Issues · vidjil / vidjil

New issue

Séquences non recombinées mais KmerSegmentées à tort ?

#4056 · created Nov 21, 2019 by Mathieu Giraud bio-e-value cpp-heuristic
- 2
updated Nov 23, 2019
URL: sélection de sample

#4058 · created Nov 21, 2019 by Mathieu Giraud client client-api
- 0
updated Nov 21, 2019
URL et sélection de clones non visibles

#4059 · created Nov 21, 2019 by Mathieu Giraud client-api priority-1-low
- 2
updated Nov 21, 2019
Meta : rendre les informations du dock persistantes

#4061 · created Nov 22, 2019 by Mikaël Salson *-go server-admin server-docker
- 0
updated Nov 22, 2019
Add germline gene : problème lorsqu'on change de clone

#4062 · created Nov 22, 2019 by Mikaël Salson Lille-LAL-next !!-bug *-go LIL-Lille client client-aligner server-cgi user-request
- 1
updated Oct 14, 2020
Reporter au monitor les différents sha1 (client, server), voire version algo

#4063 · created Nov 22, 2019 by Mathieu Giraud server-docker server-monitor
- 0
updated Nov 22, 2019
Viewing JUnit test reports on GitLab, et artefacts

#4064 · created Nov 22, 2019 by Mathieu Giraud dev-gitlab dev-tests
- 1
- 1
updated Nov 22, 2019
Couleur par nombre de samples

#4066 · created Nov 26, 2019 by Mikaël Salson Paris-Pitié bio-control client client-axis client-color-by client-ergonomy user-request
- 1
updated Dec 10, 2019
meilleur gestion des séquences germline dans le segmenteur

#4067 · created Nov 26, 2019 by Thonier Florian !-reflexion client client-aligner
- 0
updated Nov 26, 2019
Mécanisme pour afficher/comparer des valeurs sur tous les samples

#4068 · created Nov 26, 2019 by Mathieu Giraud !-reflexion bio-external-data client-graph server-compare-samples
- 0
updated Aug 05, 2020
Afficher les index de diversité en statistiques patient/run/set

#4069 · created Nov 27, 2019 by Mathieu Giraud bio-diversity math-stats server-qc-stats user-request
- 0
updated Nov 27, 2019
Coloration en fonction de la fluctuation d'un clone

#4071 · created Nov 27, 2019 by Thonier Florian !-reflexion client client-axis client-color-by client-ergonomy client-graph
- 1
updated Dec 10, 2019
Clones de distribution : le filtrage par locus ne fonctionne pas

#4072 · created Nov 27, 2019 by Mikaël Salson !!-bug LIL-Lille client client-filter client-virtual-clone
- 10
updated Jun 23, 2020
Clones de distribution : cacher par tag a-t-il le comportement voulu

#4073 · created Nov 27, 2019 by Mikaël Salson client client-filter client-virtual-clone
- 2
updated Nov 28, 2019
Indépendance vue/modèle : des vues vont taper dans d'autres vues

#4074 · created Nov 29, 2019 by Mikaël Salson client client-api client-grid dev-refactor dev-robust
- 2
updated Nov 29, 2019
Require (or suggest) that a user changes its password on her first login

#4076 · created Dec 02, 2019 by Mathieu Giraud *-go com-first-time-user server-auth
- 0
updated Dec 02, 2019
AIRR Example Files

#4078 · created Dec 03, 2019 by Mathieu Giraud dev-tests-should-get repseq-formats-airr repseq-mixcr
- 2
updated Jan 10, 2020
CloneDB sur clones ayant déjà des warnings

#4080 · created Dec 03, 2019 by Mathieu Giraud app-clonedb client-warning
- 1
updated Dec 03, 2019
Largeur pour germline en axis

#4081 · created Dec 04, 2019 by Mathieu Giraud client-axis client-bar
- 0
updated Dec 04, 2019
Tests fonctionnels client : diminuer (voire supprimer ?) le retry

#4082 · created Dec 04, 2019 by Mikaël Salson dev-ci dev-tests-watir
- 0
updated Dec 04, 2019
Pouvoir identifier les vues

#4083 · created Dec 04, 2019 by Mathieu Giraud client-views
- 0
updated Dec 04, 2019
Simplifier les smartUpdate()

#4084 · created Dec 04, 2019 by Mathieu Giraud client-views dev-refactor
- 0
updated Dec 04, 2019
Améliorer l'efficacité de l'aligneur

#4085 · created Dec 06, 2019 by Mikaël Salson !-reflexion client client-aligner client-speed
- 2
updated Apr 08, 2021
Perte de coloration si uniquement le cdr3 et pas junction

#4087 · created Dec 10, 2019 by Mathieu Giraud bio-AA client-color-by doc repseq-IMGT
- 1
updated Dec 10, 2019
Que renseigner dans le .vidjil pour que le "color by N" soit fonctionnel ?

#4088 · created Dec 10, 2019 by Mathieu Giraud client-color-by doc repseq-formats
- 0
updated Dec 10, 2019
Color by abundance at this sample

#4089 · created Dec 10, 2019 by Mathieu Giraud client-color-by
- 0
updated Dec 10, 2019
"Color by" custom ou axes custom

#4090 · created Dec 10, 2019 by Mathieu Giraud Dec 20, 2019 client-color-by client-custom repseq-IMGT
- 2
updated Dec 10, 2019
Color by abundance total

#4091 · created Dec 10, 2019 by Mathieu Giraud client-color-by
- 1
updated Dec 13, 2019
Doc "color by CDR3"

#4092 · created Dec 10, 2019 by Mathieu Giraud bio-AA client-color-by doc
- 0
updated Dec 10, 2019
Affichage de distance entre clones, tSNE

#4093 · created Dec 10, 2019 by Mathieu Giraud bio-AA client-custom repseq-IMGT
- 1
updated Feb 12, 2020
Le script tsne ne fonctionne pas toujours

#4094 · created Dec 10, 2019 by Thonier Florian !!-bug client client-cluster
- 9
updated Apr 28, 2021
avoir une description des colorby au hover

#4095 · created Dec 10, 2019 by Thonier Florian client client-color-by client-ergonomy feature
- 0
updated Dec 10, 2019
Modulariser le conf.js (vues ou autres)

#4096 · created Dec 10, 2019 by Mathieu Giraud !-reflexion client client-custom dev-refactor
- 0
updated Dec 10, 2019
Documentation Docker, permissions

#4097 · created Dec 10, 2019 by Mathieu Giraud doc server-docker
- 2
updated Jan 06, 2021
Pouvoir faire un make germline dans docker

#4098 · created Dec 10, 2019 by Ryan Herbert server-docker windows
- 0
updated Dec 10, 2019
Virgule dans l'export AIRR en cas d'alternatives trouvées par IMGT/V-QUEST

#4099 · created Dec 10, 2019 by Mathieu Giraud repseq-IMGT repseq-formats repseq-formats-airr
- 0
updated Dec 10, 2019
Get the number of current logged-in users

#4101 · created Dec 13, 2019 by Thonier Florian doc feature priority-1-low server-admin
- 7
updated Sep 23, 2020
Documentation sur l'effet du bouton cluster

#4103 · created Dec 13, 2019 by Thonier Florian doc
- 1
updated Dec 13, 2019
Stop pinging `get_active_notifications` after some time without user interaction

#4106 · created Dec 13, 2019 by Mathieu Giraud client client-notifications
- 0
updated Dec 13, 2019
Tests .should-vdj : mots-clés plus spécifiques que BUG ?

#4107 · created Dec 16, 2019 by Mathieu Giraud dev-tests dev-tests-curated-vdj
- 0
updated Dec 16, 2019
À quoi sert la relance du KmerMultiSegmenter avec -c clones ?

#4108 · created Dec 16, 2019 by Mathieu Giraud !-reflexion cpp-finesegmenter dev-refactor
- 0
updated Dec 16, 2019
Afficher le changelog à la première connexion après update interface/algo

#4110 · created Dec 18, 2019 by Thonier Florian !-reflexion #-vidjilnet client client-notifications feature server server-database
- 1
updated Jan 17, 2020
Template pour créer les clones dans le client

#4111 · created Dec 19, 2019 by Mathieu Giraud dev-refactor
- 1
updated Dec 19, 2019
Initialisation "Vidjil is loading" / splash screen

#4112 · created Dec 19, 2019 by Mathieu Giraud client-ergonomy client-speed com-first-time-user
- 0
updated Aug 04, 2020
Utiliser les "Release evidence" de gitlab ?

#4113 · created Dec 23, 2019 by Mathieu Giraud dev-gitlab user-traceability
- 0
updated Jul 23, 2020
axes: refactor GermlineAxis, et plus généralement refactor des axes

#4114 · created Jan 08, 2020 by Mathieu Giraud !-hard bio-germlines client-axis dev-refactor
- 0
updated Jan 22, 2020
Vue des utilisateurs ayant accès à mes données

#4115 · created Jan 09, 2020 by Mathieu Giraud LIL-Lille server-auth user-request user-traceability
- 1
updated Nov 18, 2020
Rapports : voir à la fois les données avec et sans les clones clusterisés

#4116 · created Jan 09, 2020 by Mikaël Salson bio-control client client-cluster client-rapport
- 0
updated Jan 09, 2020
Déplacement de l'ascenseur horizontal du segmenter

#4117 · created Jan 10, 2020 by Mathieu Giraud client-aligner client-ugly
- 0
updated Oct 14, 2020
Comment visualiser qu'un utilisateur est "désactivé" ?

#4118 · created Jan 10, 2020 by Thonier Florian !-reflexion client server-auth
- 3
updated Jun 10, 2020
Problème lien AssignSubsets

#4120 · created Jan 13, 2020 by Anne de Septenville
- 0
updated Jan 13, 2020
Documenter les tags des runners

#4121 · created Jan 14, 2020 by Mathieu Giraud dev-ci doc
- 0
updated Jan 14, 2020
Petits bugs suite à la MAJ du 06.12.19

#4122 · created Jan 14, 2020 by Aurélie CAILLAULT-VENET
- 1
updated Jan 14, 2020
Tester la génération de fichiers AIRR par d'autres ?

#4123 · created Jan 14, 2020 by Mathieu Giraud dev-tests-should-get repseq-formats-airr
- 0
updated Jan 14, 2020
Mise en évidence du clone dans le paneau info

#4124 · created Jan 15, 2020 by Thonier Florian client client-cloneList client-ergonomy feature
- 1
updated Jan 17, 2020
Fermer le panneau clone info lors de l'ouverture d'un nouveau sample

#4125 · created Jan 15, 2020 by Thonier Florian client client-ergonomy client-info
- 0
updated Jan 15, 2020
Panneau clone info, afficher les size 0 avec un fond gris ?

#4126 · created Jan 15, 2020 by Thonier Florian !-reflexion client client-ergonomy client-info feature
- 1
updated Jan 17, 2020
Afficher le nombre de sample affichés depuis la nouvelle graphlist

#4128 · created Jan 15, 2020 by Thonier Florian !-reflexion *-go client client-ergonomy client-graph feature
- 1
updated Jan 22, 2020
réflexion sur les intéractions sur la liste, renommage des clones

#4129 · created Jan 15, 2020 by Thonier Florian !-reflexion client client-cloneList client-ergonomy client-keyboard feature
- 1
updated Jun 23, 2020
Export CSV inutilisable

#4132 · created Jan 16, 2020 by Mathieu Giraud Créteil-INSERM client-export
- 1
updated Jan 16, 2020
Afficher un échantillon en masquant/avertissant les clones contaminés

#4133 · created Jan 16, 2020 by Mathieu Giraud
- 6
updated Jan 16, 2020
N'avoir qu'un sample ouvert par shift+clic sur la nouvelle graph-list

#4135 · created Jan 16, 2020 by Thonier Florian !-reflexion client client-ergonomy
- 1
- 0
updated Jun 08, 2020
Avoir plus d'information sur des UNSEG V : quel V ?

#4137 · created Jan 17, 2020 by Mathieu Giraud CRE-Créteil bio-capture cpp user-request
- 0
updated Jan 17, 2020
Nouvelle vue dédiée à l'affichage de beaucoup de samples

#4139 · created Jan 17, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion app-stats client-graph client-views
- 1
updated Dec 04, 2020
segmenter broken apres le chargement d'un second fichier

#4144 · created Jan 21, 2020 by marc duez !!-bug PAN-Necker client client-aligner user-request
- 1
updated Oct 14, 2020
Remplacer les sleep de Watir par un test sur le nouveau flag

#4145 · created Jan 21, 2020 by Mathieu Giraud client-speed dev-tests-watir
- 3
updated Jan 04, 2021
Surveiller par CI des mesures de temps

#4146 · created Jan 21, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion client-speed
- 1
updated Jan 21, 2020
Simplifier scatterplot+graph en extrayant des choses indépendantes, pour les paramètres

#4147 · created Jan 21, 2020 by Mathieu Giraud !-hard dev-refactor
- 0
updated Jan 21, 2020
only/except pour remplacer feature-a ?

#4152 · created Jan 22, 2020 by Mathieu Giraud Apr 2, 2020 !-reflexion dev-ci wait
- 2
updated Feb 20, 2020
Refaire passer should-vdj-tests/2767

#4153 · created Jan 22, 2020 by Mathieu Giraud dev-tests-curated-vdj
- 0
updated Jan 22, 2020
web et doc/vidjil-algo.md: indiquer les temps attendus sur des machines et options typiques

#4155 · created Jan 23, 2020 by Mathieu Giraud com com-first-time-user cpp-speed
- 0
updated Jan 23, 2020
Zone de commentaire par clone sur le rapport et/ou le panel info d'un clone

#4156 · created Jan 23, 2020 by Thonier Florian !-reflexion REN-Rennes client client-rapport feature repseq-formats
- 3
updated Jan 23, 2020
En mode édition d'un sample, mieux indiquer la zone d'édition du lien patient/run

#4157 · created Jan 23, 2020 by Thonier Florian *-go server-ergonomy server-sample-sets
- 4
updated Jan 23, 2020
maj de la liste des patients/runs necessite un refresh de la page

#4159 · created Jan 23, 2020 by Thonier Florian !-reflexion server server-ergonomy
- 2
updated Jan 24, 2020
Pouvoir ouvrir directement la page run sans passer par patient

#4160 · created Jan 23, 2020 by Thonier Florian feature server server-ergonomy
- 3
updated Jul 07, 2020
Analysis valable pour tous les accès au sample

#4162 · created Jan 24, 2020 by Thonier Florian !-hard !-reflexion client client-analysis client-database feature server
- 2
updated Feb 05, 2020
AIRR: warnings pour IgBlast

#4163 · created Jan 24, 2020 by Mathieu Giraud bio-e-value client-warning priority-1-low
- 0
updated Jan 24, 2020
Add airr config: mixcr

#4164 · created Jan 24, 2020 by Thonier Florian repseq-formats-airr repseq-mixcr server server-config
- 1
- 1
updated Jan 27, 2020
Nouvelle vue pour l'affichage des warnings

#4165 · created Jan 24, 2020 by Mikaël Salson Web 2021.11 May 17, 2021 !-reflexion client client-ergonomy client-views client-warning doc warning-meta
- 1
- 7
updated Mar 17, 2021
Ajout d'un même set/run sur plusieurs samples déjà importés

#4169 · created Jan 31, 2020 by Anne de Septenville Paris-Pitié server-ergonomy server-sample-sets user-request
- 0
updated Feb 03, 2020
original_names ne peut pas être correctement renseigné avec des fichiers AIRR

#4174 · created Feb 11, 2020 by Mikaël Salson repseq-formats-airr server server-fuse
- 2
updated Mar 03, 2020
Chevauchement des barres de l'histogramme

#4175 · created Feb 11, 2020 by Mikaël Salson client client-bar
- 1
updated Feb 11, 2020
Filtrer des clones en sélectionnant un span sur un dégradé de couleur

#4176 · created Feb 12, 2020 by Mathieu Giraud client-color-by client-filter priority-1-low
- 0
updated Feb 12, 2020
Courbes un peu plus angulées mais pas comme avant

#4177 · created Feb 12, 2020 by Mathieu Giraud bikeshedding client-graph priority-1-low
- 0
updated Feb 12, 2020
Rupture de l'axe des Y / broken Y-axis

#4179 · created Feb 12, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion client-bar cpp-filter-fine priority-1-low
- 0
updated Feb 12, 2020
Nouvelle vue dessinant les chromosomes et les locus

#4180 · created Feb 12, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion *-too-vague client-views priority-1-low
- 1
updated Dec 04, 2020
Points décalés dans le rapport

#4182 · created Feb 13, 2020 by Mathieu Giraud !!-bug LIL-Lille client-graph client-rapport user-request
- 7
updated Feb 26, 2020
Interdire de modifier un email pour un email existant

#4184 · created Feb 13, 2020 by Mikaël Salson !!-bug !-security *-go server server-auth
- 0
updated Jun 25, 2020
La présence du gène constant après le J pourrait rendre une séquence non analysée

#4185 · created Feb 13, 2020 by Mathieu Giraud bio-germlines-isotypes bio-germlines-pseudo bio-rnaseq
- 2
updated Feb 13, 2020
Grep-reads non fonctionnel sur le serveur

#4186 · created Feb 13, 2020 by Thonier Florian !!-bug server
- 3
updated Jun 25, 2020
Retirer les séquences de faible complexité des germlines ?

#4188 · created Feb 18, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion bio-e-value cpp-heuristic
- 3
updated Jun 22, 2020
Le timeout des jobs ne semble pas correspondre au temps déclaré

#4189 · created Feb 18, 2020 by Thonier Florian !!-bug server server-defs.py server-task.py
- 7
updated Feb 18, 2020
Even running or killed, should vidjil-algo output some data?

#4190 · created Feb 18, 2020 by Mathieu Giraud cpp-export cpp-speed repseq-formats-airr
- 2
updated Mar 18, 2021
Les clones bougent à chaque clic

#4192 · created Feb 20, 2020 by Mikaël Salson client client-ergonomy client-ugly
- 1
updated Feb 20, 2020
Séparer le visu2 en deux vues vmi

#4194 · created Feb 20, 2020 by Mathieu Giraud client-views vmi-responsive
- 1
updated Nov 13, 2020
Scénarios vmi, avec certaines vues fixes

#4195 · created Feb 20, 2020 by Mathieu Giraud client-responsive vmi-responsive
- 4
updated Nov 13, 2020
Scatterplots "plutôt carrés" ?

#4196 · created Feb 20, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion bikeshedding client-design
- 0
updated Feb 20, 2020
.gitlab-ci.yml : faire marcher only:changes avec probablement only:merge_requests

#4197 · created Feb 19, 2020 by Thonier Florian !-hard dev-ci dev-gitlab
- 1
- 9
updated Feb 21, 2020
Chevauchement up/downstream : diviser par 2 ?

#4198 · created Feb 21, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion bio-germlines-pseudo
- 0
updated Feb 21, 2020
En mode histo, nous n'avons plus l'axe Y représenté

#4200 · created Feb 25, 2020 by Thonier Florian !!-bug client client-axis client-bar
- 1
updated Feb 19, 2021