Issues · vidjil / vidjil · GitLab

Axes génériques, depuis .json (coverage, evalue...)

#1473 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team *-go bio-control client client-axis feature priority-3-month repseq-formats
- 0
updated May 22, 2017
Être plus fin dans le choix du parseur BAM ou Fasta/Fastq

#2550 · created Jul 07, 2017 by Mathieu Giraud cpp cpp-options repseq-formats
- 2
updated Jul 07, 2017
Exploiter les qualités des .fastq ?

#1544 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-hard cpp cpp-heuristic priority-1-low repseq-formats
- 1
updated Sep 16, 2019
Segmenteur : l'ID devrait être souligné et non réécrit

#2672 · created Sep 26, 2017 by Mikaël Salson client client-aligner client-ergonomy repseq-formats
- 8
updated Oct 05, 2017
Mettre à jour (et renommer) format-analysis.org

#2797 · created Nov 17, 2017 by Mathieu Giraud Web 2018.01 repseq-formats repseq-platform
- 1
updated Sep 07, 2018
Utilisation de IGoR sur quelques séquences pour affichage dans le client

#2873 · created Nov 22, 2017 by Mathieu Giraud client repseq-formats repseq-platform server-fuse
- 0
updated Nov 22, 2017
Afficher mieux les infos de longueur dans l'info, _clone_average_length ?

#2906 · created Nov 29, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion bio-control repseq-formats
- 0
updated Nov 29, 2017
Stocker la config dans le .vidjil ?

#2938 · created Dec 06, 2017 by Mathieu Giraud cpp-export repseq-formats wont-fix
- 0
updated Dec 06, 2017
Farie des wrappers pour d'autres logiciels RepSeq

#2955 · created Dec 13, 2017 by Mathieu Giraud repseq-formats repseq-platform
- 0
updated Dec 13, 2017
Option pour afficher le json bien formaté sur stdout et/ou format_json plus intéressant

#3000 · created Jan 19, 2018 by Mathieu Giraud cpp-export dev-tests priority-1-low repseq-formats
- 1
updated Jan 19, 2018
Mettre en json structué des infos pour l'instant dans le log

#3049 · created Feb 09, 2018 by Mathieu Giraud json-export bio-control repseq-formats server-qc-stats
- 2
updated Oct 16, 2018
Récupérer des infos des pré-process : mécanisme

#3154 · created Apr 09, 2018 by Mathieu Giraud !-hard #-quality bio-control repseq-formats server-database server-fuse server-pre-process server-task.py
- 15
updated Jan 22, 2021
json: simple ou double quotes ?

#3159 · created Apr 10, 2018 by Mathieu Giraud bikeshedding dev-policy repseq-formats
- 0
updated Apr 10, 2018
Vérifier le format d'IMGT

#3161 · created Apr 10, 2018 by Mathieu Giraud dev-tests dev-tests-should-get repseq-IMGT repseq-formats
- 3
updated Apr 10, 2018
.vidjil: better document `top` and/or make it optionnal

#3196 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud doc repseq-formats server-fuse
- 8
updated Jul 23, 2019
À quoi sert le ref dans les fichiers .g / à quoi sert germline_id

#3362 · created Jul 12, 2018 by Mikaël Salson bio-germlines doc repseq-formats
- 6
updated Sep 07, 2018
Documenter le format utilisé dans les fichiers `.g`

#3363 · created Jul 12, 2018 by Mikaël Salson bio-germlines doc repseq-formats
- 1
updated Sep 07, 2018
Use a fasta file for -l ?

#3563 · created Oct 16, 2018 by Mathieu Giraud cpp cpp-options repseq-formats
- 1
updated Oct 16, 2018
Supprimer / rationaliser le format .vdj des headers ?

#3566 · created Oct 17, 2018 by Mathieu Giraud !-reflexion bikeshedding cpp repseq-formats
- 4
updated Oct 24, 2018
AIRR pour la plateforme web

#3591 · created Oct 24, 2018 by Mathieu Giraud !-reflexion client repseq-community repseq-formats repseq-formats-airr
- 7
updated Jan 15, 2021
Document normalize_reads in doc/vidjil-format.md

#3646 · created Nov 30, 2018 by Mathieu Giraud *-go Boldrini-Brasil bio-mrd doc repseq-formats
- 1
updated Feb 03, 2021
Grep reads et vidjil-algo : le fichier résultant peut mélanger FASTA et FASTQ

#3852 · created Mar 20, 2019 by Mikaël Salson cpp cpp-export repseq-formats
- 6
updated Mar 21, 2019
Que renseigner dans le .vidjil pour que le "color by N" soit fonctionnel ?

#4088 · created Dec 10, 2019 by Mathieu Giraud client-color-by doc repseq-formats
- 0
updated Dec 10, 2019
Virgule dans l'export AIRR en cas d'alternatives trouvées par IMGT/V-QUEST

#4099 · created Dec 10, 2019 by Mathieu Giraud repseq-IMGT repseq-formats repseq-formats-airr
- 0
updated Dec 10, 2019
Zone de commentaire par clone sur le rapport et/ou le panel info d'un clone

#4156 · created Jan 23, 2020 by Thonier Florian !-reflexion REN-Rennes client client-rapport feature repseq-formats
- 3
updated Jan 23, 2020
evalue D et autres dans .vidjil

#4316 · created Jun 03, 2020 by Mathieu Giraud bikeshedding bio-e-value repseq-formats
- 0
updated Jun 03, 2020
Faire évoluer vidjil_format ?

#4317 · created Jun 03, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion doc repseq-formats
- 2
updated Jun 11, 2020
0-based / 1-based

#4327 · created Jun 10, 2020 by Mathieu Giraud cpp-export doc repseq-formats
- 1
updated Jun 16, 2020
Sample metadata: How could we specify in a .vidjil file that a sample is a diagnosis sample?

#4452 · created Aug 05, 2020 by Mathieu Giraud !-reflexion bio-mrd repseq-formats
- 0
updated Aug 05, 2020
Galaxy

#1431 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team priority-2 repseq-formats repseq-galaxy repseq-platform
- 1
updated Feb 01, 2017
Positions dans les séquences commençant à 1

#1528 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !-hard client cpp repseq-formats
- 0
updated Nov 30, 2016
clones : null si pas de clones

#1773 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !!-bug cpp priority-2 repseq-formats server-fuse
- 1
- 5
updated Feb 03, 2020
Export ou import VDJtools

#1785 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker priority-2 repseq-formats
- 0
updated Nov 29, 2016
VDDJ et sortie json

#1792 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker PAN-Necker cpp-finesegmenter priority-2 repseq-formats
- 0
updated Nov 29, 2016
VidjilFieldExtractor, extract : autres infos, FR1234/CDR123

#1841 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team client-aligner priority-2 repseq-formats repseq-mixcr repseq-platform
- 1
updated May 28, 2020
Fichiers avec plus de 2G reads et int overflow

#1968 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team bio-analyze-more cpp priority-2 repseq-formats
- 0
updated Feb 01, 2017
app/analyze: exposer/documenter une API

#1992 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team app-analyze collaboration doc priority-2 repseq-Nikos repseq-Shugay repseq-formats
- 1
updated Apr 11, 2017
Format JSON pour réponse

#2034 · created Nov 30, 2016 by Mathieu Giraud doc priority-2 repseq-formats repseq-platform server-cgi
- 2
updated Apr 03, 2017
Features à l'extérieur d'une séquence

#2049 · created Dec 08, 2016 by Mikaël Salson bio-primers client client-aligner repseq-formats
- 1
updated Oct 14, 2020
Faire que la liste des clones et l'aligneur soient copiables en texte

#2068 · created Dec 15, 2016 by Mathieu Giraud app-analyze client client-aligner client-cloneList client-ergonomy client-export repseq-formats
- 2
updated Apr 01, 2021
VDJML

#2078 · created Dec 23, 2016 by Mathieu Giraud client-export repseq-community repseq-formats
- 4
updated Nov 20, 2018
Champ 'germlines' dans le .vidjil et germlines par défaut

#2130 · created Jan 25, 2017 by Mathieu Giraud bio-germlines bio-species client doc repseq-formats
- 1
updated Apr 25, 2017
Inclure le .g dans le .vidjil

#2195 · created Feb 20, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion bio-germlines repseq-formats wont-fix
- 2
updated Apr 25, 2017
Segmenter et MiXCR: on ne voit pas les CDR3, ni les bords V/J précis

#2288 · created Mar 22, 2017 by Mathieu Giraud bio-AA bio-analyze-more client client-aligner repseq-Shugay repseq-formats repseq-mixcr
- 2
updated Sep 27, 2017
Affichage de la qualité dans l'aligneur : bikeshedding

#2313 · created Apr 04, 2017 by Mathieu Giraud Web 2021.05 Paris-Pitié bio-control client client-aligner feature repseq-formats
- 8
updated Apr 08, 2021
app/analyze : conserver lien entre séquence et dénomination

#2329 · created Apr 05, 2017 by Thonier Florian app-analyze client-cloneList repseq-IMGT repseq-formats
- 8
updated Oct 18, 2018
Stocker les informations de pairage des chaînes / de single cell

#2344 · created Apr 07, 2017 by Mikaël Salson !-reflexion bio-barcodes-umi bio-paired-chains repseq-formats server-fuse
- 7
updated Dec 13, 2019
Documenter comment travailler sur un format .vidjil

#4570 · created Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud !-easy *-go Paris-Pitié doc repseq-formats
- 0
updated Feb 03, 2021
vidjil-format.md : mieux tester / linter / verrouiller

#4676 · created Feb 03, 2021 by Mathieu Giraud !-reflexion dev-tests doc repseq-formats
- 0
updated Feb 03, 2021
Récupérer un clone ou quelques clones en .json

#4719 · created Mar 16, 2021 by Mathieu Giraud !-reflexion client client-export repseq-formats
- 1
updated Mar 31, 2021
Se souvenir du nombre de reads initial avant filtrage

#4724 · created Mar 17, 2021 by Mathieu Giraud repseq-formats
- 0
updated Mar 17, 2021