Issues · vidjil / vidjil

New issue

Mettre à disposition les reads segmentés

#1671 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team Web 2017.05 *-go +-deploy client client-export feature priority-3-month server server-config
- CLOSED
- 6
updated May 23, 2017
Ne pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?

#2011 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team Web 2017.05 !-reflexion +-deploy KIE-Kiel LIL-Lille priority-3-month server server-fuse server-sample-sets server-speed
- CLOSED
- 16
updated May 22, 2017
Réduire le nombre de requêtes pour la requête Sample_Set

#2475 · opened May 19, 2017 by Ryan Herbert !-important !-reflexion +-working-dead server server-database server-speed
- 1
- 3
updated Dec 17, 2019
Interdire la suppression d'une config qui a servi

#2302 · opened Mar 31, 2017 by Mikaël Salson +-merge dev-robust server server-database
- CLOSED
- 1
- 8
updated Jul 12, 2017
sample_set.delete() ne devrait généralement pas supprimer les samples et les résultats

#2591 · opened Aug 25, 2017 by Mathieu Giraud !-important !-security *-go server
- 5
updated Jun 25, 2020
Avoir un retour à l'utilisateur lorsqu'on choisit un fichier "network"

#2522 · opened Jun 09, 2017 by Mathieu Giraud prod-server-lil +-merge LIL-Lille server server-mounted-files user-request
- CLOSED
- 1
- 1
updated Jul 12, 2017
La liste des fichiers pour un compare patients/sets met trop de temps à s'afficher.

#2494 · opened May 23, 2017 by Ryan Herbert !-important +-merge server server-speed
- 9
updated Apr 13, 2018
Téléchargement des fichiers produits par les logiciels : le lien arrive trop tôt

#2481 · opened May 22, 2017 by Mikaël Salson !!-bug client-export server
- CLOSED
- 0
updated Jul 05, 2017
Fichiers "network": 404 avec le lien "dl" dans sample_set/index.html

#2524 · opened Jun 09, 2017 by Mathieu Giraud prod-server-lil LIL-Lille server server-mounted-files user-request
- CLOSED
- 1
updated Jul 05, 2017
Fichiers "network": affichage de leur taille et de leur état dans sample_set/index.html

#2523 · opened Jun 09, 2017 by Mathieu Giraud prod-server-lil LIL-Lille server server-mounted-files user-request
- CLOSED
- 4
updated Mar 06, 2018
La suppression des résultats et fichier de séquence provoque une erreur serveur

#2478 · opened May 22, 2017 by Mikaël Salson Web 2017.05 !!-bug +-merge server
- CLOSED
- 1
- 2
updated May 23, 2017
Rechercher dans les runs, recherche dans les patients

#2216 · opened Mar 02, 2017 by Mikaël Salson !!-bug +-working server
- CLOSED
- 2
updated Nov 22, 2017
SampleSets: SET_TYPE_SEQUENCE_FILE

#2284 · opened Mar 22, 2017 by Mathieu Giraud +-deploy dev-dead-code server server-sample-sets
- CLOSED
- 5
updated Jun 08, 2017
Incident 2017-04-04: Tous les jobs sont en FAILED

#2321 · opened Apr 04, 2017 by Mikaël Salson !!-bug !!-crisis server
- CLOSED (MOVED)
- 1
updated May 22, 2017
Supprimer les fichiers fused si aucun résultat n'existe plus avec cette config

#2486 · opened May 23, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go server server-fuse
- 0
updated Jul 12, 2018
Killer les processus en timeout

#2213 · opened Mar 02, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go server server-task.py
- 5
updated May 12, 2020
Serveur anormalement lent

#2086 · opened Dec 29, 2016 by Thonier Florian !!-bug !!-crisis priority-5-today server server-hosting server-speed
- CLOSED (MOVED)
- 1
updated May 22, 2017
Le compare samples ne fonctionne pas avec les sets

#2466 · opened May 16, 2017 by Ryan Herbert Web 2017.05 !!-bug +-merge priority-5-today server server-compare-samples
- CLOSED
- 1
- 0
updated May 22, 2017
Notifications zombies

#1791 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !!-bug *-go client-notifications priority-3-month server
- 2
updated Nov 09, 2017
La recherche de patients prend trop de temps

#2295 · opened Mar 30, 2017 by Mikaël Salson !-hard !-important *-go server server-speed
- 10
updated Dec 17, 2019
Compare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récentes par config

#2268 · opened Mar 20, 2017 by Thonier Florian *-go LIL-Lille client-database doc server server-ergonomy
- 12
updated Feb 28, 2019
Filtrer la liste des sample_sets par groupe

#2146 · opened Jan 31, 2017 by Mikaël Salson *-go BRU-Bruxelles server server-ergonomy server-groups server-sample-sets
- 0
updated Feb 28, 2019
Nom du serveur dans modules/defs.py

#2046 · opened Dec 07, 2016 by Mathieu Giraud *-go server server-hosting
- 3
updated Sep 22, 2017
Clarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommer

#1944 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team Déploiement 2020.06 *-go beware-migration bikeshedding com com-first-time-user doc priority-2 server server-config support-policy
- 31
updated Jun 10, 2020
Compare samples sans association des samples à un patient

#2406 · opened May 05, 2017 by Mikaël Salson !!-bug +-working server server-compare-samples
- CLOSED
- 0
updated May 22, 2017
La page de modification d'un utilisateur n'existe plus

#2381 · opened Apr 18, 2017 by Mikaël Salson Web 2017.05 !!-bug +-deploy server server-auth
- CLOSED
- 1
updated May 22, 2017
Les groupes vides ne s'affichent pas dans la liste des groupes

#2371 · opened Apr 13, 2017 by Ryan Herbert Web 2017.05 !!-bug +-deploy server
- CLOSED
- 1
updated May 22, 2017
Pas d'accès aux permissions d'un sample set/patient

#2350 · opened Apr 10, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go server server-auth
- CLOSED
- 1
updated May 22, 2017
Le status du pre-process n'est pas retiré après avoir désélectionné le pre-process en éditant le sample.

#2343 · opened Apr 06, 2017 by Ryan Herbert !!-bug server
- CLOSED
- 0
updated May 22, 2017
La suppression d'un sample set ramène sur une « None » list

#2325 · opened Apr 04, 2017 by Mikaël Salson Web 2017.05 !!-bug +-deploy server server-sample-sets
- CLOSED
- 2
updated May 22, 2017
Le contrôleur run redirige sur l'ancien contrôleur run/index

#2293 · opened Mar 24, 2017 by Ryan Herbert !!-bug dev-refactor server
- CLOSED
- 0
updated May 22, 2017
Un run/patient n'a plus de sample_set associé suite à une suppression

#2290 · opened Mar 24, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go priority-4-week server server-sample-sets
- CLOSED
- 7
updated May 22, 2017
Les permissions ne sont pas vérifiées dans lors d'une édition de sequence_file

#2122 · opened Jan 23, 2017 by Ryan Herbert !!-bug !-security +-deploy server
- CLOSED
- 2
updated May 22, 2017
Vérifier qu'un élément existe avant d'y accéder

#2112 · opened Jan 18, 2017 by Mikaël Salson !!-bug server
- CLOSED
- 2
updated May 22, 2017
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute id

#2111 · opened Jan 17, 2017 by Mikaël Salson !!-bug server
- CLOSED
- 2
updated May 22, 2017
Sur dev.vidjil.org le patient édité n'est pas celui attendu

#2105 · opened Jan 12, 2017 by Mikaël Salson !!-bug server
- CLOSED
- 1
updated May 22, 2017
Liste de patients affiche <type 'type'> à la place de patients

#2104 · opened Jan 12, 2017 by Mikaël Salson !!-bug server
- CLOSED
- 1
updated May 22, 2017
Mettre un verrou tant que des fichiers sont en cours de run/upload pour ne pas lancer fuse ?

#2479 · opened May 22, 2017 by Mikaël Salson !-hard !-reflexion server server-fuse server-speed
- 3
updated Aug 22, 2017
Forcer la mise à jour des fichiers en cache.

#2498 · opened May 24, 2017 by Ryan Herbert server
- CLOSED
- 1
- 0
updated Oct 19, 2017
"compare samples for this patient" pour les sample sets

#2512 · opened Jun 07, 2017 by Mathieu Giraud server
- CLOSED
- 1
updated Jun 07, 2017
Erreur de permission dans l'utilisation du compare samples

#2518 · opened Jun 07, 2017 by Mikaël Salson !!-bug PAR-Debré priority-4-week server server-compare-samples server-groups
- CLOSED
- 8
updated Sep 12, 2017
Mettre les noms de famille dans les logs

#2521 · opened Jun 08, 2017 by Mikaël Salson Web 2017.09 +-merge bio-control server
- CLOSED
- 1
- 0
updated Jul 07, 2017
Restes de "patient" pour les sample sets

#2519 · opened Jun 07, 2017 by Mathieu Giraud +-merge dev-policy doc server server-sample-sets
- CLOSED
- 4
updated Sep 12, 2017
Le lien logout ne redirige pas correctement

#2477 · opened May 22, 2017 by Mikaël Salson Web 2018.01 !!-bug +-merge dev-dead-code server
- 1
- 21
updated Sep 23, 2020
Les URL avec le paramètre patient fonctionnent-elles encore ?

#3062 · opened Feb 23, 2018 by Mikaël Salson Web 2018.01 !!-bug +-merge client-api server server-database
- CLOSED
- 2
updated Mar 13, 2018
Erreur sur l'upload de fichiers "doublons"

#2855 · opened Nov 22, 2017 by Ryan Herbert !!-bug +-merge server
- CLOSED
- 1
- 0
updated Nov 30, 2017
Charger les permissions en une fois dans SampleSetList

#2476 · opened May 19, 2017 by Mikaël Salson +-merge server server-database server-speed
- CLOSED
- 1
- 5
updated Jul 12, 2017
"Vidjil is loading": Le bouton login fonctionne-t-il du premier coup ?

#2525 · opened Jun 09, 2017 by Mathieu Giraud LIL-Lille client-ergonomy server server-auth user-request
- CLOSED
- 1
- 8
updated Apr 13, 2018
Faut-il maintenir un groupe vide

#2536 · opened Jun 15, 2017 by Thonier Florian !-reflexion LIL-Lille server server-groups
- CLOSED
- 4
updated Jun 15, 2017
Surveiller périodiquement les erreurs / tickets sur le serveur + nettoyer

#1647 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team Dec 13, 2016 !!-bug priority-3-month server server-hosting ⟳-recurring-issue
- 2
updated Jul 05, 2017
Sauvegarde de l'analyse ne fonctionne pas

#2021 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !!-bug priority-5-today server
- CLOSED
- 0
updated Jul 05, 2017
Lorsque le run est mal renseigné, ne pas permettre la soumission du formulaire

#2000 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !!-bug priority-2 server
- CLOSED
- 0
updated Jul 05, 2017
Base de données remplie avec des scheduler_task et scheduler_run

#1948 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !!-bug *-go priority-5-today server server-database server-pre-process
- CLOSED
- 0
updated Jul 05, 2017
Pre-process is still pending, re-schedule

#1931 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !!-bug priority-4-week server server-pre-process server-uwsgi
- CLOSED
- 0
updated Jul 05, 2017
Export/import d'un patient/run/sample_set ou d'un ensemble de samples

#2063 · opened Dec 13, 2016 by Thonier Florian prod-server-lil !-reflexion #-privacy client-database server server-admin server-database server-sample-sets
- CLOSED
- 5
updated Oct 27, 2017
Donner accès aux fichiers produits par les pre-process

#2143 · opened Jan 30, 2017 by Mathieu Giraud client-export feature server server-pre-process
- 1
updated Jan 08, 2019
Doc pour Ngnix

#2083 · opened Dec 27, 2016 by Mathieu Giraud doc server server-hosting
- 1
updated Jul 05, 2017
Quatre fichiers de résultats (sur une même config) mais seulement deux fichiers fusés

#1523 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !!-bug *-go priority-4-week server server-fuse
- CLOSED
- 0
updated Jul 10, 2017
Pagination de la requête patient/sample_set

#2037 · opened Dec 02, 2016 by Ryan Herbert Web 2017.03 client-ergonomy server server-sample-sets server-speed
- CLOSED
- 3
updated Jul 10, 2017
Permettre des OR dans les requêtes de recherche de sample sets ou samples

#2171 · opened Feb 08, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion REN-Rennes bio-metadata server server-sample-sets
- 0
updated Jul 10, 2017
Pouvoir chercher dans la liste des utilisateurs

#1780 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team *-go client-autocomplete priority-2 server server-admin server-ergonomy
- 2
updated Sep 23, 2020
Doit on ajouter le créateur du groupe au groupe en question ?

#2575 · opened Aug 23, 2017 by Ryan Herbert !-reflexion server server-auth server-groups
- 0
updated Dec 19, 2017
La vue user/info n'a pas de liens fonctionnels

#2576 · opened Aug 23, 2017 by Ryan Herbert server server-admin server-ergonomy server-groups
- 0
updated Feb 28, 2019
Une erreur serveur se produit lorsqu'on essaye d'ajouter un dossier depuis le network

#2577 · opened Aug 23, 2017 by Ryan Herbert !!-bug *-go server
- 0
updated Aug 23, 2017
Supprimer un fichier sans results ne doit pas proposer de conserver les résults

#2578 · opened Aug 23, 2017 by Ryan Herbert !!-bug *-go server
- 0
updated Jan 10, 2019
Supprimer un process ne supprime pas le scheduler_task associé

#2579 · opened Aug 23, 2017 by Ryan Herbert !!-bug !-reflexion server server-task.py
- 0
updated Aug 07, 2020
Tip of the day : implémentation

#2582 · opened Aug 23, 2017 by Mathieu Giraud Nov 10, 2017 *-go com com-first-time-user doc server
- CLOSED
- 8
updated Nov 17, 2017
delete() dans patient.py et run.py

#2592 · opened Aug 25, 2017 by Mathieu Giraud dev-refactor server
- 0
updated Aug 25, 2017
Admin: Liste des jobs en attente, en cours depuis l'interface admin

#2605 · opened Sep 01, 2017 by Thonier Florian LIL-Lille feature server server-admin server-task.py
- 3
updated Sep 23, 2020
My Account : liste des derniers jobs depuis l'interface d'un utilisateur

#2606 · opened Sep 01, 2017 by Thonier Florian *-go Paris-Pitié client-database client-menu server server-auth server-ergonomy server-my-account user-request
- 7
updated Sep 24, 2020
ajouter information sur les patients ouvert par un utilisateur dans la database

#2609 · opened Sep 01, 2017 by Thonier Florian !-reflexion feature server server-database server-task.py
- 0
updated Sep 01, 2017
.vidjil file list provoque une erreur serveur

#2617 · opened Sep 08, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go server
- 1
updated Sep 08, 2017
Déployer manuellement le serveur (feature-s) via Docker

#2637 · opened Sep 15, 2017 by Mathieu Giraud dev-cd server server-docker
- CLOSED
- 5
updated Jun 25, 2020
pear : resultat afficher en success malgré un fail.

#2677 · opened Sep 28, 2017 by Thonier Florian !!-bug com com-first-time-user server server-pre-process
- CLOSED
- 6
updated Apr 22, 2020
Choses à vérifier lors d'une mise à jour serveur

#2691 · opened Oct 06, 2017 by Mathieu Giraud #-crisis-prevention server
- 1
updated Oct 06, 2017
Bug au remplissage du champ patient d'un sample

#2702 · opened Oct 10, 2017 by Mikaël Salson Web 2017.11 !!-bug *-go server server-sample-sets
- CLOSED
- 1
- 4
updated Nov 17, 2017
Avoir des tests sur user_group.py

#2711 · opened Oct 11, 2017 by Mikaël Salson Web 2018.01 !-important *-go dev-tests server
- 1
updated Nov 16, 2017
Supprimer l'association d'un sample à un patient fait une server error

#2719 · opened Oct 12, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug server
- 4
updated Oct 16, 2017
Faire un "compare" sur un seul sample

#2726 · opened Oct 13, 2017 by Ryan Herbert +-deploy Paris-Pitié server server-compare-samples server-fuse user-request
- 2
- 14
updated Oct 28, 2019
fuse avec un fichier inexistant (deleted)

#2736 · opened Oct 19, 2017 by Thonier Florian !!-bug server server-database server-fuse server-sample-sets
- 2
updated Nov 16, 2017
Login ne met pas d'erreur si mauvais login/mot de passe

#1113 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team *-go client-database com-first-time-user priority-2 server server-auth
- 4
updated Sep 24, 2020
Organiser les sample_sets par projet pour accélérer les requêtes

#2747 · opened Oct 23, 2017 by Ryan Herbert !-hard !-reflexion dev-refactor server server-auth server-database server-speed
- 4
updated Sep 23, 2020
Message d'alerte non diffusé vers https

#2752 · opened Oct 24, 2017 by Thonier Florian !!-bug client client-ergonomy server server-config
- 3
updated Oct 24, 2017
Scripts et print de python3

#2758 · opened Oct 26, 2017 by Mathieu Giraud server server-monitor
- 0
updated Oct 26, 2017
Sauvegarder la db à la fois en .csv et en .sql

#2762 · opened Oct 27, 2017 by Mathieu Giraud !-security *-go server server-backup
- 6
updated Mar 29, 2018
Erreur serveur Demo L4 / multi-inc-xxx, fused file not found

#2765 · opened Oct 31, 2017 by Ghost User !!-bug com-first-time-user server
- CLOSED
- 3
updated Oct 31, 2017
Décalage dans les login de connexion

#2773 · opened Nov 10, 2017 by Thonier Florian !!-bug client server
- 3
updated Nov 23, 2017
API URL: d'autres services utiles, côté serveur

#2794 · opened Nov 15, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion client-api server server-admin
- 1
updated Nov 16, 2017
Incident 2017-11-22 : Upload impossible ?

#2849 · opened Nov 22, 2017 by Mathieu Giraud !!-crisis PAN-Necker server server-upload
- CLOSED
- 1
- 16
updated Feb 16, 2018
Augmenter le nombre de CPU pouvant être utilisés sur le serveur

#1146 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker *-go priority-5-today server server-hosting
- CLOSED
- 0
updated Nov 22, 2017
Authentification par LDAP

#2062 · opened Dec 13, 2016 by Thonier Florian !-reflexion !-security #-vidjilnet feature server server-auth server-hosting server-integration
- 5
updated Feb 05, 2020
Web application - Server

#4 · opened Nov 24, 2016 by Mathieu Giraud !-security +-roadmap server server-api server-database server-hosting server-monitor
- CLOSED
- 1
updated Apr 03, 2019
Priorités sur le serveur et 'Could not connect to database'

#1446 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-hard !-reflexion priority-2 server server-hosting server-speed
- 0
updated Nov 22, 2017
makefile global

#1027 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !-important priority-2 server server-hosting sub
- CLOSED
- 0
updated Nov 22, 2017
makefile server

#1026 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !-important priority-2 server server-hosting sub
- CLOSED
- 0
updated Nov 22, 2017
Script de déploiement / packages utilisés

#1025 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !-important priority-2 server server-hosting
- CLOSED
- 1
updated Nov 22, 2017
Récupérer des données par FTP/HTTP/NFS ou autre

#1588 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team Web 2017.03 !-reflexion LIL-Lille priority-2 server server-database server-hosting server-integration server-mounted-files
- CLOSED
- 7
updated Nov 22, 2017
Redémarrer les workers de manière systématique après une mise en production

#2322 · opened Apr 04, 2017 by Mikaël Salson server server-hosting
- 3
updated Nov 22, 2017
Séparation serveurs : app (html/js) // vda

#1448 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-reflexion priority-1-low server server-hosting server-upload
- CLOSED (MOVED)
- 0
updated Nov 22, 2017
Configuration de logrotate dans le paquet serveur

#2001 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team priority-2 server server-hosting
- 2
updated Nov 22, 2017