Objets 'Output', où mettre la préparation complète du json_clone ?

@mikael-s, à propos de cecaed9c, dans !242 (comment 104775) :

Ne pourrait-on pas le mettre ailleurs ? J'aimerais vraiment que le moins de traitement possible soit fait dans vidjil.cpp. Faisable dans segment.cpp ?

On pourrait aussi avoir un tableau constant qui décrive la recombinaison (dans segment.cpp n'a-t-on pas accès à la valeur de N ?), ce qui permettrait aussi d'en ajouter facilement.

Et si on pousse le truc un peu : ces séquences spéciales pourrait même être décrites dans le json du germline.

La même question pourrait se poser pour W51, W53... et d'autres choses qui sont faits sur json_clone. Idéalement tout devrait être dans segment.cpp ou ailleurs, à voir si c'est faisable car beaucoup de choses dépendent de où on en est par rapport aux options -x/-y/-z et autres.