Issues · vidjil / vidjil

New issue

L'icône "run" n'est pas assez claire

#3324 · created Jun 22, 2018 by Mathieu Giraud bikeshedding client-design server-ergonomy
- 9
updated Feb 28, 2019
Mutations silencieuses (ou pas) : afficher les codons `get_codons`

#3325 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud CLL-2018-septembre *-go bio-AA client client-aligner
- CLOSED
- 1
- 3
updated Sep 28, 2018
La traduction AA du CDR3 ne fonctionne plus (et n'est pas accessible)

#3326 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud bio-AA client-aligner feature
- CLOSED
- 1
- 6
updated Apr 08, 2021
Release 2018.08

#3327 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08
- CLOSED
- 35
updated Jul 20, 2018
Déploiement de 2018.06 : non, attendre 2018.07 ?

#3328 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud
- CLOSED
- 3
updated Oct 24, 2018
Affichage du CDR3 : le mettre en production

#3330 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud CLL-2018-septembre LIL-Lille bio-AA client client-aligner feature patho-LLC
- CLOSED
- 1
- 3
updated Sep 27, 2018
Client : aligner avec EndWithSomeDeletions pour l'alignement contre les germlines

#3332 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud CLL-2018-septembre client-aligner cpp-dynprog
- 4
updated Feb 13, 2019
Décalage de l'affichage du CDR3 (entre autres ?) dans le segmenteur

#3333 · created Jul 05, 2018 by Mikaël Salson CLL-2018-septembre !!-bug !-easy *-go +-working bio-CLL client client-aligner
- CLOSED
- 5
updated Sep 27, 2018
Stéréotypie CDR3 à un subset connu

#3334 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud CLL-2018-septembre !-important LIL-Lille bio-AA bio-CLL client-warning feature user-request
- 8
updated Feb 23, 2021
Le test browser functional external ne passe pas sur dev

#3335 · created Jul 05, 2018 by Mikaël Salson !!-bug client dev-ci dev-tests
- CLOSED
- 2
updated Jul 05, 2018
Fusionner les jobs prepare-release et release, et aussi copy/deploy ?

#3336 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud dev-build dev-cd
- 1
updated Jul 12, 2018
Erreur de segmentation avec une petite valeur -X n

#3337 · created Jul 05, 2018 by Cyprien Borée !!-bug cpp
- 6
updated Jul 11, 2018
100% d'alignements sont récupérés lors de certaines exécutions

#3338 · created Jul 05, 2018 by Cyprien Borée !!-bug !-reflexion
- CLOSED
- 5
updated Jul 06, 2018
Déplacer les tests de coverage plus loin dans le pipeline

#3339 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud tests-speed
- CLOSED
- 8
updated Jul 09, 2018
Coverage : faire quelque chose des résultats

#3340 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud dev-gitlab dev-tests
- 3
updated Jul 05, 2018
Ne pas indiquer la première germline pour les séquences avec zéro kmers

#3343 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud wont-fix
- 1
- 2
updated Jul 06, 2018
Le filtrage avec -Z 1 ne renvoie pas la bonne séquence

#3344 · created Jul 06, 2018 by Mikaël Salson cpp cpp-filter-fine dev-tests
- 7
updated Jul 10, 2018
La redirection de /vidjil/default/index ne fonctionne pas toujours comme prévu

#3345 · created Jul 06, 2018 by Ryan Herbert !!-bug server
- 0
updated Jul 06, 2018
Pouvoir débugger le filtrage, décompte de k-mers

#3346 · created Jul 06, 2018 by Mathieu Giraud cpp-finesegmenter dev-tests wont-fix
- CLOSED
- 2
- 2
updated Jul 06, 2018
Option pour arrêter la génération du json au bout de n séquences

#3347 · created Jul 09, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 cpp-export cpp-mem cpp-options
- CLOSED
- 1
- 1
updated Jul 10, 2018
doc en .md : org-babel-tangle.py pour les tests browser

#3348 · created Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud dev-tests doc
- CLOSED
- 1
- 3
updated Jul 12, 2018
doc en .md en anchors pour l'aide depuis le client

#3349 · created Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud doc
- 3
updated Jul 12, 2018
Faire un artefact avec la doc .html et le déployer

#3350 · created Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud dev-cd doc
- CLOSED
- 1
- 4
updated Dec 04, 2019
Dockerimages starting order

#3351 · created Jul 10, 2018 by Alexander Shlemov !!-bug server-docker
- 3
updated Jul 11, 2018
Optimiser la page des groupes

#3352 · created Jul 10, 2018 by Ryan Herbert !-important server server-admin
- CLOSED
- 1
- 8
updated Oct 05, 2018
should-vdj-to-tap.py --retry

#3353 · created Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud *-go dev-tests-curated-vdj
- 0
updated Jul 10, 2018
Une séquence n'est pas analysée quand le filtrage est activé

#3354 · created Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 !!-bug cpp-filter-fine dev-tests-curated-vdj
- CLOSED
- 1
- 55
updated Jul 11, 2018
Réduire l'affichage lors du debug de la méthode filter

#3355 · created Jul 10, 2018 by Cyprien Borée cpp-filter-fine
- 4
updated Jul 10, 2018
genes et up/down-stream : vérifier qu'on tombe au bon endroit par rapport à *01

#3356 · created Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 *-go bio-germlines-pseudo
- CLOSED
- 11
updated Oct 17, 2018
Détection de séquences VJ particulières

#3357 · created Jul 11, 2018 by Mikaël Salson bio-primers client-warning cpp cpp-heuristic
- 1
updated Aug 30, 2018
Objets 'Output', où mettre la préparation complète du json_clone ?

#3358 · created Jul 11, 2018 by Mathieu Giraud cpp-export dev-refactor
- CLOSED
- 13
updated Nov 21, 2018
Le tri de la liste sample_set ne fonctionne pas correctement

#3359 · created Jul 11, 2018 by Ryan Herbert !!-bug server
- CLOSED
- 1
- 0
updated Jul 13, 2018
Gestion plus propre des warnings 1 of 3 tasks completed

#3360 · created Jul 11, 2018 by Mikaël Salson !-reflexion client-warning cpp dev-refactor warning-meta
- 1
- 7
updated Feb 03, 2021
Erreur de compilation avec `g++-7`

#3361 · created Jul 11, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 !!-bug cpp cpp-compiler
- CLOSED
- 1
- 4
updated Jul 11, 2018
À quoi sert le ref dans les fichiers .g / à quoi sert germline_id

#3362 · created Jul 12, 2018 by Mikaël Salson bio-germlines doc repseq-formats
- 6
updated Sep 07, 2018
Documenter le format utilisé dans les fichiers `.g`

#3363 · created Jul 12, 2018 by Mikaël Salson bio-germlines doc repseq-formats
- 1
updated Sep 07, 2018
Génération du JSON : l'espace mémoire augmente de 50% à la fin de Vidjil

#2120 · created Jan 20, 2017 by Mikaël Salson json-export cpp cpp-mem priority-1-low
- CLOSED
- 35
updated Jun 11, 2020
mettre une rangée d'étoiles dans le .info_color et dans le menu "filter" pour les tags

#1461 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-easy *-go client client-design client-filter priority-2
- 0
updated Jul 12, 2018
Mettre le même tag à tous les clones sélectionnés

#1292 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-easy *-go LIL-Immuno client-ergonomy client-filter
- CLOSED
- 1
- 3
updated Feb 05, 2019
Vérifier tous les liens de la doc, internes comme externe

#3364 · created Jul 12, 2018 by Mathieu Giraud dev-ci dev-tests doc
- CLOSED
- 5
updated Jan 22, 2020
should-vdj-to-tap ne vérifie pas correctement le locus

#3365 · created Jul 12, 2018 by Mikaël Salson Algo -- Important !!-bug *-go dev-tests-curated-vdj
- 1
updated May 20, 2020
CI ne lance pas shouldlocus

#3366 · created Jul 12, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 *-go dev-ci dev-tests-curated-vdj
- CLOSED
- 2
updated Jul 12, 2018
Authentification forte

#3367 · created Jul 12, 2018 by Mathieu Giraud !-security #-legal #-vidjilnet server-auth
- 8
updated Dec 16, 2020
Réparer Vidjil-deploy-doc

#3368 · created Jul 12, 2018 by Mikaël Salson dev-cd dev-ci doc
- CLOSED
- 3
updated Aug 27, 2020
Tester tools/validate-links.py

#3369 · created Jul 12, 2018 by Mikaël Salson dev-tests doc
- 1
updated May 20, 2020
Une séquence passe en unexpected au lieu d'IGH

#3370 · created Jul 12, 2018 by Mikaël Salson !-reflexion bio-germlines-pseudo cpp cpp-heuristic dev-tests-curated-vdj
- 1
updated Jul 13, 2018
Différences entre les séquences d'IMGT et celles récupérées en utilisant leur accession

#3372 · created Jul 13, 2018 by Mikaël Salson !!-bug bio-germlines bio-germlines-pseudo repseq-IMGT
- CLOSED
- 1
- 0
updated Jul 13, 2018
Des erreurs dans certains fichiers de germline

#3373 · created Jul 13, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 !!-bug bio-germlines bio-species
- CLOSED
- 1
- 1
updated Jul 13, 2018
Stocker en base de données tous les accès

#3374 · created Jul 13, 2018 by Mikaël Salson !-security #-quality #-vidjilnet server server-database server-logs
- 6
updated Jan 08, 2019
La page des logs est trop longue à charger : la paginer

#3375 · created Jul 13, 2018 by Mikaël Salson server server-database server-ergonomy server-speed
- 1
updated Feb 28, 2019
SEG_METHOD_123: Détecter les recombinaisons à trois, même si elles sont vues comme VJ normal

#3376 · created Jul 13, 2018 by Mathieu Giraud !-hard cpp-heuristic
- 2
updated Jul 16, 2018
identito-vigilance: protocole par le biais des SNP

#3379 · created Jul 13, 2018 by Thonier Florian !-reflexion bio-control
- 0
updated Jul 13, 2018
Mettre un objet "Clone" dans le cpp

#3380 · created Jul 13, 2018 by Mathieu Giraud !-hard cpp dev-refactor
- CLOSED
- 1
updated Dec 04, 2018
top par système dans vidjil-algo

#3381 · created Jul 13, 2018 by Mathieu Giraud Algo -- Important *-go cpp cpp-export dev-refactor
- 0
updated Jun 25, 2020
gestion des configurations

#3382 · created Jul 13, 2018 by Thonier Florian client server-groups
- 0
updated Jul 13, 2018
Vérifier s'il y a recopie en retournant la valeur de sortedWindowsToJson

#3383 · created Jul 13, 2018 by Mikaël Salson cpp cpp-mem
- CLOSED
- 11
updated Jul 16, 2018
Liste des `SEG_METHOD_*`

#3385 · created Jul 16, 2018 by Mathieu Giraud cpp cpp-heuristic
- 0
updated Feb 10, 2021
Indexer séparément, mais à la suite, les up/down-stream

#3386 · created Jul 16, 2018 by Mathieu Giraud !-reflexion bio-germlines-pseudo cpp cpp-heuristic
- 0
updated Jul 16, 2018
Effacer les objets au fur et à mesure qu'ils sont exportés 1 of 3 tasks completed

#3387 · created Jul 16, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 cpp cpp-export cpp-mem
- CLOSED
- 1
- 27
updated Jul 20, 2018
Agrandir la taille des graines pour limiter les faux positifs

#3388 · created Jul 16, 2018 by Mikaël Salson Algo -- Important *-go cpp cpp-heuristic
- 1
updated Nov 23, 2019
Séquences stockées dans `seqs_by_window` : champs, compression ?

#3389 · created Jul 17, 2018 by Mathieu Giraud !-reflexion cpp-mem
- 9
updated Jul 18, 2018
Qualité sur la fenêtre en sortie de vidjil-algo sans passer par `quality` de toutes les séquences

#3390 · created Jul 17, 2018 by Mathieu Giraud bio-control cpp-export feature
- 6
updated Jul 17, 2018
Stocker les k-mers pour la représentative au lieu de stocker les séquences

#3391 · created Jul 17, 2018 by Mathieu Giraud !-hard cpp-mem wont-fix
- 2
updated Jul 17, 2018
Pouvoir choisir par le réseau des fichiers avant pre-process

#4772 · created Apr 21, 2021 by Mathieu Giraud May 19, 2021 next-audio server-mounted-files server-pre-process
- 9
updated May 07, 2021
Profilage de l'espace mémoire utilisé par Vidjil-algo

#3392 · created Jul 17, 2018 by Mikaël Salson *-go cpp cpp-mem
- 4
updated Apr 29, 2020
BinReadStorage : n'utiliser des bins que lorsque c'est nécessaire

#3393 · created Jul 18, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.09 *-go cpp cpp-mem
- CLOSED
- 1
- 18
updated Aug 07, 2018
BinReadStorage : Pertinence de 30 bins, tests ?

#3394 · created Jul 18, 2018 by Mathieu Giraud cpp-representative dev-tests priority-1-low
- 2
updated Mar 15, 2019
La génération du JSON peut allouer 1 GB de mémoire à la fin de vidjil-algo

#3395 · created Jul 18, 2018 by Mathieu Giraud cpp cpp-mem priority-1-low
- CLOSED
- 1
- 1
updated Oct 17, 2018
Tester le temps d'exécution et l'utilisation mémoire de Vidjil-algo

#3396 · created Jul 18, 2018 by Mikaël Salson cpp cpp-mem cpp-speed dev-tests dev-tests-should-get
- CLOSED
- 1
updated Aug 27, 2020
Coûts environnementaux et économiques de CI

#3397 · created Jul 18, 2018 by Mathieu Giraud #-ethics dev-ci
- 27
updated Apr 28, 2021
Release 2018.07.2

#3398 · created Jul 18, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 Jul 26, 2018
- CLOSED
- 11
updated Oct 31, 2018
Tests sur des navigateurs récents

#3399 · created Jul 18, 2018 by Mikaël Salson *-go dev-tests-watir
- 2
updated Feb 04, 2019
Pas de résultat visible avec des runs COMPLETED

#3400 · created Jul 19, 2018 by Ryan Herbert !!-bug LIL-Lille server server-task.py
- 2
updated Jul 19, 2018
Liste de tests fonctionnels server 18 of 62 tasks completed

#3401 · created Jul 19, 2018 by Ryan Herbert dev-robust dev-tests-watir server
- 1
- 5
updated Jan 26, 2021
Aho : segmentation en DJ au lieu de VDJ

#3402 · created Jul 19, 2018 by Mikaël Salson Heuristique 2.0 !!-bug cpp cpp-aho math-stats
- 1
updated Oct 03, 2018
Les tests should-vdj ne lancent pas en `xxx`

#3403 · created Jul 19, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.09 dev-tests-curated-vdj
- CLOSED
- 1
updated Jul 19, 2018
Aho : segmentation en xxx au lieu de IGH VDJ

#3404 · created Jul 19, 2018 by Mikaël Salson !!-bug bio-germlines-pseudo cpp cpp-aho math-stats
- CLOSED
- 0
updated Jul 19, 2018
Choses sur lesquelles il y a eu du travail et qui seraient à boucler

#3405 · created Jul 20, 2018 by Mathieu Giraud +-working-dead
- 3
updated Jul 20, 2018
Réinitialisation db pour les tests

#3406 · created Jul 20, 2018 by Mathieu Giraud dev-ci dev-tests
- 0
updated Jul 20, 2018
Décoration des champs du contrôleur multi samples

#3407 · created Jul 20, 2018 by Mikaël Salson server server-ergonomy server-sample-sets
- 2
updated Feb 28, 2019
Qualité de chaque échantillon : première itération 0 of 6 tasks completed

#3408 · created Jul 20, 2018 by Mikaël Salson bio-control server-compare-samples
- 0
updated Jul 20, 2018
Modéliser / représenter la "read distribution"

#3409 · created Jul 20, 2018 by Mathieu Giraud bio-control
- 3
updated Jul 15, 2019
Absence de reads lors d'une comparaison de 2 échantillons

#3410 · created Jul 20, 2018 by Anne de Septenville Paris-Pitié server-compare-samples
- 7
updated Jul 20, 2018
Bouton admin pour passer à la version suivante de vidjil-algo ?

#3411 · created Jul 20, 2018 by Mathieu Giraud dev-cd
- 1
updated Jul 20, 2018
Compare sample : depuis la liste globale pour une même config on ne voit que le plus ancien résultat

#3412 · created Jul 20, 2018 by Mikaël Salson !!-bug server server-compare-last-results server-compare-samples
- 7
updated Feb 27, 2019
Vocabulaire vidjil-algo Kmer/Fine 0 of 6 tasks completed

#3413 · created Jul 21, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2020.06 bikeshedding com doc
- CLOSED
- 8
updated Jun 11, 2020
Exporter les 3+v meilleurs gènes

#3414 · created Jul 21, 2018 by Mathieu Giraud
- CLOSED
- 1
- 0
updated Apr 04, 2019
Mettre -2 et -3 par défaut ?

#3415 · created Jul 21, 2018 by Mathieu Giraud cpp-options
- 0
updated Jul 21, 2018
Le fenêtre info ne s'ouvre pas

#3416 · created Jul 24, 2018 by Mikaël Salson !!-bug +-working PAR-Debré client
- CLOSED
- 1
- 2
updated Jul 25, 2018
Avec les nouvelles germlines, l'export FASTA ne fonctionne plus

#3417 · created Jul 24, 2018 by Mikaël Salson !!-bug bio-germlines client dev-tests-watir
- CLOSED
- 1
- 0
updated Jul 24, 2018
Menu plot : au delà d'un certain rang l'axe montré comme sélectionné n'est pas le bon

#3418 · created Jul 26, 2018 by Mikaël Salson !!-bug client client-ergonomy client-grid
- CLOSED
- 1
updated Aug 07, 2018
Tests sur les CD qui échouent avec Aho

#3419 · created Jul 27, 2018 by Mikaël Salson Nov 9, 2018 cpp cpp-aho dev-tests-should-get
- CLOSED
- 2
- 5
updated Mar 05, 2019
Améliorer l'ergonomie de l'auto-completion

#3420 · created Jul 27, 2018 by Anne de Septenville Paris-Pitié client-autocomplete client-ergonomy
- 3
updated Mar 25, 2019
Auto-complétion des samples sets : marquer la distinction entre résultats récents et résultats globaux.

#3421 · created Jul 27, 2018 by Mikaël Salson bikeshedding client client-autocomplete client-ergonomy
- 0
updated Jul 27, 2018
Auto-complétion des sample sets : augmenter la limite de 10 résultats et la rendre claire

#3422 · created Jul 27, 2018 by Mikaël Salson client client-autocomplete server-ergonomy
- 0
updated Feb 28, 2019
Etendre vidjilparser.py pour générer des fichiers

#3423 · created Jul 30, 2018 by Ryan Herbert !-reflexion
- 0
updated Jul 30, 2018
Etendre les infos extraites avec sample_set/multi_sample_stats

#3425 · created Aug 06, 2018 by Ryan Herbert
- 0
updated Aug 06, 2018
Le coverage et average_read_length semble plus bas avec la nouvelle version de l'aglo

#3426 · created Aug 07, 2018 by Thonier Florian !!-bug cpp
- CLOSED
- 6
updated Aug 07, 2018
Merge de reads bizarre, séquences trop courtes, clustérisant des séquences qui ne devraient pas l'être

#3427 · created Aug 07, 2018 by Mathieu Giraud !!-bug server-pre-process
- 0
updated Jan 10, 2019
inclure make should-ijson avec un !REQUIRES

#3428 · created Aug 07, 2018 by Mathieu Giraud dev-tests
- 1
updated Aug 07, 2018