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  • Open 55
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New issue
  • Priority Created date Last updated Milestone due date Due date Popularity Label priority Manual
  • Donner toute la séquence en acides aminés
    #2140 · opened Jan 30, 2017 by Mikaël Salson   *-go Paris-Pitié bio-AA bio-CLL client client-aligner feature
    • 2
    updated Oct 14, 2020
  • Décalage des informations sous la séquence dans le segmenter
    #1982 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team   *-go Paris-Pitié client client-aligner client-ergonomy priority-2
    • 8
    updated Oct 14, 2020
  • On a moins de 100 clones avec la config MiXCR
    #2520 · opened Jun 08, 2017 by Mikaël Salson   Paris-Pitié repseq-mixcr server-config
    • 0
    updated Jun 08, 2017
  • La représentative couvre mal certains jeux de clones
    #1541 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team   !!-bug Paris-Pitié bio-control cpp-representative dev-robust priority-3-month
    • 3
    updated Dec 11, 2020
  • Export csv de la liste des clones en sortie de l'algo
    #1727 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team   BRU-Bruxelles Paris-Pitié bio-analyze-more client-export com-vw-vidjil-workshop feature priority-3-month repseq-IMGT
    • CLOSED
    • 8
    updated Jun 19, 2020
  • Le FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du J
    #2138 · opened Jan 27, 2017 by Mikaël Salson   Algo 2020.06   !-hard Paris-Pitié bio-capture cpp cpp-dynprog cpp-finesegmenter feature sequencers-Nanopore
    • CLOSED
    • 1
    • 11
    updated Oct 14, 2020
  • My Account : liste des derniers jobs depuis l'interface d'un utilisateur
    #2606 · opened Sep 01, 2017 by Thonier Florian   *-go Paris-Pitié client-database client-menu server server-auth server-ergonomy server-my-account user-request
    • CLOSED
    • 1
    • 7
    updated Nov 18, 2020
  • Pre-process: mettre avant le log la correspondance entre noms serveurs et noms des fichiers dans le log
    #2725 · opened Oct 13, 2017 by Ryan Herbert   #-privacy *-go Paris-Pitié server-pre-process user-request
    • 7
    updated Oct 17, 2017
  • Faire un "compare" sur un seul sample
    #2726 · opened Oct 13, 2017 by Ryan Herbert   +-deploy Paris-Pitié server server-compare-samples server-fuse user-request
    • CLOSED
    • 2
    • 15
    updated Nov 20, 2020
  • Pouvoir sauter depuis un sample à ses groupes patient/run/set
    #2728 · opened Oct 17, 2017 by Thonier Florian   Web 2020.09   *-go Paris-Pitié client client-database feature server-ergonomy server-sample-sets user-request
    • CLOSED
    • 1
    • 9
    updated Jul 28, 2020
  • Vidjil-algo ne trouve pas la correspondance si déletion supérieur à 100nt.
    #2767 · opened Oct 31, 2017 by Thonier Florian   Algo 2017.11   !!-bug #-quality LIL-Lille PAR-Debré Paris-Pitié bio-large-deletion bio-trim cpp cpp-dynprog cpp-finesegmenter data dev-tests dev-tests-curated-vdj repseq-IMGT
    • CLOSED
    • 1
    • 30
    updated Apr 12, 2018
  • Détecter les primers dimers
    #2820 · opened Nov 21, 2017 by Mathieu Giraud   LIL-Immuno PAR-Debré Paris-Pitié bio-control bio-primers client-warning cpp cpp-heuristic user-request
    • 1
    • 9
    updated Jun 18, 2020
  • Coût de segmentation : pas de coût spécifique aux homopolymères par défaut
    #2851 · opened Nov 22, 2017 by Mikaël Salson   Algo 2017.11   *-go NAG-Nagoya PAN-Necker Paris-Pitié cpp cpp-costs cpp-finesegmenter cpp-finesegmenter-D cpp-options sequencers-Ion
    • CLOSED
    • 1
    • 11
    updated Nov 30, 2017
  • "Satellites" et clustérisation
    #2852 · opened Nov 22, 2017 by Mathieu Giraud   !-reflexion Paris-Pitié bio-control
    • 1
    updated Nov 22, 2017
  • Qualité de chaque échantillon dans un run, contrôles (vue spécifique)
    #2875 · opened Nov 22, 2017 by Mikaël Salson   LIL-Lille Paris-Pitié bio-control client-warning server-pre-process server-qc-stats server-sample-sets user-request
    • 12
    updated Sep 14, 2018
  • Exporter l'alignement
    #2876 · opened Nov 22, 2017 by Mathieu Giraud   *-go LIL-Lille Paris-Pitié client-aligner client-export cpp-dynprog
    • CLOSED
    • 1
    • 10
    updated Feb 28, 2019
  • Création batch de plusieurs patients/runs/sets
    #2878 · opened Nov 22, 2017 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié server server-sample-sets user-request
    • CLOSED
    • 15
    updated Oct 21, 2020
  • Upload de plusieurs fichiers .fasta via un .zip / .csv
    #2891 · opened Nov 23, 2017 by Mathieu Giraud   !-hard !-reflexion KIE-Kiel PAR-Debré Paris-Pitié TOU-Toulouse server-database server-upload user-request
    • 7
    updated Jan 12, 2021
  • Clones aux proportions similaires avec des variations mineures de séquences : lequel est le bon ?
    #2907 · opened Nov 29, 2017 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié bio-control client
    • 8
    updated Jun 05, 2018
  • Nombre de répétitions de TAC différent entre Sanger et NGS
    #2908 · opened Nov 29, 2017 by Mathieu Giraud   !!-bug Paris-Pitié cpp-representative
    • 3
    updated Mar 25, 2019
  • Clone manqué avec une grosse délétion (read trop court pour la fenêtre)
    #2910 · opened Nov 29, 2017 by Anne de Septenville   Algo 2017.11   !-important +-deploy Paris-Pitié bio-analyze-more cpp cpp-heuristic
    • CLOSED
    • 8
    updated Apr 10, 2018
  • Clone avec une séquence consensus trop courte, coverage .56
    #2912 · opened Nov 29, 2017 by Anne de Septenville   Paris-Pitié bio-control cpp cpp-representative
    • 2
    updated Nov 29, 2017
  • Grands produits de PCR, pas d'overlap entre R1 et R2, pas de CDR3
    #2914 · opened Nov 29, 2017 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié bio-control
    • 2
    updated Nov 29, 2017
  • Choix du dernier set/run lors de l'import d'un nouvel échantillon
    #2961 · opened Dec 20, 2017 by Anne de Septenville   Paris-Pitié client-autocomplete feature server server-sample-sets
    • CLOSED
    • 5
    updated Dec 20, 2017
  • Auto-complétion au clic avec les derniers set modifiés
    #2963 · opened Dec 20, 2017 by Mikaël Salson   Paris-Pitié client-autocomplete feature server server-sample-sets user-request
    • CLOSED
    • 1
    • 2
    updated Mar 21, 2018
  • Avoir plus d'informations sur PEAR
    #3054 · opened Feb 16, 2018 by Thonier Florian   !-reflexion MON-Monza Paris-Pitié bio-control client client-info feature server-pre-process server-qc-stats user-request
    • CLOSED
    • 1
    • 6
    updated Oct 16, 2018
  • Récupérer les patients à partir d'un run ou d'un set
    #3150 · opened Apr 09, 2018 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié server server-sample-sets user-request
    • CLOSED
    • 2
    updated Mar 25, 2019
  • Plot submenu: une icône .svg disparaît après utilisation
    #3156 · opened Apr 09, 2018 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié client-ugly user-request
    • 2
    updated Aug 09, 2018
  • N'afficher que les nucléotides qui diffèrent quand on aligne les séquences
    #3164 · opened Apr 11, 2018 by Mikaël Salson   Paris-Pitié client-aligner client-ergonomy server-cgi user-request
    • 0
    updated Oct 14, 2020
  • Modification d'un sample avec un pre-process
    #3258 · opened Jun 06, 2018 by Anne de Septenville   !!-bug Paris-Pitié server-pre-process server-task.py user-request
    • CLOSED
    • 5
    updated Jul 27, 2018
  • Absence de reads lors d'une comparaison de 2 échantillons
    #3410 · opened Jul 20, 2018 by Anne de Septenville   Paris-Pitié server-compare-samples
    • 7
    updated Jul 20, 2018
  • Améliorer l'ergonomie de l'auto-completion
    #3420 · opened Jul 27, 2018 by Anne de Septenville   Paris-Pitié client-autocomplete client-ergonomy
    • 3
    updated Mar 25, 2019
  • Numerotation samples lors de l'ajout
    #3491 · opened Sep 28, 2018 by Anne de Septenville   !!-bug Paris-Pitié server-sample-sets
    • CLOSED
    • 1
    • 4
    updated Oct 01, 2018
  • qc-stats (via le serveur) : vérification et mise en prod
    #3496 · opened Oct 02, 2018 by Mathieu Giraud   Web 2020.12   Oct 20, 2020   Paris-Pitié next-audio server-qc-stats user-request
    • CLOSED
    • 1
    • 21
    updated Dec 03, 2020
  • Export CSV de stats / qualité
    #3539 · opened Oct 09, 2018 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié server-qc-stats user-request
    • 0
    updated Oct 09, 2018
  • Option to keep only productive recombinations
    #3747 · opened Feb 26, 2019 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié THE-Thessaloniki bio-AA
    • 0
    updated Feb 26, 2019
  • Read merger: INAB tool ?
    #3749 · opened Feb 26, 2019 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié THE-Thessaloniki server-pre-process
    • 0
    updated Feb 26, 2019
  • Affichage du lien vers l'analyse d'un sample réassocié à un patient/run/set
    #3753 · opened Feb 28, 2019 by Anne de Septenville   Paris-Pitié server server-ergonomy server-sample-sets
    • 5
    updated Mar 11, 2019
  • SampleReads : échantillon aléatoire des reads.
    #3764 · opened Feb 28, 2019 by Mikaël Salson   !-reflexion *-go Paris-Pitié cpp cpp-representative
    • CLOSED
    • 1
    • 6
    updated Jul 28, 2020
  • Erreur client sur une séquence particulière
    #3817 · opened Mar 18, 2019 by Mikaël Salson   !!-bug Paris-Pitié client client-aligner
    • 0
    updated Mar 18, 2019
  • Avoir une bouton pour lancer une analyse sur tous les samples
    #3827 · opened Mar 19, 2019 by Thonier Florian   Paris-Pitié feature server server-ergonomy server-sample-sets
    • 1
    • 3
    updated Nov 20, 2020
  • --no-windows, --no-vidjil, --no-airr ?
    #3861 · opened Mar 22, 2019 by Mathieu Giraud   !-easy Paris-Pitié cpp cpp-export cpp-options
    • CLOSED
    • 1
    • 10
    updated Jul 28, 2020
  • Analyse FAILED avec un résultat
    #3862 · opened Mar 22, 2019 by Anne de Septenville   !!-bug Paris-Pitié server server-fuse server-task.py
    • 6
    updated Mar 25, 2019
  • "to CloneDB" fait disparaître l'affichage dans le panneau supérieur
    #3888 · opened Apr 02, 2019 by Anne de Septenville   !!-bug *-go Paris-Pitié app-clonedb client client-bar
    • 1
    • 10
    updated Jun 09, 2020
  • Actualiser régulièrement la CloneDB
    #3889 · opened Apr 02, 2019 by Anne de Septenville   Paris-Pitié app-clonedb user-request
    • 6
    updated Dec 13, 2019
  • Genescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le client : fuse.py / distributions
    #3902 · opened Apr 08, 2019 by Mathieu Giraud   !-reflexion PAN-Necker Paris-Pitié client-bar client-virtual-clone ec-ngs next-audio user-request
    • CLOSED
    • 1
    • 15
    updated Apr 23, 2020
  • fuse.py: quelle séquence conserver ? plus grande, meilleur top, plus de reads ?
    #3970 · opened Aug 20, 2019 by Thonier Florian   !-reflexion Lausanne Paris-Pitié cpp-representative feature server-fuse
    • 18
    updated Dec 11, 2020
  • Afficher les index de diversité dans le client
    #4038 · opened Nov 06, 2019 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié bio-diversity client-graph math-stats user-request
    • 5
    updated Nov 27, 2019
  • Couleur par nombre de samples
    #4066 · opened Nov 26, 2019 by Mikaël Salson   Paris-Pitié bio-control client client-axis client-color-by client-ergonomy user-request
    • 1
    updated Dec 10, 2019
  • Ajout d'un même set/run sur plusieurs samples déjà importés
    #4169 · opened Jan 31, 2020 by Anne de Septenville   Paris-Pitié server-ergonomy server-sample-sets user-request
    • 0
    updated Feb 03, 2020
  • API : script d'exemple
    #4207 · opened Mar 03, 2020 by Mathieu Giraud   Web 2021.03   Feb 2, 2021   Paris-Pitié dev-tests doc server-api
    • 5
    updated Jan 15, 2021
  • Impossible de relancer une analyse effectuée
    #4252 · opened Apr 21, 2020 by Anne de Septenville   !!-bug Paris-Pitié server server-task.py user-request
    • CLOSED
    • 1
    • 2
    updated Apr 21, 2020
  • Problème détection d'un 2e D trop court
    #4267 · opened Apr 28, 2020 by Anne de Septenville   Paris-Pitié bio-e-value cpp cpp-finesegmenter-D user-request
    • 10
    updated Jun 23, 2020
  • Erreur productivité - séquence commençant loin avant le début du V
    #4292 · opened May 18, 2020 by Anne de Septenville   Paris-Pitié bio-productivity cpp cpp-finesegmenter user-request
    • 5
    updated May 28, 2020
  • Séquence consensus incomplète analyse comparée
    #4427 · opened Jul 28, 2020 by Anne de Septenville   Paris-Pitié cpp cpp-representative server-fuse
    • 2
    updated Jul 29, 2020
  • -w all, pour une autre configuration 'clonality' très stricte, sur toute la séquence
    #1642 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team   Algo 2017.03   PAN-Necker Paris-Pitié bio-CLL cpp cpp-options feature priority-2
    • CLOSED
    • 4
    updated Apr 15, 2020
  • `-y all`: on devrait avoir les séquences consensus dans `.vdj.fa`
    #2239 · opened Mar 09, 2017 by Mathieu Giraud   Algo 2017.03   !!-bug +-deploy Paris-Pitié cpp repseq-formats
    • CLOSED
    • 2
    updated Mar 29, 2017
  • Exporter des rapports pour de nombreux patients
    #4499 · opened Sep 29, 2020 by Mikaël Salson   Paris-Pitié client client-export client-rapport patho-LLC server-qc-stats
    • 2
    updated Oct 21, 2020
  • Exporter un .fastq pour la représentative / qualité pour la consensus (ensemble de la séquence)
    #1148 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team   !-hard !-reflexion Paris-Pitié com-vw-vidjil-workshop cpp cpp-export cpp-representative feature priority-2
    • 4
    updated Mar 20, 2019
  • Upload de plusieurs fichiers via des formulaires web
    #1362 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team   Web 2018.01   !-hard !-important !-reflexion BRI-Bristol BRU-Bruxelles KIE-Kiel LYON-Sarah MON-Monza PAN-Necker PAR-Debré PRA-Prague Paris-Pitié TOU-Toulouse feature priority-2 server-database server-upload user-request
    • CLOSED
    • 1
    • 35
    updated Mar 21, 2018
  • Récupérer les reads d'un clone
    #1469 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team   Mar 6, 2019   Paris-Pitié bio-control client com-vw-vidjil-workshop cpp feature priority-3-month server user-request
    • CLOSED
    • 2
    • 8
    updated Sep 18, 2019
  • Splitter un clone / ré-analyser un sous-ensemble de reads
    #1567 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team   !-reflexion Paris-Pitié REN-Rennes bio-control cpp cpp-cluster cpp-representative
    • 4
    updated Mar 08, 2019
  • Replicats pour gommer des erreurs de PCR/séquençage
    #1638 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team   old_tracker Paris-Pitié bio-control feature priority-2
    • 1
    updated Jul 30, 2020
  • Contrôle de la contamination sur un run
    #1744 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team   LIL-Lille MON-Monza PAN-Necker Paris-Pitié bio-control client feature priority-3-month server-qc-stats user-request
    • 22
    updated Dec 11, 2020
  • Sortir la séquence consensus complète en donnant un histogramme de la représentativité (à la JalView)
    #1972 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team   old_tracker !-reflexion Paris-Pitié cpp-representative feature priority-2
    • 0
    updated Jun 25, 2018
  • Afficher les mutations synonymes/silencieuses dans le segmenteur
    #2056 · opened Dec 12, 2016 by Mikaël Salson   CLL-2018-septembre   LIL-Lille Paris-Pitié bio-AA bio-CLL client client-aligner feature user-request
    • CLOSED
    • 1
    • 13
    updated Apr 18, 2019
  • Visualiser FR1 et autres dans le client
    #2135 · opened Jan 27, 2017 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié bio-CLL client-aligner feature
    • 3
    updated Nov 11, 2020
  • Tagguer le IGH D7-27-0/92/0-J1 non recombiné d'une manière particulière
    #2232 · opened Mar 09, 2017 by Mathieu Giraud   Algo 2018.08   Paris-Pitié bio-analyze-more bio-primers cpp priority-1-low
    • CLOSED
    • 1
    • 5
    updated Jan 15, 2021
  • Avoir un rapport plus générique
    #2233 · opened Mar 09, 2017 by Mathieu Giraud   !-important LIL-Lille PAR-Debré Paris-Pitié bio-control client client-rapport user-request
    • 8
    updated Dec 11, 2020
  • Statistiques sur l'ensemble des patients/runs/groupe d'échantillon (vue générique)
    #2235 · opened Mar 09, 2017 by Mathieu Giraud   MON-Monza PAN-Necker Paris-Pitié bio-control dev-dead-code server-qc-stats user-request
    • CLOSED
    • 16
    updated Sep 14, 2018
  • Faut-il afficher 1000 clones dans le client sur un échantillon ?
    #2236 · opened Mar 09, 2017 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié bio-CLL bio-analyze-more client feature
    • 9
    updated Apr 08, 2019
  • Titre des samples lors de la comparaison de différentes analyses d'un même fichier (compare samples)
    #2241 · opened Mar 09, 2017 by Mikaël Salson   !-hard Paris-Pitié client-ergonomy server server-compare-last-results
    • 2
    updated Mar 13, 2017
  • Fort pourcentage de séquences non assemblées par PEAR
    #2242 · opened Mar 09, 2017 by Mikaël Salson   Paris-Pitié bio-analyze-more server-pre-process
    • 4
    updated Jan 21, 2019
  • Avertir lorsque le pourcentage de séquences assemblées est faible
    #2243 · opened Mar 09, 2017 by Mikaël Salson   Paris-Pitié bio-control client-warning server-pre-process
    • 3
    updated Oct 19, 2018
  • Affichage de la qualité dans l'aligneur
    #2313 · opened Apr 04, 2017 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié bio-control client client-aligner feature repseq-formats
    • 6
    updated Oct 14, 2020
  • Afficher un échantillon sans l'impact des autres échantillons
    #2442 · opened May 15, 2017 by Mathieu Giraud   !-reflexion Amiens-Nordine LIL-Lille Paris-Pitié bio-control client server-fuse user-request
    • 21
    updated Dec 11, 2020
  • stats-qc : Pouvoir afficher d'un coup tous les échantillons d'un set
    #4539 · opened Oct 21, 2020 by Mathieu Giraud   Web 2021.03   Paris-Pitié feature server-ergonomy server-qc-stats
    • 8
    updated Dec 02, 2020
  • Stocker 'color_by' dans les préférences
    #4568 · opened Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud   !-easy *-go Paris-Pitié client-color-by
    • 1
    updated Jan 06, 2021
  • Pouvoir associer d'un coup plusieurs samples à un set / créer un nouveau set avec des samples existants
    #4569 · opened Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié server-sample-sets user-request
    • 1
    updated Dec 11, 2020
  • Documenter comment travailler sur un format .vidjil
    #4570 · opened Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud   !-easy *-go Paris-Pitié doc repseq-formats
    • 0
    updated Nov 20, 2020
  • API / URL serveur : arriver sur une page d'un set
    #4571 · opened Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié server-api server-sample-sets
    • 0
    updated Nov 20, 2020
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    #4572 · opened Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié client-ergonomy server-sample-sets
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    updated Nov 20, 2020
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    #4573 · opened Nov 20, 2020 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié bio-mrd client-database client-ergonomy
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  • Accélérer la procédure d'upload des fastq
    #4629 · opened Jan 11, 2021 by Anne de Septenville   Paris-Pitié user-request
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