Accepter à la fois -V/-D/-J et -g (et --align) et les prendre en compte
./vidjil-algo -g germline/homo-sapiens.g -V toto.fa -J titi.fa demo/Demo-X5.fa
ne provoque pas d'erreur (même si toto.fa
n'existe pas) mais ignore le -V
car il y a un -g
.
Plutôt que de rajouter des erreurs, cela devrait être pris en compte de manière cumulative (de la même manière qu'on accepte plusieurs -g
). On en parlait presque il y a 5+ ans dans #1137 (closed) :)