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Objets 'Output', où mettre la préparation complète du json_clone ?
@mikael-s, à propos de cecaed9c, dans !242 (comment 104775) :
Ne pourrait-on pas le mettre ailleurs ? J'aimerais vraiment que le moins de traitement possible soit fait dans
vidjil.cpp. Faisable danssegment.cpp?On pourrait aussi avoir un tableau constant qui décrive la recombinaison (dans
segment.cppn'a-t-on pas accès à la valeur de N ?), ce qui permettrait aussi d'en ajouter facilement.Et si on pousse le truc un peu : ces séquences spéciales pourrait même être décrites dans le json du germline.
La même question pourrait se poser pour W51, W53... et d'autres choses qui sont faits sur json_clone. Idéalement
tout devrait être dans segment.cpp ou ailleurs, à voir si c'est faisable car beaucoup de choses dépendent de où on en est par rapport aux options -x/-y/-z et autres.