Pouvoir débugger le filtrage, décompte de k-mers
comment obtiens-tu cette sortie ? Si ce n'est pas déjà le cas, peux-tu mettre le code entre
#ifdefpour qu'on puisse avoir cette information facilement en débuggant ?
@boreec, dans #3344 (comment 103586):
Je regarde le n°ascii affiché pour chaque label dans buildACAutomatonToFilterBioReader
Exemple de sortie:
insert ascii n°65 for sequence: IGKV3D-15*03Puis j'affiche le contenu du set trié et je regarde à la main la valeur obtenue pour le nombre ascii qui m'intéresse.
label n°65 appears 8 times.Pour résumer je lance vidjil avec un grep sur "IGHV4-31", je regarde son n° ascii (89) et je relance un grep sur vidjil pour obtenir le nombre d'occurences pour ce n°ascii.
Je ne vois pas de manière simple d'afficher combien de fois les K-mers d'un gène apparaissent sans réécrire partiellement buildACAutomatonToFilterBioReader dans un #ifdef.
Est-ce souhaitable que je le fasse néanmoins ?