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  • Priority Created date Last updated Milestone due date Due date Popularity Label priority Manual
  • Axes génériques, depuis .json (coverage, evalue...)
    #1473 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team   *-go bio-control client client-axis feature priority-3-month repseq-formats
    • 0
    updated May 22, 2017
  • Être plus fin dans le choix du parseur BAM ou Fasta/Fastq
    #2550 · created Jul 07, 2017 by Mathieu Giraud   cpp cpp-options repseq-formats
    • 2
    updated Jul 07, 2017
  • Exploiter les qualités des .fastq ?
    #1544 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team   !-hard cpp cpp-heuristic priority-1-low repseq-formats
    • 1
    updated Sep 16, 2019
  • Segmenteur : l'ID devrait être souligné et non réécrit
    #2672 · created Sep 26, 2017 by Mikaël Salson   client client-aligner client-ergonomy repseq-formats
    • 8
    updated Oct 05, 2017
  • Mettre à jour (et renommer) format-analysis.org
    #2797 · created Nov 17, 2017 by Mathieu Giraud   Web 2018.01   repseq-formats repseq-platform
    • 1
    updated Sep 07, 2018
  • Utilisation de IGoR sur quelques séquences pour affichage dans le client
    #2873 · created Nov 22, 2017 by Mathieu Giraud   client repseq-formats repseq-platform server-fuse
    • 0
    updated Nov 22, 2017
  • Afficher mieux les infos de longueur dans l'info, _clone_average_length ?
    #2906 · created Nov 29, 2017 by Mathieu Giraud   !-reflexion bio-control repseq-formats
    • 0
    updated Nov 29, 2017
  • Stocker la config dans le .vidjil ?
    #2938 · created Dec 06, 2017 by Mathieu Giraud   cpp-export repseq-formats wont-fix
    • 0
    updated Dec 06, 2017
  • Farie des wrappers pour d'autres logiciels RepSeq
    #2955 · created Dec 13, 2017 by Mathieu Giraud   repseq-formats repseq-platform
    • 0
    updated Dec 13, 2017
  • Option pour afficher le json bien formaté sur stdout et/ou format_json plus intéressant
    #3000 · created Jan 19, 2018 by Mathieu Giraud   cpp-export dev-tests priority-1-low repseq-formats
    • 1
    updated Jan 19, 2018
  • Mettre en json structué des infos pour l'instant dans le log
    #3049 · created Feb 09, 2018 by Mathieu Giraud   json-export   bio-control repseq-formats server-qc-stats
    • 2
    updated Oct 16, 2018
  • Récupérer des infos des pré-process : mécanisme
    #3154 · created Apr 09, 2018 by Mathieu Giraud   !-hard #-quality bio-control repseq-formats server-database server-fuse server-pre-process server-task.py
    • 15
    updated Jan 22, 2021
  • json: simple ou double quotes ?
    #3159 · created Apr 10, 2018 by Mathieu Giraud   bikeshedding dev-policy repseq-formats
    • 0
    updated Apr 10, 2018
  • Vérifier le format d'IMGT
    #3161 · created Apr 10, 2018 by Mathieu Giraud   dev-tests dev-tests-should-get repseq-IMGT repseq-formats
    • 3
    updated Apr 10, 2018
  • .vidjil: better document `top` and/or make it optionnal
    #3196 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud   doc repseq-formats server-fuse
    • 8
    updated Jul 23, 2019
  • À quoi sert le ref dans les fichiers .g / à quoi sert germline_id
    #3362 · created Jul 12, 2018 by Mikaël Salson   bio-germlines doc repseq-formats
    • 6
    updated Sep 07, 2018
  • Documenter le format utilisé dans les fichiers `.g`
    #3363 · created Jul 12, 2018 by Mikaël Salson   bio-germlines doc repseq-formats
    • 1
    updated Sep 07, 2018
  • Use a fasta file for -l ?
    #3563 · created Oct 16, 2018 by Mathieu Giraud   cpp cpp-options repseq-formats
    • 1
    updated Oct 16, 2018
  • Supprimer / rationaliser le format .vdj des headers ?
    #3566 · created Oct 17, 2018 by Mathieu Giraud   !-reflexion bikeshedding cpp repseq-formats
    • 4
    updated Oct 24, 2018
  • AIRR pour la plateforme web
    #3591 · created Oct 24, 2018 by Mathieu Giraud   !-reflexion client repseq-community repseq-formats repseq-formats-airr
    • 7
    updated Jan 15, 2021
  • Document normalize_reads in doc/vidjil-format.md
    #3646 · created Nov 30, 2018 by Mathieu Giraud   *-go Boldrini-Brasil bio-mrd doc repseq-formats
    • 1
    updated Feb 03, 2021
  • Grep reads et vidjil-algo : le fichier résultant peut mélanger FASTA et FASTQ
    #3852 · created Mar 20, 2019 by Mikaël Salson   cpp cpp-export repseq-formats
    • 6
    updated Mar 21, 2019
  • Que renseigner dans le .vidjil pour que le "color by N" soit fonctionnel ?
    #4088 · created Dec 10, 2019 by Mathieu Giraud   client-color-by doc repseq-formats
    • 0
    updated Dec 10, 2019
  • Virgule dans l'export AIRR en cas d'alternatives trouvées par IMGT/V-QUEST
    #4099 · created Dec 10, 2019 by Mathieu Giraud   repseq-IMGT repseq-formats repseq-formats-airr
    • 0
    updated Dec 10, 2019
  • Zone de commentaire par clone sur le rapport et/ou le panel info d'un clone
    #4156 · created Jan 23, 2020 by Thonier Florian   !-reflexion REN-Rennes client client-rapport feature repseq-formats
    • 3
    updated Jan 23, 2020
  • evalue D et autres dans .vidjil
    #4316 · created Jun 03, 2020 by Mathieu Giraud   bikeshedding bio-e-value repseq-formats
    • 0
    updated Jun 03, 2020
  • Faire évoluer vidjil_format ?
    #4317 · created Jun 03, 2020 by Mathieu Giraud   !-reflexion doc repseq-formats
    • 2
    updated Jun 11, 2020
  • 0-based / 1-based
    #4327 · created Jun 10, 2020 by Mathieu Giraud   cpp-export doc repseq-formats
    • 1
    updated Jun 16, 2020
  • Sample metadata: How could we specify in a .vidjil file that a sample is a diagnosis sample?
    #4452 · created Aug 05, 2020 by Mathieu Giraud   !-reflexion bio-mrd repseq-formats
    • 0
    updated Aug 05, 2020
  • Galaxy
    #1431 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team   priority-2 repseq-formats repseq-galaxy repseq-platform
    • 1
    updated Feb 01, 2017
  • Positions dans les séquences commençant à 1
    #1528 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team   old_tracker !-hard client cpp repseq-formats
    • 0
    updated Nov 30, 2016
  • clones : null si pas de clones
    #1773 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team   !!-bug cpp priority-2 repseq-formats server-fuse
    • 1
    • 5
    updated Feb 03, 2020
  • Export ou import VDJtools
    #1785 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team   old_tracker priority-2 repseq-formats
    • 0
    updated Nov 29, 2016
  • VDDJ et sortie json
    #1792 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team   old_tracker PAN-Necker cpp-finesegmenter priority-2 repseq-formats
    • 0
    updated Nov 29, 2016
  • VidjilFieldExtractor, extract : autres infos, FR1234/CDR123
    #1841 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team   client-aligner priority-2 repseq-formats repseq-mixcr repseq-platform
    • 1
    updated May 28, 2020
  • Fichiers avec plus de 2G reads et int overflow
    #1968 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team   bio-analyze-more cpp priority-2 repseq-formats
    • 0
    updated Feb 01, 2017
  • app/analyze: exposer/documenter une API
    #1992 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team   app-analyze collaboration doc priority-2 repseq-Nikos repseq-Shugay repseq-formats
    • 1
    updated Apr 11, 2017
  • Format JSON pour réponse
    #2034 · created Nov 30, 2016 by Mathieu Giraud   doc priority-2 repseq-formats repseq-platform server-cgi
    • 2
    updated Apr 03, 2017
  • Features à l'extérieur d'une séquence
    #2049 · created Dec 08, 2016 by Mikaël Salson   bio-primers client client-aligner repseq-formats
    • 1
    updated Oct 14, 2020
  • Faire que la liste des clones et l'aligneur soient copiables en texte
    #2068 · created Dec 15, 2016 by Mathieu Giraud   app-analyze client client-aligner client-cloneList client-ergonomy client-export repseq-formats
    • 2
    updated Apr 01, 2021
  • VDJML
    #2078 · created Dec 23, 2016 by Mathieu Giraud   client-export repseq-community repseq-formats
    • 4
    updated Nov 20, 2018
  • Champ 'germlines' dans le .vidjil et germlines par défaut
    #2130 · created Jan 25, 2017 by Mathieu Giraud   bio-germlines bio-species client doc repseq-formats
    • 1
    updated Apr 25, 2017
  • Inclure le .g dans le .vidjil
    #2195 · created Feb 20, 2017 by Mathieu Giraud   !-reflexion bio-germlines repseq-formats wont-fix
    • 2
    updated Apr 25, 2017
  • Segmenter et MiXCR: on ne voit pas les CDR3, ni les bords V/J précis
    #2288 · created Mar 22, 2017 by Mathieu Giraud   bio-AA bio-analyze-more client client-aligner repseq-Shugay repseq-formats repseq-mixcr
    • 2
    updated Sep 27, 2017
  • Affichage de la qualité dans l'aligneur : bikeshedding
    #2313 · created Apr 04, 2017 by Mathieu Giraud   Web 2021.05   Paris-Pitié bio-control client client-aligner feature repseq-formats
    • 8
    updated Apr 08, 2021
  • app/analyze : conserver lien entre séquence et dénomination
    #2329 · created Apr 05, 2017 by Thonier Florian   app-analyze client-cloneList repseq-IMGT repseq-formats
    • 8
    updated Oct 18, 2018
  • Stocker les informations de pairage des chaînes / de single cell
    #2344 · created Apr 07, 2017 by Mikaël Salson   !-reflexion bio-barcodes-umi bio-paired-chains repseq-formats server-fuse
    • 7
    updated Dec 13, 2019
  • Documenter comment travailler sur un format .vidjil
    #4570 · created Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud   !-easy *-go Paris-Pitié doc repseq-formats
    • 0
    updated Feb 03, 2021
  • vidjil-format.md : mieux tester / linter / verrouiller
    #4676 · created Feb 03, 2021 by Mathieu Giraud   !-reflexion dev-tests doc repseq-formats
    • 0
    updated Feb 03, 2021
  • Récupérer un clone ou quelques clones en .json
    #4719 · created Mar 16, 2021 by Mathieu Giraud   !-reflexion client client-export repseq-formats
    • 1
    updated Mar 31, 2021
  • Se souvenir du nombre de reads initial avant filtrage
    #4724 · created Mar 17, 2021 by Mathieu Giraud   repseq-formats
    • 0
    updated Mar 17, 2021