Issues · vidjil / vidjil · GitLab

Segmenter : ordre des germlines/séquences

#2491 · opened May 23, 2017 by Mathieu Giraud LIL-Lille client client-aligner user-request
- 1
updated Aug 30, 2017
Lignes des axes noires/grises

#2499 · opened May 25, 2017 by Mathieu Giraud LIL-Lille client client-grid client-ugly user-request
- 11
updated Aug 09, 2018
Vh pas trouvé, uniquement Dh-Jh

#2508 · opened Jun 01, 2017 by Mathieu Giraud Algo -- Important !!-bug LIL-Lille bio-e-value cpp cpp-heuristic user-request
- 3
updated Jun 27, 2018
Discordance de productivité

#2526 · opened Jun 09, 2017 by Mathieu Giraud Lille-LAL-next BRU-Bruxelles LIL-Lille bio-AA bio-CLL cpp user-request
- 1
- 34
updated Jan 19, 2021
Configuration trop stringeante sur la recherche du D

#2002 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !!-bug LIL-Lille PAN-Necker bio-e-value cpp-costs cpp-finesegmenter cpp-finesegmenter-D priority-3-month user-request
- 7
updated Oct 14, 2020
Remettre l'amorce par patient dans le client

#2558 · opened Jul 13, 2017 by Mathieu Giraud *-too-vague LIL-Lille bio-primers user-request
- 0
updated Jul 13, 2017
Ajouter un clone et relance de fuse

#2602 · opened Aug 30, 2017 by Mathieu Giraud !-hard !-reflexion LIL-Lille client-virtual-clone server-fuse user-request
- 0
updated Aug 30, 2017
Ajouter plusieurs clones virtuels d'un coup

#2604 · opened Aug 30, 2017 by Mathieu Giraud LIL-Lille client client-virtual-clone user-request
- 0
updated Sep 08, 2017
Germlines de chien

#2650 · opened Sep 19, 2017 by Mathieu Giraud bio-germlines bio-species user-request
- 0
updated Nov 29, 2017
IgBlast : pas la même chose en direct ?

#2660 · opened Sep 22, 2017 by Mathieu Giraud TOU-Toulouse client client-export user-request
- 0
updated Jan 10, 2019
Pre-process: mettre avant le log la correspondance entre noms serveurs et noms des fichiers dans le log

#2725 · opened Oct 13, 2017 by Ryan Herbert #-privacy *-go Paris-Pitié server-pre-process user-request
- 7
updated Oct 17, 2017
Passer avec la souris sur les séquences du segmenteur supprime la vue des mutations

#2743 · opened Oct 20, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug LIL-Lille client client-aligner user-request
- 3
updated Mar 19, 2019
SEG_METHOD_ONE : séquences non recombinées, usages

#1724 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team Algo -- Important !-reflexion bio-analyze-more cpp cpp-dynprog cpp-finesegmenter cpp-heuristic dev-policy priority-2 user-request
- 4
updated Aug 21, 2020
Pouvoir effectuer des analyses de translocations sur des séquences arbitraires

#2818 · opened Nov 21, 2017 by Ryan Herbert PAR-Debré bio-analyze-more bio-germlines com-vw-vidjil-workshop user-request
- 4
updated Apr 03, 2019
Export : donner les informations d'IMGT dans le rapport ?

#2819 · opened Nov 21, 2017 by Mikaël Salson LIL-Lille client client-export client-rapport com-vw-vidjil-workshop feature repseq-IMGT user-request
- 1
updated Apr 05, 2018
Détecter les primers dimers

#2820 · opened Nov 21, 2017 by Mathieu Giraud LIL-Immuno PAR-Debré Paris-Pitié bio-control bio-primers client-warning cpp cpp-heuristic user-request
- 1
- 9
updated Jun 18, 2020
Faire une médiane sur une normalisation multiple

#2830 · opened Nov 21, 2017 by Ryan Herbert BRU-Bruxelles MON-Monza client-normalization ec-ngs math-stats user-request
- 3
updated Dec 28, 2018
Profils pour divers maladies/usages / Presets for different pathologies/uses

#2836 · opened Nov 21, 2017 by Thonier Florian !-reflexion BRU-Bruxelles LIL-Lille TOU-Toulouse client client-menu com-vw-vidjil-workshop user-request
- 7
updated Dec 04, 2020
Différencier les réarrangements incomplets et pseudo-incomplets

#2853 · opened Nov 22, 2017 by Mikaël Salson !-reflexion NAG-Nagoya bio-capture bio-e-value cpp cpp-finesegmenter feature user-request
- 3
updated Dec 12, 2018
Qualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)

#2875 · opened Nov 22, 2017 by Mikaël Salson LIL-Lille Paris-Pitié bio-control client-warning server-pre-process server-qc-stats server-sample-sets user-request
- 12
updated Sep 14, 2018
Upload de plusieurs fichiers .fasta via un .zip / .csv

#2891 · opened Nov 23, 2017 by Mathieu Giraud !-hard !-reflexion KIE-Kiel PAR-Debré Paris-Pitié TOU-Toulouse server-database server-upload user-request
- 7
updated Jan 12, 2021
Lier à VDJdb

#1880 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team bio-immuno com-vw-vidjil-workshop essen-uk feature repseq-Shugay repseq-platform user-request
- 15
updated Sep 10, 2020
Évolution clonale : changement de V (V switch), similarité VDJ-aware

#1726 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team BRU-Bruxelles Boldrini-Brasil LIL-Lille PAR-Debré bio-analyze-more feature server-fuse user-request
- 7
updated Apr 18, 2019
Comment creer un groupe de fusion pour faire des partages ou réunion

#3081 · opened Mar 12, 2018 by Thonier Florian !-reflexion LIM-Limoges client feature server server-admin server-database user-request
- 1
updated Mar 15, 2018
Rapport : date de naissance + autres infos du patient (run/set) ?

#3126 · opened Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud Lille-LAL-next !-easy *-go LIL-Lille client-rapport user-request
- 6
updated Jan 26, 2021
Point caché (dans l'épingle) qui apparaît malgré tout dans le graphique

#3128 · opened Apr 05, 2018 by Mikaël Salson !!-bug LIL-Lille client-ergonomy client-graph user-request
- 0
updated Apr 05, 2018
Informations pour la LLC dans le rapport

#3130 · opened Apr 05, 2018 by Mikaël Salson !-reflexion client-export client-rapport patho-LLC user-request
- 2
updated Aug 05, 2020
Renommer des infos / tags et/ou opérations de maintenance

#3132 · opened Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud support-policy user-request
- 0
updated Apr 05, 2018
Plot submenu: une icône .svg disparaît après utilisation

#3156 · opened Apr 09, 2018 by Mathieu Giraud Paris-Pitié client-ugly user-request
- 2
updated Aug 09, 2018
N'afficher que les nucléotides qui diffèrent quand on aligne les séquences

#3164 · opened Apr 11, 2018 by Mikaël Salson Paris-Pitié client-aligner client-ergonomy server-cgi user-request
- 0
updated Oct 14, 2020
Utilisation des séquences "cibles"

#3216 · opened May 11, 2018 by Thonier Florian !-reflexion PAN-Necker app-clonedb client cpp data feature user-request
- 1
updated May 11, 2018
Une donnée non exportable est... inutile

#3241 · opened May 31, 2018 by Mathieu Giraud Jun 30, 2018 !-important client client-export client-rapport user-request
- 1
updated Aug 04, 2020
Export des informations d'un clone

#3243 · opened May 31, 2018 by Mikaël Salson LIL-Lille client client-cloneList client-export user-request
- 1
- 7
updated Jan 16, 2020
Coefficient de corrélation (ou autre mesure) lors d'un compare two samples

#3244 · opened May 31, 2018 by Mikaël Salson !-important LIL-Immuno bio-diversity client client-grid user-request
- 1
updated Jun 04, 2018
Ne regarder que certains échantillons d'un même patient

#3245 · opened May 31, 2018 by Mikaël Salson LIL-Immuno client client-ergonomy server-compare-samples user-request
- 0
updated May 31, 2018
Stéréotypie CDR3 à un subset connu

#3334 · opened Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud CLL-2018-septembre !-important LIL-Lille bio-AA bio-CLL client-warning feature user-request
- 8
updated Sep 25, 2019
serveur delocalisé; problème à l'installation; job coincés en queue

#3445 · opened Aug 31, 2018 by Thonier Florian doc repseq-community server server-admin user-request
- 2
updated Aug 31, 2018
Export CSV de stats / qualité

#3539 · opened Oct 09, 2018 by Mathieu Giraud Paris-Pitié server-qc-stats user-request
- 0
updated Oct 09, 2018
Pouvoir supprimer les primers des séquences

#3714 · opened Feb 08, 2019 by Thonier Florian LIL-Lille REN-Rennes bio-CLL bio-primers client client-filter feature next-audio user-request
- 8
updated Jan 15, 2021
CloneDB : afficher les tags

#3716 · opened Feb 11, 2019 by Mikaël Salson +-deploy LIL-Lille app-clonedb client client-info user-request
- 1
- 2
updated Dec 03, 2019
CloneDB : les sample sets peuvent être redondants

#3717 · opened Feb 11, 2019 by Mikaël Salson LIL-Lille app-clonedb client client-info user-request
- 1
updated Feb 11, 2019
Add germlines genes pour tous

#3731 · opened Feb 13, 2019 by Mathieu Giraud CLL-2018-septembre client-aligner com-vw-vidjil-workshop user-request
- 2
updated Oct 14, 2020
Commande pour filtrer les reads sur la taille, pour les dimers

#3816 · opened Mar 18, 2019 by Thonier Florian LIL-Immuno server-pre-process user-request
- 2
updated Mar 18, 2019
Concaténation de jeux de données, cat

#3818 · opened Mar 18, 2019 by Mathieu Giraud *-go com-vw-vidjil-workshop server-pre-process user-request
- 0
updated Mar 18, 2019
Événements pour un patient : vue dans le client

#3826 · opened Mar 19, 2019 by Mathieu Giraud !-reflexion LON-Jack client user-request
- 1
updated Mar 19, 2019
Soustraire les clones communs à deux échantillons / comparaison de répertoires

#3828 · opened Mar 19, 2019 by Mathieu Giraud Amiens-Nordine client client-filter server-compare-samples server-fuse user-request
- 2
updated Jul 09, 2020
Comparaison / overlap de répertoires : combien de clones ?

#3855 · opened Mar 21, 2019 by Mathieu Giraud !-reflexion LIL-Immuno bio-immuno cpp-filter-fine essen-uk math-stats server-fuse user-request
- 8
updated Apr 08, 2019
Comparaison / overlap de répertoires via le client vidjil

#3857 · opened Mar 21, 2019 by Mathieu Giraud !-reflexion Amiens-Nordine LIL-Immuno bio-immuno client client-log-log essen-uk feature user-request
- 3
updated Jul 29, 2020
Avoir les noms des patients dans la timeline lorsque l'on ouvre un run

#3868 · opened Mar 25, 2019 by Thonier Florian REN-Rennes client client-ergonomy client-graph feature user-request
- 1
updated Jun 19, 2019
Actualiser régulièrement la CloneDB

#3889 · opened Apr 02, 2019 by Anne de Septenville Paris-Pitié app-clonedb user-request
- 6
updated Dec 13, 2019
Compare samples : trier par ordre chronologique

#3935 · opened Jun 20, 2019 by Mikaël Salson LIL-Lille client-ergonomy server-compare-samples user-request
- 0
updated Jun 20, 2019
Rapports monitor : que sont les graphs « normalization » ?

#3936 · opened Jun 20, 2019 by Mikaël Salson !!-bug *-go LIL-Lille client client-normalization client-rapport user-request
- 0
updated Jun 20, 2019
Rapport monitor : mettre les informations de chaque sample

#3937 · opened Jun 20, 2019 by Mikaël Salson LIL-Lille bio-mrd client-rapport feature user-request
- 1
updated Jun 21, 2019
Running MiXCR through Vidjil

#3964 · opened Aug 05, 2019 by Mathieu Giraud Dec 20, 2019 Boldrini-Brasil doc repseq-mixcr repseq-platform user-request
- 8
updated Sep 28, 2020
Savoir quelle est la charge du serveur

#4037 · opened Nov 06, 2019 by Mathieu Giraud server-monitor server-speed user-request
- 6
updated Sep 23, 2020
Afficher les index de diversité dans le client

#4038 · opened Nov 06, 2019 by Mathieu Giraud Paris-Pitié bio-diversity client-graph math-stats user-request
- 5
updated Nov 27, 2019
Add germline gene : problème lorsqu'on change de clone

#4062 · opened Nov 22, 2019 by Mikaël Salson Lille-LAL-next !!-bug *-go LIL-Lille client client-aligner server-cgi user-request
- 1
updated Oct 14, 2020
Couleur par nombre de samples

#4066 · opened Nov 26, 2019 by Mikaël Salson Paris-Pitié bio-control client client-axis client-color-by client-ergonomy user-request
- 1
updated Dec 10, 2019
Afficher les index de diversité en statistiques patient/run/set

#4069 · opened Nov 27, 2019 by Mathieu Giraud bio-diversity math-stats server-qc-stats user-request
- 0
updated Nov 27, 2019
Vue des utilisateurs ayant accès à mes données

#4115 · opened Jan 09, 2020 by Mathieu Giraud LIL-Lille server-auth user-request user-traceability
- 1
updated Nov 18, 2020
Avoir plus d'information sur des UNSEG V : quel V ?

#4137 · opened Jan 17, 2020 by Mathieu Giraud CRE-Créteil bio-capture cpp user-request
- 0
updated Jan 17, 2020
segmenter broken apres le chargement d'un second fichier

#4144 · opened Jan 21, 2020 by marc duez !!-bug PAN-Necker client client-aligner user-request
- 1
updated Oct 14, 2020
Ajout d'un même set/run sur plusieurs samples déjà importés

#4169 · opened Jan 31, 2020 by Anne de Septenville Paris-Pitié server-ergonomy server-sample-sets user-request
- 0
updated Feb 03, 2020
Points décalés dans le rapport

#4182 · opened Feb 13, 2020 by Mathieu Giraud !!-bug LIL-Lille client-graph client-rapport user-request
- 7
updated Feb 26, 2020
Avoir l'information in frame/out of frame depuis l'algo

#4214 · opened Mar 11, 2020 by Thonier Florian +-deploy PAN-Necker bio-analyze-more bio-productivity cpp cpp-finesegmenter feature user-request
- 3
updated Jan 19, 2021
Documenter les distributions + export all clones

#4237 · opened Apr 07, 2020 by Mathieu Giraud Déploiement 2020.06 Jun 28, 2020 *-go LIL-Lille doc user-request
- 7
updated Jul 09, 2020
Problème détection d'un 2e D trop court

#4267 · opened Apr 28, 2020 by Anne de Septenville Paris-Pitié bio-e-value cpp cpp-finesegmenter-D user-request
- 10
updated Jun 23, 2020
Erreur productivité - séquence commençant loin avant le début du V

#4292 · opened May 18, 2020 by Anne de Septenville Paris-Pitié bio-productivity cpp cpp-finesegmenter user-request
- 5
updated May 28, 2020
vidjil-algo: Improve documentation on clustering

#4300 · opened May 26, 2020 by Mathieu Giraud cpp-cluster doc user-request
- 0
updated May 26, 2020
Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer un set

#4305 · opened May 26, 2020 by Thonier Florian Web 2021.03 !!-annoying !!-bug LIL-Lille client priority-3-month server server-sample-sets user-request
- 13
updated Dec 11, 2020
Représenter différement et/ou pouvoir masquer les clones peu sûrs dans le graphe

#4451 · opened Aug 04, 2020 by Mathieu Giraud LIL-Immuno client-graph user-request
- 0
updated Aug 04, 2020
Affichage de samples en double dans un run/set

#4461 · opened Aug 24, 2020 by Anne de Septenville server-sample-sets user-request
- 1
updated Dec 10, 2020
Nom des fichiers mergés et ressenti du succès du pre-process

#4493 · opened Sep 28, 2020 by Mathieu Giraud com-vw-vidjil-workshop doc server-pre-process user-request
- 8
updated Sep 30, 2020
Avoir un preset locus/size

#4496 · opened Sep 29, 2020 by Mikaël Salson !-easy APHP client client-graph feature user-request
- 0
updated Sep 29, 2020
Dans la table groupe, afficher une colonne `group_id`

#4508 · opened Oct 06, 2020 by Mathieu Giraud !-easy *-go BRU-Bruxelles user-request
- 0
updated Jan 04, 2021
Se souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?

#1253 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-hard !-reflexion #-aap-ADT-Inria #-quality LIL-Lille Paris-Pitié REN-Rennes bio-primers client-database feature next-audio priority-2 server-database server-qc-stats user-request
- 7
updated Jan 22, 2021
Événements pour un patient : utilité, modèle

#1361 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-reflexion LON-Jack bio-control client feature priority-2 user-request
- 4
updated Mar 19, 2019
Afficher les 3 ou 5 meilleurs V/D/J dans les infos de chaque clone

#1408 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team client client-aligner cpp cpp-dynprog cpp-export cpp-finesegmenter priority-2 user-request
- 3
updated Oct 14, 2020
Mettre plus de tags (couleurs) sur les clones

#1547 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-reflexion LIL-Immuno REN-Rennes client client-color-by client-custom client-design client-ergonomy client-filter client-ugly priority-2 user-request
- 3
updated Dec 10, 2019
Jeu de couleurs visibles par tous (ou presque)

#1739 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-reflexion client-accessibility client-design client-ergonomy priority-2 user-request
- 4
updated Nov 07, 2019
Contrôle de la contamination sur un run

#1744 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team LIL-Lille MON-Monza PAN-Necker Paris-Pitié bio-control client feature priority-3-month server-qc-stats user-request
- 22
updated Dec 11, 2020
Upload fichier : lorsqu'on rentre un fichier de même nom, peu clair

#1896 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team server-database user-request
- 1
updated Jan 18, 2019
Cluster par courbes ayant même dynamique temporelle

#1943 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team LIL-Immuno client client-cluster client-graph feature user-request
- 8
updated Jul 09, 2020
Plusieurs J à la suite : prendre le premier J

#1971 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team PAR-Debré cpp cpp-costs cpp-finesegmenter dev-tests-should-get user-request
- 4
updated Feb 23, 2018
Couleurs dans le rapport exporté : conserver le color_by()

#1976 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team Lille-LAL-next !!-annoying LIL-Lille client-color-by client-ergonomy client-rapport priority-3-month user-request
- 2
- 12
updated Jan 06, 2021
Avoir un rapport plus générique

#2233 · opened Mar 09, 2017 by Mathieu Giraud !-important LIL-Lille PAR-Debré Paris-Pitié bio-control client client-rapport user-request
- 8
updated Dec 11, 2020
Afficher un échantillon sans l'impact des autres échantillons

#2442 · opened May 15, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion Amiens-Nordine LIL-Lille Paris-Pitié bio-control client server-fuse user-request
- 21
updated Dec 11, 2020
Customisation du client pour certains utilisateurs ou groupes

#2444 · opened May 15, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion #-vodooj Boldrini-Brasil client client-axis dev-packaging dev-policy server-auth server-groups user-request
- 5
updated Mar 23, 2020
Pouvoir associer d'un coup plusieurs samples à un set / créer un nouveau set avec des samples existants

#4569 · opened Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud Paris-Pitié server-sample-sets user-request
- 1
updated Dec 11, 2020
Connaître le nom des fichiers uploadés, avant le pre-process

#4633 · opened Jan 13, 2021 by Mathieu Giraud REN-Rennes server-pre-process server-task.py server-upload user-request
- 6
updated Jan 13, 2021