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None
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Yes
No
Yes
No
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Manual
Priority
Created date
Last updated
Milestone due date
Due date
Popularity
Label priority
Manual
Donner toute la séquence en acides aminés
#2140
· opened
Jan 30, 2017
by
Mikaël Salson
*-go
Paris-Pitié
bio-AA
bio-CLL
client
client-aligner
feature
2
updated
Oct 14, 2020
Décalage des informations sous la séquence dans le segmenter
#1982
· opened
Nov 29, 2016
by
Vidjil Team
*-go
Paris-Pitié
client
client-aligner
client-ergonomy
priority-2
8
updated
Oct 14, 2020
On a moins de 100 clones avec la config MiXCR
#2520
· opened
Jun 08, 2017
by
Mikaël Salson
Paris-Pitié
repseq-mixcr
server-config
0
updated
Jun 08, 2017
La représentative couvre mal certains jeux de clones
#1541
· opened
Nov 29, 2016
by
Vidjil Team
!!-bug
Paris-Pitié
bio-control
cpp-representative
dev-robust
priority-3-month
3
updated
Dec 11, 2020
Export csv de la liste des clones en sortie de l'algo
#1727
· opened
Nov 29, 2016
by
Vidjil Team
BRU-Bruxelles
Paris-Pitié
bio-analyze-more
client-export
com-vw-vidjil-workshop
feature
priority-3-month
repseq-IMGT
CLOSED
8
updated
Jun 19, 2020
Le FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du J
#2138
· opened
Jan 27, 2017
by
Mikaël Salson
Algo 2020.06
!-hard
Paris-Pitié
bio-capture
cpp
cpp-dynprog
cpp-finesegmenter
feature
sequencers-Nanopore
CLOSED
1
11
updated
Oct 14, 2020
My Account : liste des derniers jobs depuis l'interface d'un utilisateur
#2606
· opened
Sep 01, 2017
by
Thonier Florian
*-go
Paris-Pitié
client-database
client-menu
server
server-auth
server-ergonomy
server-my-account
user-request
CLOSED
1
7
updated
Nov 18, 2020
Pre-process: mettre avant le log la correspondance entre noms serveurs et noms des fichiers dans le log
#2725
· opened
Oct 13, 2017
by
Ryan Herbert
#-privacy
*-go
Paris-Pitié
server-pre-process
user-request
7
updated
Oct 17, 2017
Faire un "compare" sur un seul sample
#2726
· opened
Oct 13, 2017
by
Ryan Herbert
+-deploy
Paris-Pitié
server
server-compare-samples
server-fuse
user-request
CLOSED
2
15
updated
Nov 20, 2020
Pouvoir sauter depuis un sample à ses groupes patient/run/set
#2728
· opened
Oct 17, 2017
by
Thonier Florian
Web 2020.09
*-go
Paris-Pitié
client
client-database
feature
server-ergonomy
server-sample-sets
user-request
CLOSED
1
9
updated
Jul 28, 2020
Vidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.
#2767
· opened
Oct 31, 2017
by
Thonier Florian
Algo 2017.11
!!-bug
#-quality
LIL-Lille
PAR-Debré
Paris-Pitié
bio-large-deletion
bio-trim
cpp
cpp-dynprog
cpp-finesegmenter
data
dev-tests
dev-tests-curated-vdj
repseq-IMGT
CLOSED
1
30
updated
Apr 12, 2018
Détecter les primers dimers
#2820
· opened
Nov 21, 2017
by
Mathieu Giraud
LIL-Immuno
PAR-Debré
Paris-Pitié
bio-control
bio-primers
client-warning
cpp
cpp-heuristic
user-request
1
9
updated
Jun 18, 2020
Coût de segmentation : pas de coût spécifique aux homopolymères par défaut
#2851
· opened
Nov 22, 2017
by
Mikaël Salson
Algo 2017.11
*-go
NAG-Nagoya
PAN-Necker
Paris-Pitié
cpp
cpp-costs
cpp-finesegmenter
cpp-finesegmenter-D
cpp-options
sequencers-Ion
CLOSED
1
11
updated
Nov 30, 2017
"Satellites" et clustérisation
#2852
· opened
Nov 22, 2017
by
Mathieu Giraud
!-reflexion
Paris-Pitié
bio-control
1
updated
Nov 22, 2017
Qualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)
#2875
· opened
Nov 22, 2017
by
Mikaël Salson
LIL-Lille
Paris-Pitié
bio-control
client-warning
server-pre-process
server-qc-stats
server-sample-sets
user-request
12
updated
Sep 14, 2018
Exporter l'alignement
#2876
· opened
Nov 22, 2017
by
Mathieu Giraud
*-go
LIL-Lille
Paris-Pitié
client-aligner
client-export
cpp-dynprog
CLOSED
1
10
updated
Feb 28, 2019
Création batch de plusieurs patients/runs/sets
#2878
· opened
Nov 22, 2017
by
Mathieu Giraud
Paris-Pitié
server
server-sample-sets
user-request
CLOSED
15
updated
Oct 21, 2020
Upload de plusieurs fichiers .fasta via un .zip / .csv
#2891
· opened
Nov 23, 2017
by
Mathieu Giraud
!-hard
!-reflexion
KIE-Kiel
PAR-Debré
Paris-Pitié
TOU-Toulouse
server-database
server-upload
user-request
7
updated
Jan 12, 2021
Clones aux proportions similaires avec des variations mineures de séquences : lequel est le bon ?
#2907
· opened
Nov 29, 2017
by
Mathieu Giraud
Paris-Pitié
bio-control
client
8
updated
Jun 05, 2018
Nombre de répétitions de TAC différent entre Sanger et NGS
#2908
· opened
Nov 29, 2017
by
Mathieu Giraud
!!-bug
Paris-Pitié
cpp-representative
3
updated
Mar 25, 2019
Clone manqué avec une grosse délétion (read trop court pour la fenêtre)
#2910
· opened
Nov 29, 2017
by
Anne de Septenville
Algo 2017.11
!-important
+-deploy
Paris-Pitié
bio-analyze-more
cpp
cpp-heuristic
CLOSED
8
updated
Apr 10, 2018
Clone avec une séquence consensus trop courte, coverage .56
#2912
· opened
Nov 29, 2017
by
Anne de Septenville
Paris-Pitié
bio-control
cpp
cpp-representative
2
updated
Nov 29, 2017
Grands produits de PCR, pas d'overlap entre R1 et R2, pas de CDR3
#2914
· opened
Nov 29, 2017
by
Mathieu Giraud
Paris-Pitié
bio-control
2
updated
Nov 29, 2017
Choix du dernier set/run lors de l'import d'un nouvel échantillon
#2961
· opened
Dec 20, 2017
by
Anne de Septenville
Paris-Pitié
client-autocomplete
feature
server
server-sample-sets
CLOSED
5
updated
Dec 20, 2017
Auto-complétion au clic avec les derniers set modifiés
#2963
· opened
Dec 20, 2017
by
Mikaël Salson
Paris-Pitié
client-autocomplete
feature
server
server-sample-sets
user-request
CLOSED
1
2
updated
Mar 21, 2018
Avoir plus d'informations sur PEAR
#3054
· opened
Feb 16, 2018
by
Thonier Florian
!-reflexion
MON-Monza
Paris-Pitié
bio-control
client
client-info
feature
server-pre-process
server-qc-stats
user-request
CLOSED
1
6
updated
Oct 16, 2018
Récupérer les patients à partir d'un run ou d'un set
#3150
· opened
Apr 09, 2018
by
Mathieu Giraud
Paris-Pitié
server
server-sample-sets
user-request
CLOSED
2
updated
Mar 25, 2019
Plot submenu: une icône .svg disparaît après utilisation
#3156
· opened
Apr 09, 2018
by
Mathieu Giraud
Paris-Pitié
client-ugly
user-request
2
updated
Aug 09, 2018
N'afficher que les nucléotides qui diffèrent quand on aligne les séquences
#3164
· opened
Apr 11, 2018
by
Mikaël Salson
Paris-Pitié
client-aligner
client-ergonomy
server-cgi
user-request
0
updated
Oct 14, 2020
Modification d'un sample avec un pre-process
#3258
· opened
Jun 06, 2018
by
Anne de Septenville
!!-bug
Paris-Pitié
server-pre-process
server-task.py
user-request
CLOSED
5
updated
Jul 27, 2018
Absence de reads lors d'une comparaison de 2 échantillons
#3410
· opened
Jul 20, 2018
by
Anne de Septenville
Paris-Pitié
server-compare-samples
7
updated
Jul 20, 2018
Améliorer l'ergonomie de l'auto-completion
#3420
· opened
Jul 27, 2018
by
Anne de Septenville
Paris-Pitié
client-autocomplete
client-ergonomy
3
updated
Mar 25, 2019
Numerotation samples lors de l'ajout
#3491
· opened
Sep 28, 2018
by
Anne de Septenville
!!-bug
Paris-Pitié
server-sample-sets
CLOSED
1
4
updated
Oct 01, 2018
qc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod
#3496
· opened
Oct 02, 2018
by
Mathieu Giraud
Web 2020.12
Oct 20, 2020
Paris-Pitié
next-audio
server-qc-stats
user-request
CLOSED
1
21
updated
Dec 03, 2020
Export CSV de stats / qualité
#3539
· opened
Oct 09, 2018
by
Mathieu Giraud
Paris-Pitié
server-qc-stats
user-request
0
updated
Oct 09, 2018
Option to keep only productive recombinations
#3747
· opened
Feb 26, 2019
by
Mathieu Giraud
Paris-Pitié
THE-Thessaloniki
bio-AA
0
updated
Feb 26, 2019
Read merger: INAB tool ?
#3749
· opened
Feb 26, 2019
by
Mathieu Giraud
Paris-Pitié
THE-Thessaloniki
server-pre-process
0
updated
Feb 26, 2019
Affichage du lien vers l'analyse d'un sample réassocié à un patient/run/set
#3753
· opened
Feb 28, 2019
by
Anne de Septenville
Paris-Pitié
server
server-ergonomy
server-sample-sets
5
updated
Mar 11, 2019
SampleReads : échantillon aléatoire des reads.
#3764
· opened
Feb 28, 2019
by
Mikaël Salson
!-reflexion
*-go
Paris-Pitié
cpp
cpp-representative
CLOSED
1
6
updated
Jul 28, 2020
Erreur client sur une séquence particulière
#3817
· opened
Mar 18, 2019
by
Mikaël Salson
!!-bug
Paris-Pitié
client
client-aligner
0
updated
Mar 18, 2019
Avoir une bouton pour lancer une analyse sur tous les samples
#3827
· opened
Mar 19, 2019
by
Thonier Florian
Paris-Pitié
feature
server
server-ergonomy
server-sample-sets
1
3
updated
Nov 20, 2020
--no-windows, --no-vidjil, --no-airr ?
#3861
· opened
Mar 22, 2019
by
Mathieu Giraud
!-easy
Paris-Pitié
cpp
cpp-export
cpp-options
CLOSED
1
10
updated
Jul 28, 2020
Analyse FAILED avec un résultat
#3862
· opened
Mar 22, 2019
by
Anne de Septenville
!!-bug
Paris-Pitié
server
server-fuse
server-task.py
6
updated
Mar 25, 2019
"to CloneDB" fait disparaître l'affichage dans le panneau supérieur
#3888
· opened
Apr 02, 2019
by
Anne de Septenville
!!-bug
*-go
Paris-Pitié
app-clonedb
client
client-bar
1
10
updated
Jun 09, 2020
Actualiser régulièrement la CloneDB
#3889
· opened
Apr 02, 2019
by
Anne de Septenville
Paris-Pitié
app-clonedb
user-request
6
updated
Dec 13, 2019
Genescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le client : fuse.py / distributions
#3902
· opened
Apr 08, 2019
by
Mathieu Giraud
!-reflexion
PAN-Necker
Paris-Pitié
client-bar
client-virtual-clone
ec-ngs
next-audio
user-request
CLOSED
1
15
updated
Apr 23, 2020
fuse.py: quelle séquence conserver ? plus grande, meilleur top, plus de reads ?
#3970
· opened
Aug 20, 2019
by
Thonier Florian
!-reflexion
Lausanne
Paris-Pitié
cpp-representative
feature
server-fuse
18
updated
Dec 11, 2020
Afficher les index de diversité dans le client
#4038
· opened
Nov 06, 2019
by
Mathieu Giraud
Paris-Pitié
bio-diversity
client-graph
math-stats
user-request
5
updated
Nov 27, 2019
Couleur par nombre de samples
#4066
· opened
Nov 26, 2019
by
Mikaël Salson
Paris-Pitié
bio-control
client
client-axis
client-color-by
client-ergonomy
user-request
1
updated
Dec 10, 2019
Ajout d'un même set/run sur plusieurs samples déjà importés
#4169
· opened
Jan 31, 2020
by
Anne de Septenville
Paris-Pitié
server-ergonomy
server-sample-sets
user-request
0
updated
Feb 03, 2020
API : script d'exemple
#4207
· opened
Mar 03, 2020
by
Mathieu Giraud
Web 2021.03
Feb 2, 2021
Paris-Pitié
dev-tests
doc
server-api
5
updated
Jan 15, 2021
Impossible de relancer une analyse effectuée
#4252
· opened
Apr 21, 2020
by
Anne de Septenville
!!-bug
Paris-Pitié
server
server-task.py
user-request
CLOSED
1
2
updated
Apr 21, 2020
Problème détection d'un 2e D trop court
#4267
· opened
Apr 28, 2020
by
Anne de Septenville
Paris-Pitié
bio-e-value
cpp
cpp-finesegmenter-D
user-request
10
updated
Jun 23, 2020
Erreur productivité - séquence commençant loin avant le début du V
#4292
· opened
May 18, 2020
by
Anne de Septenville
Paris-Pitié
bio-productivity
cpp
cpp-finesegmenter
user-request
5
updated
May 28, 2020
Séquence consensus incomplète analyse comparée
#4427
· opened
Jul 28, 2020
by
Anne de Septenville
Paris-Pitié
cpp
cpp-representative
server-fuse
2
updated
Jul 29, 2020
-w all, pour une autre configuration 'clonality' très stricte, sur toute la séquence
#1642
· opened
Nov 29, 2016
by
Vidjil Team
Algo 2017.03
PAN-Necker
Paris-Pitié
bio-CLL
cpp
cpp-options
feature
priority-2
CLOSED
4
updated
Apr 15, 2020
`-y all`: on devrait avoir les séquences consensus dans `.vdj.fa`
#2239
· opened
Mar 09, 2017
by
Mathieu Giraud
Algo 2017.03
!!-bug
+-deploy
Paris-Pitié
cpp
repseq-formats
CLOSED
2
updated
Mar 29, 2017
Exporter des rapports pour de nombreux patients
#4499
· opened
Sep 29, 2020
by
Mikaël Salson
Paris-Pitié
client
client-export
client-rapport
patho-LLC
server-qc-stats
2
updated
Oct 21, 2020
Exporter un .fastq pour la représentative / qualité pour la consensus (ensemble de la séquence)
#1148
· opened
Nov 29, 2016
by
Vidjil Team
!-hard
!-reflexion
Paris-Pitié
com-vw-vidjil-workshop
cpp
cpp-export
cpp-representative
feature
priority-2
4
updated
Mar 20, 2019
Upload de plusieurs fichiers via des formulaires web
#1362
· opened
Nov 29, 2016
by
Vidjil Team
Web 2018.01
!-hard
!-important
!-reflexion
BRI-Bristol
BRU-Bruxelles
KIE-Kiel
LYON-Sarah
MON-Monza
PAN-Necker
PAR-Debré
PRA-Prague
Paris-Pitié
TOU-Toulouse
feature
priority-2
server-database
server-upload
user-request
CLOSED
1
35
updated
Mar 21, 2018
Récupérer les reads d'un clone
#1469
· opened
Nov 29, 2016
by
Vidjil Team
Mar 6, 2019
Paris-Pitié
bio-control
client
com-vw-vidjil-workshop
cpp
feature
priority-3-month
server
user-request
CLOSED
2
8
updated
Sep 18, 2019
Splitter un clone / ré-analyser un sous-ensemble de reads
#1567
· opened
Nov 29, 2016
by
Vidjil Team
!-reflexion
Paris-Pitié
REN-Rennes
bio-control
cpp
cpp-cluster
cpp-representative
4
updated
Mar 08, 2019
Replicats pour gommer des erreurs de PCR/séquençage
#1638
· opened
Nov 29, 2016
by
Vidjil Team
old_tracker
Paris-Pitié
bio-control
feature
priority-2
1
updated
Jul 30, 2020
Contrôle de la contamination sur un run
#1744
· opened
Nov 29, 2016
by
Vidjil Team
LIL-Lille
MON-Monza
PAN-Necker
Paris-Pitié
bio-control
client
feature
priority-3-month
server-qc-stats
user-request
22
updated
Dec 11, 2020
Sortir la séquence consensus complète en donnant un histogramme de la représentativité (à la JalView)
#1972
· opened
Nov 29, 2016
by
Vidjil Team
old_tracker
!-reflexion
Paris-Pitié
cpp-representative
feature
priority-2
0
updated
Jun 25, 2018
Afficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteur
#2056
· opened
Dec 12, 2016
by
Mikaël Salson
CLL-2018-septembre
LIL-Lille
Paris-Pitié
bio-AA
bio-CLL
client
client-aligner
feature
user-request
CLOSED
1
13
updated
Apr 18, 2019
Visualiser FR1 et autres dans le client
#2135
· opened
Jan 27, 2017
by
Mathieu Giraud
Paris-Pitié
bio-CLL
client-aligner
feature
3
updated
Nov 11, 2020
Tagguer le IGH D7-27-0/92/0-J1 non recombiné d'une manière particulière
#2232
· opened
Mar 09, 2017
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.08
Paris-Pitié
bio-analyze-more
bio-primers
cpp
priority-1-low
CLOSED
1
5
updated
Jan 15, 2021
Avoir un rapport plus générique
#2233
· opened
Mar 09, 2017
by
Mathieu Giraud
!-important
LIL-Lille
PAR-Debré
Paris-Pitié
bio-control
client
client-rapport
user-request
8
updated
Dec 11, 2020
Statistiques sur l'ensemble des patients/runs/groupe d'échantillon (vue générique)
#2235
· opened
Mar 09, 2017
by
Mathieu Giraud
MON-Monza
PAN-Necker
Paris-Pitié
bio-control
dev-dead-code
server-qc-stats
user-request
CLOSED
16
updated
Sep 14, 2018
Faut-il afficher 1000 clones dans le client sur un échantillon ?
#2236
· opened
Mar 09, 2017
by
Mathieu Giraud
Paris-Pitié
bio-CLL
bio-analyze-more
client
feature
9
updated
Apr 08, 2019
Titre des samples lors de la comparaison de différentes analyses d'un même fichier (compare samples)
#2241
· opened
Mar 09, 2017
by
Mikaël Salson
!-hard
Paris-Pitié
client-ergonomy
server
server-compare-last-results
2
updated
Mar 13, 2017
Fort pourcentage de séquences non assemblées par PEAR
#2242
· opened
Mar 09, 2017
by
Mikaël Salson
Paris-Pitié
bio-analyze-more
server-pre-process
4
updated
Jan 21, 2019
Avertir lorsque le pourcentage de séquences assemblées est faible
#2243
· opened
Mar 09, 2017
by
Mikaël Salson
Paris-Pitié
bio-control
client-warning
server-pre-process
3
updated
Oct 19, 2018
Affichage de la qualité dans l'aligneur
#2313
· opened
Apr 04, 2017
by
Mathieu Giraud
Paris-Pitié
bio-control
client
client-aligner
feature
repseq-formats
6
updated
Oct 14, 2020
Afficher un échantillon sans l'impact des autres échantillons
#2442
· opened
May 15, 2017
by
Mathieu Giraud
!-reflexion
Amiens-Nordine
LIL-Lille
Paris-Pitié
bio-control
client
server-fuse
user-request
21
updated
Dec 11, 2020
stats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un set
#4539
· opened
Oct 21, 2020
by
Mathieu Giraud
Web 2021.03
Paris-Pitié
feature
server-ergonomy
server-qc-stats
8
updated
Dec 02, 2020
Stocker 'color_by' dans les préférences
#4568
· opened
Nov 20, 2020
by
Mathieu Giraud
!-easy
*-go
Paris-Pitié
client-color-by
1
updated
Jan 06, 2021
Pouvoir associer d'un coup plusieurs samples à un set / créer un nouveau set avec des samples existants
#4569
· opened
Nov 20, 2020
by
Mathieu Giraud
Paris-Pitié
server-sample-sets
user-request
1
updated
Dec 11, 2020
Documenter comment travailler sur un format .vidjil
#4570
· opened
Nov 20, 2020
by
Mathieu Giraud
!-easy
*-go
Paris-Pitié
doc
repseq-formats
0
updated
Nov 20, 2020
API / URL serveur : arriver sur une page d'un set
#4571
· opened
Nov 20, 2020
by
Mathieu Giraud
Paris-Pitié
server-api
server-sample-sets
0
updated
Nov 20, 2020
Pouvoir cliquer avec le bouton droit sur des liens sample sets
#4572
· opened
Nov 20, 2020
by
Mathieu Giraud
Paris-Pitié
client-ergonomy
server-sample-sets
1
updated
Nov 20, 2020
Page principale du serveur : trier les sets par ordre de mise à jour ?
#4573
· opened
Nov 20, 2020
by
Mathieu Giraud
Paris-Pitié
bio-mrd
client-database
client-ergonomy
5
updated
Dec 04, 2020
Accélérer la procédure d'upload des fastq
#4629
· opened
Jan 11, 2021
by
Anne de Septenville
Paris-Pitié
user-request
CLOSED
1
updated
Jan 12, 2021