Mettre les séquences downstream des J dans les germlines ? (#3008) · Issues · vidjil / vidjil

Mettre les séquences downstream des J dans les germlines ?

Remonté par V.C. (PAR-Debré), mail du 2018/01/24

Pour ce patient : http://app.vidjil.org/index.html?set=26099&config=25 on manque la séquence principale en TRG.

Voici l'analyse de base

  TRG               ->      935   236.7        152   0.163
  UNSEG only V/5'   ->    34235   223.2

Il se trouve que le J (TRGJ2*01) est fortement grignoté (il n'en reste que 11nt, la graine s'étend sur 11 nucléotides…).

Si je mets les fichiers J_downstream dans les germlines, on trouve le clone sans problème :

  TRG               ->    31674   222.2        391   0.012
  UNSEG only V/5'   ->     3266   237.6

Ajouter les J downstream dans les germlines permettrait peut-être d'améliorer la situation pour #1971. Est-ce que cela pourrait avoir des effets indésirables ? %Algo 2017.11 ou %"Algo 2018.03" ?

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