working-dead
    • 3
    updated Jul 20, 2018
  • Réinitialisation db pour les tests
    #3406 · opened Jul 20, 2018 by Mathieu Giraud   dev-ci dev-tests
    • 0
    updated Jul 20, 2018
  • Décoration des champs du contrôleur multi samples
    #3407 · opened Jul 20, 2018 by Mikaël Salson   server server-ergonomy server-sample-sets
    • 2
    updated Feb 28, 2019
  • Qualité de chaque échantillon : première itération   0 of 6 tasks completed
    #3408 · opened Jul 20, 2018 by Mikaël Salson   bio-control server-compare-samples
    • 0
    updated Jul 20, 2018
  • Modéliser / représenter la "read distribution"
    #3409 · opened Jul 20, 2018 by Mathieu Giraud   bio-control
    • 3
    updated Jul 15, 2019
  • Absence de reads lors d'une comparaison de 2 échantillons
    #3410 · opened Jul 20, 2018 by Anne de Septenville   Paris-Pitié server-compare-samples
    • 7
    updated Jul 20, 2018
  • Bouton admin pour passer à la version suivante de vidjil-algo ?
    #3411 · opened Jul 20, 2018 by Mathieu Giraud   dev-cd
    • 1
    updated Jul 20, 2018
  • Compare sample : depuis la liste globale pour une même config on ne voit que le plus ancien résultat
    #3412 · opened Jul 20, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug server server-compare-last-results server-compare-samples
    • 7
    updated Feb 27, 2019
  • Vocabulaire vidjil-algo Kmer/Fine   0 of 6 tasks completed
    #3413 · opened Jul 21, 2018 by Mathieu Giraud   Algo 2020.06   bikeshedding com doc
    • CLOSED
    • 8
    updated Jun 11, 2020
  • Exporter les 3+v meilleurs gènes
    #3414 · opened Jul 21, 2018 by Mathieu Giraud
    • CLOSED
    • 1
    • 0
    updated Apr 04, 2019
  • Mettre -2 et -3 par défaut ?
    #3415 · opened Jul 21, 2018 by Mathieu Giraud   cpp-options
    • 0
    updated Jul 21, 2018
  • Le fenêtre info ne s'ouvre pas
    #3416 · opened Jul 24, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug +-working PAR-Debré client
    • CLOSED
    • 1
    • 2
    updated Jul 25, 2018
  • Avec les nouvelles germlines, l'export FASTA ne fonctionne plus
    #3417 · opened Jul 24, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug bio-germlines client dev-tests-watir
    • CLOSED
    • 1
    • 0
    updated Jul 24, 2018
  • Menu plot : au delà d'un certain rang l'axe montré comme sélectionné n'est pas le bon
    #3418 · opened Jul 26, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug client client-ergonomy client-grid
    • CLOSED
    • 1
    updated Aug 07, 2018
  • Tests sur les CD qui échouent avec Aho
    #3419 · opened Jul 27, 2018 by Mikaël Salson   Nov 9, 2018   cpp cpp-aho dev-tests-should-get
    • CLOSED
    • 2
    • 5
    updated Mar 05, 2019
  • Améliorer l'ergonomie de l'auto-completion
    #3420 · opened Jul 27, 2018 by Anne de Septenville   Paris-Pitié client-autocomplete client-ergonomy
    • 3
    updated Mar 25, 2019
  • Auto-complétion des samples sets : marquer la distinction entre résultats récents et résultats globaux.
    #3421 · opened Jul 27, 2018 by Mikaël Salson   bikeshedding client client-autocomplete client-ergonomy
    • 0
    updated Jul 27, 2018
  • Auto-complétion des sample sets : augmenter la limite de 10 résultats et la rendre claire
    #3422 · opened Jul 27, 2018 by Mikaël Salson   client client-autocomplete server-ergonomy
    • 0
    updated Feb 28, 2019
  • Etendre vidjilparser.py pour générer des fichiers
    #3423 · opened Jul 30, 2018 by Ryan Herbert   !-reflexion
    • 0
    updated Jul 30, 2018
  • Etendre les infos extraites avec sample_set/multi_sample_stats
    #3425 · opened Aug 06, 2018 by Ryan Herbert
    • 0
    updated Aug 06, 2018
  • Le coverage et average_read_length semble plus bas avec la nouvelle version de l'aglo
    #3426 · opened Aug 07, 2018 by Thonier Florian   !!-bug cpp
    • CLOSED
    • 6
    updated Aug 07, 2018
  • Merge de reads bizarre, séquences trop courtes, clustérisant des séquences qui ne devraient pas l'être
    #3427 · opened Aug 07, 2018 by Mathieu Giraud   !!-bug server-pre-process
    • 0
    updated Jan 10, 2019
  • inclure make should-ijson avec un !REQUIRES
    #3428 · opened Aug 07, 2018 by Mathieu Giraud   dev-tests
    • 1
    updated Aug 07, 2018
  • Les tests watir sur segmenter_page ne fonctionnent plus
    #3430 · opened Aug 08, 2018 by Mathieu Giraud   !-important *-go +-working app-analyze dev-tests dev-tests-watir
    • CLOSED
    • 1
    • 7
    updated Sep 12, 2018
  • Test functional qui ne marche pas de manière non reproductible
    #3431 · opened Aug 08, 2018 by Mathieu Giraud   dev-ci dev-gitlab dev-tests dev-tests-watir
    • CLOSED
    • 7
    updated Sep 14, 2018
  • Les test_server_functional Docker peuvent saturer l'espace disque
    #3432 · opened Aug 08, 2018 by Mathieu Giraud   #-crisis-prevention dev-tests priority-4-week server-docker server-hosting
    • CLOSED
    • 1
    • 11
    updated Nov 22, 2019
  • Les tests functionnal external ne passent plus du tout sur dev ?
    #3433 · opened Aug 08, 2018 by Mathieu Giraud   dev-tests dev-tests-watir
    • CLOSED
    • 2
    updated Sep 14, 2018
  • mauvais tri dans les labels des axes
    #3434 · opened Aug 08, 2018 by Thonier Florian   !!-bug client client-axis client-bar
    • CLOSED
    • 4
    updated Jan 10, 2019
  • Tests fonctionnels en ordre aléatoire
    #3435 · opened Aug 10, 2018 by Mathieu Giraud   dev-tests dev-tests-watir
    • 0
    updated Aug 10, 2018
  • Statistiques : tester, mettre en production pour tous
    #3436 · opened Aug 10, 2018 by Mathieu Giraud   feature server
    • CLOSED
    • 1
    • 1
    updated Oct 02, 2018
  • d3.js : conserver, changer ?
    #3437 · opened Aug 13, 2018 by Mathieu Giraud   !-hard !-reflexion client-speed dev-refactor
    • 2
    updated Jan 10, 2019
  • Largeur des histogrammes
    #3438 · opened Aug 13, 2018 by Mathieu Giraud   client-bar
    • CLOSED
    • 1
    updated Aug 14, 2018
  • L'animation BAR > GRID fait parfois "sauter" temporairement les clones hors du sp
    #3439 · opened Aug 13, 2018 by Mathieu Giraud   client-bar client-ugly
    • 1
    updated Aug 13, 2018
  • repetition d'un warning de clone présent sur plusieurs sample : simplifier, factoriser
    #3440 · opened Aug 27, 2018 by Thonier Florian   !-easy *-go client client-cloneList client-ergonomy client-info client-warning
    • 3
    updated Dec 04, 2020
  • Avoir un raccourci pour ouvrir un seul sample à la fois
    #3441 · opened Aug 29, 2018 by Thonier Florian   !-reflexion client client-menu server-ergonomy
    • 5
    updated Feb 28, 2019
  • Environnement de review pour les feature-s
    #3442 · opened Aug 30, 2018 by Mathieu Giraud   dev-gitlab dev-tests server server-docker
    • CLOSED
    • 0
    updated Oct 26, 2018
  • ERG; ajouter un warning pour une séquence aspecifique
    #3443 · opened Aug 30, 2018 by Thonier Florian   PAR-Debré client-warning
    • 1
    updated Aug 30, 2018
  • Mettre en place les artefacts JUnit xml (make should)
    #3444 · opened Aug 30, 2018 by Mathieu Giraud   dev-gitlab dev-tests
    • CLOSED
    • 1
    • 3
    updated Nov 22, 2019
  • serveur delocalisé; problème à l'installation; job coincés en queue
    #3445 · opened Aug 31, 2018 by Thonier Florian   doc repseq-community server server-admin user-request
    • 2
    updated Aug 31, 2018
  • Tests fonctionnels sur serveurs de tests à partir de traces live
    #3446 · opened Sep 04, 2018 by Mathieu Giraud   #-quality dev-tests
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    updated Sep 04, 2018
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