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Mise à jour terminée. Pour connaître les apports de la version 13.8.4 par rapport à notre ancienne version vous pouvez lire les "Release Notes" suivantes :
https://about.gitlab.com/releases/2021/02/11/security-release-gitlab-13-8-4-released/
https://about.gitlab.com/releases/2021/02/05/gitlab-13-8-3-released/

  • vidjil
  • vidjilvidjil
  • Issues
  • #3944

Closed
Open
Opened Jun 27, 2019 by Thonier Florian@flothoniMaintainer

Pouvoir calculer des distributions

Celles-ci doivent être compatibles avec stats. Le calcul se fait depuis fuse.py.

Ajout de 2 options:

  • -d; calcul les distributions et les incluts dans le fichier vidjil sous l'entrée distributions
  • -D; génère un fichier json avec uniquement les distributions, compatible directement avec stats (lorsqu'il pourra ouvrir un fichier fournit par l'utilisateur)

Voici la liste actuelle, pour l'instant croisée pour faire toutes les combinaisons possibles. Il faudra, vu la taille et le temps de calcul, probablement évincer celles qui n'ont que peu d'intérêts.

LIST_AXES = ["germline",
  "seg5", "seg4", "seg3",
  "lenSeqConsensus", "lenSeqAverage", "GCContent", "coverage",
  "rearangment", "complete",
  "lenSeq", 
  "seg5_delRight", "seg3_delLeft", "seg4_delRight", "seg3_delLeft",
  "insert_53", "insert_54", "insert_43",
  "lenCDR3",   
  "productive", 
  #"junction_start", "junction_stop",
  # "evalue", l'arrondir ?
  # "top", # "name"
  #"seg5_stop", "seg3_start", "seg4_stop", "seg4_start",
  # nbSamples,
  # "cdr3_stop", "cdr3_start", 
]

Testé sur un ensemble de 30 fichiers --all (env 30k clones en moyenne):

  • génère un fichier de 2,3Go
  • Dure 35 minutes
  • chaque ajout dans la liste des axes multiplie par 2 le nombre de sortie calculées.
Edited Jun 27, 2019 by Thonier Florian
To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
None
Milestone
None
Assign milestone
Time tracking
None
Due date
None
Reference: vidjil/vidjil#3944