Issues · vidjil / vidjil · GitLab

Afficher un échantillon sans l'impact des autres échantillons

#2442 · created May 15, 2017 by Mathieu Giraud Web 2021.05 !-reflexion Amiens-Nordine LIL-Lille Paris-Pitié bio-control client server-fuse user-request
- CLOSED
- 1
- 34
updated Apr 20, 2021
Donner toute la séquence en acides aminés

#2140 · created Jan 30, 2017 by Mikaël Salson *-go Paris-Pitié bio-AA bio-CLL client client-aligner feature
- CLOSED
- 7
updated Apr 08, 2021
Décalage des informations sous la séquence dans le segmenter

#1982 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team *-go Paris-Pitié client client-aligner client-ergonomy priority-2
- CLOSED
- 9
updated Apr 08, 2021
Se souvenir des amorces/primers utilisées : comment ?

#1253 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-hard !-reflexion #-aap-ADT-Inria #-quality LIL-Lille Paris-Pitié REN-Rennes bio-primers client-database feature priority-2 server-database server-qc-stats user-request
- 11
updated Jul 02, 2021
On a moins de 100 clones avec la config MiXCR

#2520 · created Jun 08, 2017 by Mikaël Salson Paris-Pitié repseq-mixcr server-config
- 0
updated Jun 08, 2017
La représentative couvre mal certains jeux de clones

#1541 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !!-bug Paris-Pitié bio-control cpp-representative dev-robust priority-3-month
- 3
updated Apr 08, 2021
Export csv de la liste des clones en sortie de l'algo

#1727 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team BRU-Bruxelles Paris-Pitié bio-analyze-more client-export com-vw-vidjil-workshop feature priority-3-month repseq-IMGT
- CLOSED
- 8
updated Jun 19, 2020
Le FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du J

#2138 · created Jan 27, 2017 by Mikaël Salson Algo 2020.06 !-hard Paris-Pitié bio-capture cpp cpp-dynprog cpp-finesegmenter feature sequencers-Nanopore
- CLOSED
- 1
- 11
updated Oct 14, 2020
My Account : liste des derniers jobs depuis l'interface d'un utilisateur

#2606 · created Sep 01, 2017 by Thonier Florian *-go Paris-Pitié client-database client-menu server server-auth server-ergonomy server-my-account user-request
- CLOSED
- 1
- 7
updated Nov 18, 2020
Pre-process: mettre avant le log la correspondance entre noms serveurs et noms des fichiers dans le log

#2725 · created Oct 13, 2017 by Ryan Herbert #-privacy *-go Paris-Pitié server-pre-process user-request
- 7
updated Oct 17, 2017
Faire un "compare" sur un seul sample

#2726 · created Oct 13, 2017 by Ryan Herbert +-deploy Paris-Pitié server server-compare-samples server-fuse user-request
- CLOSED
- 2
- 15
updated Nov 20, 2020
Pouvoir sauter depuis un sample à ses groupes patient/run/set

#2728 · created Oct 17, 2017 by Thonier Florian Web 2020.09 *-go Paris-Pitié client client-database feature server-ergonomy server-sample-sets user-request
- CLOSED
- 1
- 9
updated Jul 28, 2020
Vidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.

#2767 · created Oct 31, 2017 by Thonier Florian Algo 2017.11 !!-bug #-quality LIL-Lille PAR-Debré Paris-Pitié bio-large-deletion bio-trim cpp cpp-dynprog cpp-finesegmenter data dev-tests dev-tests-curated-vdj repseq-IMGT
- CLOSED
- 1
- 30
updated Jan 26, 2021
Détecter les primers dimers

#2820 · created Nov 21, 2017 by Mathieu Giraud LIL-Immuno PAR-Debré Paris-Pitié bio-control bio-primers client-warning cpp cpp-heuristic user-request
- 1
- 9
updated Jun 18, 2020
Coût de segmentation : pas de coût spécifique aux homopolymères par défaut

#2851 · created Nov 22, 2017 by Mikaël Salson Algo 2017.11 *-go NAG-Nagoya PAN-Necker Paris-Pitié cpp cpp-costs cpp-finesegmenter cpp-finesegmenter-D cpp-options sequencers-Ion
- CLOSED
- 1
- 11
updated Nov 30, 2017
"Satellites" et clustérisation

#2852 · created Nov 22, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion Paris-Pitié bio-control
- 1
updated Nov 22, 2017
Qualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)

#2875 · created Nov 22, 2017 by Mikaël Salson LIL-Lille Paris-Pitié bio-control client-warning server-pre-process server-qc-stats server-sample-sets user-request
- 12
updated Sep 14, 2018
Exporter l'alignement

#2876 · created Nov 22, 2017 by Mathieu Giraud *-go LIL-Lille Paris-Pitié client-aligner client-export cpp-dynprog
- CLOSED
- 1
- 10
updated Feb 28, 2019
Création batch de plusieurs patients/runs/sets

#2878 · created Nov 22, 2017 by Mathieu Giraud Paris-Pitié server server-sample-sets user-request
- CLOSED
- 15
updated Oct 21, 2020
Upload de plusieurs fichiers .fasta via un .zip / .csv

#2891 · created Nov 23, 2017 by Mathieu Giraud !-hard !-reflexion KIE-Kiel NAN - Nantes PAR-Debré Paris-Pitié TOU-Toulouse server-database server-upload user-request
- 8
updated Sep 21, 2021
Clones aux proportions similaires avec des variations mineures de séquences : lequel est le bon ?

#2907 · created Nov 29, 2017 by Mathieu Giraud Paris-Pitié bio-control client
- 8
updated Jun 05, 2018
Nombre de répétitions de TAC différent entre Sanger et NGS

#2908 · created Nov 29, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug Paris-Pitié cpp-representative
- 3
updated Mar 25, 2019
Clone manqué avec une grosse délétion (read trop court pour la fenêtre)

#2910 · created Nov 29, 2017 by Anne de Septenville Algo 2017.11 !-important +-deploy Paris-Pitié bio-analyze-more cpp cpp-heuristic
- CLOSED
- 8
updated Jan 26, 2021
Clone avec une séquence consensus trop courte, coverage .56

#2912 · created Nov 29, 2017 by Anne de Septenville Paris-Pitié bio-control cpp cpp-representative
- 4
updated Jun 01, 2021
Grands produits de PCR, pas d'overlap entre R1 et R2, pas de CDR3

#2914 · created Nov 29, 2017 by Mathieu Giraud Paris-Pitié bio-control
- 2
updated Nov 29, 2017
Choix du dernier set/run lors de l'import d'un nouvel échantillon

#2961 · created Dec 20, 2017 by Anne de Septenville Paris-Pitié client-autocomplete feature server server-sample-sets
- CLOSED
- 5
updated Dec 20, 2017
Auto-complétion au clic avec les derniers set modifiés

#2963 · created Dec 20, 2017 by Mikaël Salson Paris-Pitié client-autocomplete feature server server-sample-sets user-request
- CLOSED
- 1
- 2
updated Mar 21, 2018
Avoir plus d'informations sur PEAR

#3054 · created Feb 16, 2018 by Thonier Florian !-reflexion MON-Monza Paris-Pitié bio-control client client-info feature server-pre-process server-qc-stats user-request
- CLOSED
- 1
- 6
updated Feb 03, 2021
Récupérer les patients à partir d'un run ou d'un set

#3150 · created Apr 09, 2018 by Mathieu Giraud Paris-Pitié server server-sample-sets user-request
- CLOSED
- 2
updated Mar 25, 2019
Plot submenu: une icône .svg disparaît après utilisation

#3156 · created Apr 09, 2018 by Mathieu Giraud Paris-Pitié client-ugly user-request
- 2
updated Aug 09, 2018
N'afficher que les nucléotides qui diffèrent quand on aligne les séquences

#3164 · created Apr 11, 2018 by Mikaël Salson Paris-Pitié client-aligner client-ergonomy server-cgi user-request
- CLOSED
- 1
updated Apr 08, 2021
Modification d'un sample avec un pre-process

#3258 · created Jun 06, 2018 by Anne de Septenville !!-bug Paris-Pitié server-pre-process server-task.py user-request
- CLOSED
- 5
updated Jul 27, 2018
Absence de reads lors d'une comparaison de 2 échantillons

#3410 · created Jul 20, 2018 by Anne de Septenville Paris-Pitié server-compare-samples
- 7
updated Jul 20, 2018
Améliorer l'ergonomie de l'auto-completion

#3420 · created Jul 27, 2018 by Anne de Septenville Paris-Pitié client-autocomplete client-ergonomy
- 3
updated Mar 25, 2019
Numerotation samples lors de l'ajout

#3491 · created Sep 28, 2018 by Anne de Septenville !!-bug Paris-Pitié server-sample-sets
- CLOSED
- 1
- 4
updated Oct 01, 2018
qc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod

#3496 · created Oct 02, 2018 by Mathieu Giraud Web 2020.12 Oct 20, 2020 Paris-Pitié next-audio server-qc-stats user-request
- CLOSED
- 1
- 21
updated Dec 03, 2020
Export CSV de stats / qualité

#3539 · created Oct 09, 2018 by Mathieu Giraud Paris-Pitié server-qc-stats user-request
- 0
updated Oct 09, 2018
Option to keep only productive recombinations

#3747 · created Feb 26, 2019 by Mathieu Giraud Paris-Pitié THE-Thessaloniki bio-AA
- 0
updated Feb 26, 2019
Read merger: INAB tool ?

#3749 · created Feb 26, 2019 by Mathieu Giraud Paris-Pitié THE-Thessaloniki server-pre-process
- 0
updated Feb 26, 2019
Affichage du lien vers l'analyse d'un sample réassocié à un patient/run/set

#3753 · created Feb 28, 2019 by Anne de Septenville Paris-Pitié server server-ergonomy server-sample-sets
- 5
updated Mar 11, 2019
SampleReads : échantillon aléatoire des reads.

#3764 · created Feb 28, 2019 by Mikaël Salson !-reflexion *-go Paris-Pitié cpp cpp-representative
- CLOSED
- 1
- 6
updated Jul 28, 2020
Erreur client sur une séquence particulière

#3817 · created Mar 18, 2019 by Mikaël Salson !!-bug Paris-Pitié client client-aligner
- 0
updated Mar 18, 2019
Avoir une bouton pour lancer une analyse sur tous les samples

#3827 · created Mar 19, 2019 by Thonier Florian Web 2021.11 Paris-Pitié feature server server-ergonomy server-sample-sets
- CLOSED
- 1
- 3
updated Sep 09, 2021
--no-windows, --no-vidjil, --no-airr ?

#3861 · created Mar 22, 2019 by Mathieu Giraud !-easy Paris-Pitié cpp cpp-export cpp-options
- CLOSED
- 1
- 10
updated Jul 28, 2020
Analyse FAILED avec un résultat

#3862 · created Mar 22, 2019 by Anne de Septenville !!-bug Paris-Pitié server server-fuse server-task.py
- 6
updated Mar 25, 2019
"to CloneDB" fait disparaître l'affichage dans le panneau supérieur

#3888 · created Apr 02, 2019 by Anne de Septenville !!-bug *-go Paris-Pitié app-clonedb client client-bar
- 1
- 10
updated Jun 09, 2020
Actualiser régulièrement la CloneDB

#3889 · created Apr 02, 2019 by Anne de Septenville Paris-Pitié app-clonedb user-request
- 6
updated Dec 13, 2019
Genescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le client : fuse.py / distributions

#3902 · created Apr 08, 2019 by Mathieu Giraud !-reflexion PAN-Necker Paris-Pitié client-bar client-virtual-clone ec-ngs next-audio user-request
- CLOSED
- 1
- 15
updated Apr 23, 2020
fuse.py: quelle séquence conserver ? plus grande, meilleur top, plus de reads ?

#3970 · created Aug 20, 2019 by Thonier Florian !-reflexion Lausanne Paris-Pitié cpp-representative feature server-fuse
- 21
updated Sep 27, 2021
Afficher les index de diversité dans le client

#4038 · created Nov 06, 2019 by Mathieu Giraud Paris-Pitié bio-diversity client-graph math-stats user-request
- 5
updated Nov 27, 2019
Couleur par nombre de samples

#4066 · created Nov 26, 2019 by Mikaël Salson Paris-Pitié bio-control client client-axis client-color-by client-ergonomy user-request
- 1
updated Dec 10, 2019
Ajout d'un même set/run sur plusieurs samples déjà importés

#4169 · created Jan 31, 2020 by Anne de Septenville Paris-Pitié server-ergonomy server-sample-sets user-request
- 0
updated Feb 03, 2020
API : script d'exemple

#4207 · created Mar 03, 2020 by Mathieu Giraud Web 2021.11 Feb 2, 2021 Paris-Pitié dev-tests doc server-api
- 6
updated May 05, 2021
Impossible de relancer une analyse effectuée

#4252 · created Apr 21, 2020 by Anne de Septenville !!-bug Paris-Pitié server server-task.py user-request
- CLOSED
- 1
- 2
updated Apr 21, 2020
Problème détection d'un 2e D trop court

#4267 · created Apr 28, 2020 by Anne de Septenville Paris-Pitié bio-e-value cpp cpp-finesegmenter-D user-request
- 10
updated Jun 23, 2020
Erreur productivité - séquence commençant loin avant le début du V

#4292 · created May 18, 2020 by Anne de Septenville Paris-Pitié bio-productivity cpp cpp-finesegmenter user-request
- 5
updated May 28, 2020
Séquence consensus incomplète analyse comparée

#4427 · created Jul 28, 2020 by Anne de Septenville Paris-Pitié cpp cpp-representative server-fuse
- 2
updated Apr 08, 2021
-w all, pour une autre configuration 'clonality' très stricte, sur toute la séquence

#1642 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team Algo 2017.03 PAN-Necker Paris-Pitié bio-CLL cpp cpp-options feature priority-2
- CLOSED
- 4
updated Apr 15, 2020
`-y all`: on devrait avoir les séquences consensus dans `.vdj.fa`

#2239 · created Mar 09, 2017 by Mathieu Giraud Algo 2017.03 !!-bug +-deploy Paris-Pitié cpp repseq-formats
- CLOSED
- 2
updated Mar 29, 2017
Exporter des rapports pour de nombreux patients

#4499 · created Sep 29, 2020 by Mikaël Salson Paris-Pitié client client-export client-rapport patho-LLC server-qc-stats
- 2
updated Oct 21, 2020
Exporter un .fastq pour la représentative / qualité pour la consensus (ensemble de la séquence)

#1148 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-hard !-reflexion Paris-Pitié com-vw-vidjil-workshop cpp cpp-export cpp-representative feature priority-2
- 4
updated Mar 20, 2019
Upload de plusieurs fichiers via des formulaires web

#1362 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team Web 2018.01 !-hard !-important !-reflexion BRI-Bristol BRU-Bruxelles KIE-Kiel LYON-Sarah MON-Monza PAN-Necker PAR-Debré PRA-Prague Paris-Pitié TOU-Toulouse feature priority-2 server-database server-upload user-request
- CLOSED
- 1
- 35
updated Mar 21, 2018
Récupérer les reads d'un clone

#1469 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team Mar 6, 2019 Paris-Pitié bio-control client com-vw-vidjil-workshop cpp feature priority-3-month server user-request
- CLOSED
- 2
- 8
updated Sep 18, 2019
Splitter un clone / ré-analyser un sous-ensemble de reads

#1567 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-reflexion Paris-Pitié REN-Rennes bio-control cpp cpp-cluster cpp-representative
- 4
updated Jun 23, 2021
Replicats pour gommer des erreurs de PCR/séquençage

#1638 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker Paris-Pitié bio-control feature priority-2
- 1
updated Jul 30, 2020
Contrôle de la contamination sur un run

#1744 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team LIL-Lille MON-Monza PAN-Necker Paris-Pitié bio-control client feature priority-3-month server-qc-stats user-request
- 22
updated Dec 11, 2020
Sortir la séquence consensus complète en donnant un histogramme de la représentativité (à la JalView)

#1972 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !-reflexion Paris-Pitié cpp-representative feature priority-2
- 0
updated Jun 25, 2018
Afficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteur

#2056 · created Dec 12, 2016 by Mikaël Salson CLL-2018-septembre LIL-Lille Paris-Pitié bio-AA bio-CLL client client-aligner feature user-request
- CLOSED
- 1
- 13
updated Apr 18, 2019
Visualiser FR1 et autres dans le client

#2135 · created Jan 27, 2017 by Mathieu Giraud Paris-Pitié bio-CLL client-aligner feature
- CLOSED
- 4
updated Apr 08, 2021
Tagguer le IGH D7-27-0/92/0-J1 non recombiné d'une manière particulière

#2232 · created Mar 09, 2017 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 Paris-Pitié bio-analyze-more bio-primers cpp priority-1-low
- CLOSED
- 1
- 5
updated Jan 15, 2021
Avoir un rapport plus générique

#2233 · created Mar 09, 2017 by Mathieu Giraud !-important LIL-Lille PAR-Debré Paris-Pitié bio-control client client-rapport user-request
- 8
updated Sep 17, 2021
Statistiques sur l'ensemble des patients/runs/groupe d'échantillon (vue générique)

#2235 · created Mar 09, 2017 by Mathieu Giraud MON-Monza PAN-Necker Paris-Pitié bio-control dev-dead-code server-qc-stats user-request
- CLOSED
- 16
updated Sep 14, 2018
Faut-il afficher 1000 clones dans le client sur un échantillon ?

#2236 · created Mar 09, 2017 by Mathieu Giraud Paris-Pitié bio-CLL bio-analyze-more client feature
- 9
updated Apr 08, 2019
Titre des samples lors de la comparaison de différentes analyses d'un même fichier (compare samples)

#2241 · created Mar 09, 2017 by Mikaël Salson !-hard Paris-Pitié client-ergonomy server server-compare-last-results
- 2
updated Mar 13, 2017
Fort pourcentage de séquences non assemblées par PEAR

#2242 · created Mar 09, 2017 by Mikaël Salson Paris-Pitié bio-analyze-more server-pre-process
- 4
updated Jan 21, 2019
Avertir lorsque le pourcentage de séquences assemblées est faible

#2243 · created Mar 09, 2017 by Mikaël Salson Paris-Pitié bio-control client-warning server-pre-process
- 3
updated Oct 19, 2018
Affichage de la qualité dans l'aligneur : bikeshedding

#2313 · created Apr 04, 2017 by Mathieu Giraud Web 2021.11 Paris-Pitié bio-control client client-aligner feature repseq-formats
- 8
updated May 05, 2021
stats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un set

#4539 · created Oct 21, 2020 by Mathieu Giraud Web 2021.11 Paris-Pitié feature server-ergonomy server-qc-stats
- 9
updated Mar 26, 2021
Stocker 'color_by' dans les préférences

#4568 · created Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud Web 2021.05 !-easy *-go Paris-Pitié client-color-by
- CLOSED
- 2
updated Apr 14, 2021
Pouvoir associer d'un coup plusieurs samples à un set / créer un nouveau set avec des samples existants

#4569 · created Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud Paris-Pitié server-sample-sets user-request
- 1
updated Dec 11, 2020
Documenter comment travailler sur un format .vidjil

#4570 · created Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud !-easy *-go Paris-Pitié doc repseq-formats
- 0
updated Feb 03, 2021
API / URL serveur : arriver sur une page d'un set

#4571 · created Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud Paris-Pitié server-api server-sample-sets
- 1
updated Mar 29, 2021
Pouvoir cliquer avec le bouton droit sur des liens sample sets

#4572 · created Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud Paris-Pitié client-ergonomy server-sample-sets
- 1
updated Nov 20, 2020
Page principale du serveur : trier les sets par ordre de mise à jour ?

#4573 · created Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud Web 2021.11 Paris-Pitié bio-mrd client-database client-ergonomy
- 6
updated Sep 10, 2021
Accélérer la procédure d'upload des fastq

#4629 · created Jan 11, 2021 by Anne de Septenville Paris-Pitié user-request
- CLOSED
- 1
updated Jan 12, 2021
Identifier le V dans les séquences non mergées

#4723 · created Mar 17, 2021 by Anne de Septenville Paris-Pitié bio-analyze-more patho-LLC user-request
- 4
updated Apr 01, 2021