Issues · vidjil / vidjil · GitLab

Se souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?

#1253 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team Web 2022.12 !-hard !-reflexion #-aap-ADT-Inria #-quality +-roadmap LIL-Lille Paris-Pitié REN-Rennes bio-primers client-database feature priority-2 server-database server-qc-stats user-request
- 12
updated May 18, 2022
On a moins de 100 clones avec la config MiXCR

#2520 · created Jun 08, 2017 by Mikaël Salson Paris-Pitié repseq-mixcr server-config
- 0
updated Jun 08, 2017
La représentative couvre mal certains jeux de clones

#1541 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !!-bug Paris-Pitié bio-control cpp-representative dev-robust priority-3-month
- 3
updated Apr 08, 2021
Pre-process: mettre avant le log la correspondance entre noms serveurs et noms des fichiers dans le log

#2725 · created Oct 13, 2017 by Ryan Herbert #-privacy *-go Paris-Pitié server-pre-process user-request
- 7
updated Oct 17, 2017
Détecter les primers dimers

#2820 · created Nov 21, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion LIL-Immuno PAR-Debré Paris-Pitié REN-Rennes bio-control bio-primers client-warning cpp cpp-heuristic user-request
- 1
- 14
updated May 17, 2022
"Satellites" et clustérisation

#2852 · created Nov 22, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion Paris-Pitié bio-control
- 1
updated Nov 22, 2017
Qualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)

#2875 · created Nov 22, 2017 by Mikaël Salson LIL-Lille Paris-Pitié bio-control client-warning server-pre-process server-qc-stats server-sample-sets user-request
- 12
updated May 12, 2022
Upload de plusieurs fichiers .fasta via un .zip / .csv

#2891 · created Nov 23, 2017 by Mathieu Giraud Web 2022.12 !-reflexion +-CST-decision Amiens-Nordine KIE-Kiel NAN - Nantes PAR-Debré Paris-Pitié TOU-Toulouse server-database server-upload user-request
- 15
updated May 20, 2022
Clones aux proportions similaires avec des variations mineures de séquences : lequel est le bon ?

#2907 · created Nov 29, 2017 by Mathieu Giraud Paris-Pitié bio-control client
- 8
updated Jun 05, 2018
Nombre de répétitions de TAC différent entre Sanger et NGS

#2908 · created Nov 29, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug Paris-Pitié cpp-representative
- 3
updated Mar 25, 2019
Grands produits de PCR, pas d'overlap entre R1 et R2, pas de CDR3

#2914 · created Nov 29, 2017 by Mathieu Giraud Paris-Pitié bio-control
- 2
updated Nov 29, 2017
Absence de reads lors d'une comparaison de 2 échantillons

#3410 · created Jul 20, 2018 by Anne de Septenville Paris-Pitié server-compare-samples
- 7
updated Jul 20, 2018
Améliorer l'ergonomie de l'auto-completion

#3420 · created Jul 27, 2018 by Anne de Septenville Paris-Pitié client-autocomplete client-ergonomy
- 3
updated Mar 25, 2019
Export CSV de stats / qualité

#3539 · created Oct 09, 2018 by Mathieu Giraud Paris-Pitié server-qc-stats user-request
- 0
updated May 12, 2022
Option to keep only productive recombinations

#3747 · created Feb 26, 2019 by Mathieu Giraud Paris-Pitié THE-Thessaloniki bio-AA
- 0
updated Feb 26, 2019
Read merger: INAB tool ?

#3749 · created Feb 26, 2019 by Mathieu Giraud Paris-Pitié THE-Thessaloniki server-pre-process
- 0
updated Feb 26, 2019
Affichage du lien vers l'analyse d'un sample réassocié à un patient/run/set

#3753 · created Feb 28, 2019 by Anne de Septenville Paris-Pitié server server-ergonomy server-sample-sets
- 5
updated Mar 11, 2019
Erreur client sur une séquence particulière

#3817 · created Mar 18, 2019 by Mikaël Salson !!-bug Paris-Pitié client client-aligner
- 0
updated Mar 18, 2019
Analyse FAILED avec un résultat

#3862 · created Mar 22, 2019 by Anne de Septenville !!-bug Paris-Pitié server server-fuse server-task.py
- 6
updated Mar 25, 2019
"to CloneDB" fait disparaître l'affichage dans le panneau supérieur

#3888 · created Apr 02, 2019 by Anne de Septenville !!-bug *-go Paris-Pitié app-clonedb client client-bar
- 1
- 10
updated Jun 09, 2020
Actualiser régulièrement la CloneDB

#3889 · created Apr 02, 2019 by Anne de Septenville Paris-Pitié app-clonedb user-request
- 6
updated Dec 13, 2019
fuse.py: quelle séquence conserver ? plus grande, meilleur top, plus de reads ?

#3970 · created Aug 20, 2019 by Thonier Florian !-reflexion Lausanne Paris-Pitié cpp-representative feature server-fuse
- 23
updated May 20, 2022
Afficher les index de diversité dans le client

#4038 · created Nov 06, 2019 by Mathieu Giraud Paris-Pitié bio-diversity client-graph math-stats user-request
- 5
updated Nov 27, 2019
Ajout d'un même set/run sur plusieurs samples déjà importés

#4169 · created Jan 31, 2020 by Anne de Septenville Paris-Pitié server-ergonomy server-sample-sets user-request
- 0
updated Feb 03, 2020
API : script d'exemple

#4207 · created Mar 03, 2020 by Mathieu Giraud Web 2022.05 Paris-Pitié dev-tests doc server-api
- 15
updated Apr 20, 2022
Problème détection d'un 2e D trop court

#4267 · created Apr 28, 2020 by Anne de Septenville Paris-Pitié bio-e-value cpp cpp-finesegmenter-D user-request
- 10
updated Jun 23, 2020
Séquence consensus incomplète analyse comparée

#4427 · created Jul 28, 2020 by Anne de Septenville Paris-Pitié cpp cpp-representative server-fuse
- 2
updated Apr 08, 2021
Exporter des rapports pour de nombreux patients

#4499 · created Sep 29, 2020 by Mikaël Salson Paris-Pitié patho-LLC server-qc-stats
- 2
updated Oct 27, 2021
Exporter un .fastq pour la représentative / qualité pour la consensus (ensemble de la séquence)

#1148 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-hard !-reflexion Paris-Pitié com-vw-vidjil-workshop cpp cpp-export cpp-representative feature priority-2
- 4
updated Mar 20, 2019
Splitter un clone / ré-analyser un sous-ensemble de reads

#1567 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-reflexion Paris-Pitié REN-Rennes bio-control cpp cpp-cluster cpp-representative
- 4
updated Jun 23, 2021
Replicats pour gommer des erreurs de PCR/séquençage

#1638 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker Paris-Pitié bio-control feature priority-2
- 1
updated Jul 30, 2020
Contrôle de la contamination sur un run

#1744 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team LIL-Lille MON-Monza PAN-Necker Paris-Pitié bio-control client feature priority-3-month server-qc-stats user-request
- 25
updated May 17, 2022
Sortir la séquence consensus complète en donnant un histogramme de la représentativité (à la JalView)

#1972 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !-reflexion Paris-Pitié cpp-representative feature priority-2
- 0
updated Jun 25, 2018
Avoir un rapport plus générique

#2233 · created Mar 09, 2017 by Mathieu Giraud !-important LIL-Lille PAR-Debré Paris-Pitié bio-control client client-rapport user-request
- 8
updated May 12, 2022
Faut-il afficher 1000 clones dans le client sur un échantillon ?

#2236 · created Mar 09, 2017 by Mathieu Giraud Paris-Pitié bio-CLL bio-analyze-more client feature
- 9
updated Apr 08, 2019
Titre des samples lors de la comparaison de différentes analyses d'un même fichier (compare samples)

#2241 · created Mar 09, 2017 by Mikaël Salson !-hard Paris-Pitié client-ergonomy server server-compare-last-results
- 2
updated Mar 13, 2017
Avertir lorsque le pourcentage de séquences assemblées est faible

#2243 · created Mar 09, 2017 by Mikaël Salson Paris-Pitié bio-control client-warning server-pre-process
- 3
updated Oct 19, 2018
stats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un set

#4539 · created Oct 21, 2020 by Mathieu Giraud Web 2022.05 Paris-Pitié feature server-ergonomy server-qc-stats
- 12
updated Apr 26, 2022
Pouvoir associer d'un coup plusieurs samples à un set / créer un nouveau set avec des samples existants

#4569 · created Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud Paris-Pitié server-sample-sets user-request
- 1
updated Dec 11, 2020
Documenter comment travailler sur un format .vidjil

#4570 · created Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud !-easy *-go Paris-Pitié doc repseq-formats
- 0
updated Feb 03, 2021
API / URL serveur : arriver sur une page d'un set

#4571 · created Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud Paris-Pitié server-api server-sample-sets
- 1
updated Mar 29, 2021
Pouvoir cliquer avec le bouton droit sur des liens sample sets

#4572 · created Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud Paris-Pitié client-ergonomy server-sample-sets
- 1
updated Nov 20, 2020
Page principale du serveur : trier les sets par ordre de mise à jour ?

#4573 · created Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud Paris-Pitié bio-mrd client-database client-ergonomy
- 8
updated Mar 23, 2022
Identifier le V dans les séquences non mergées

#4723 · created Mar 17, 2021 by Anne de Septenville Paris-Pitié bio-analyze-more patho-LLC user-request
- 4
updated Apr 01, 2021
Analyse chaîne légère et mutation R110

#4944 · created Jan 28, 2022 by Anne de Septenville Paris-Pitié patho-LLC server-config user-request
- 7
updated Mar 04, 2022