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Prise en compte de la central région pour la p-valeur : mauvaise idée pour choix du meilleur locus

Sur l'exemple ci-dessous (IgJC/IgVC souris,), c'est le IgVC qui devrait moralement passer : le V est beaucoup plus beau (1e-110) que le J (1e-38). Mais le fait d'avoir pris la "central region" pour la e-valeur (2e23e720) donne finalement une plus mauvaise e-valeur pour le segment droit (C) et finalement pour IgVC.

Je suis prêt à parier qu'on retrouve la même chose sur certains DhJh / VDJ IGH humain.

>6
ACATTTGGGAAGGACTGACTCTCTGAGGAGACGGTGACCGTGGTCCCTGTGCCCCAGACATCGAAGTACCACCGTAATCCCCTCCTTCGAGCACAGTAGTATGTGGCAGTATCTGCAGTGTCCACACTGGTGATCTTGAGGAATACCTGGTTTCTGGAGGTATCCTTGGAGATTGTGAGCCGGCTCTTCAGGGATGGGTTATAGCGCTTGTCATCATCCCAGTAAATGTGTGCCAGCCACTCCAGACCCTTTCCTGAAGGCTGACGAATCCAGCTCACACCCATACCAGAAGTGCTCAGTGAAAACCCAGAGAAAGAACAAGTCAGACTGAGGGTCTGGGAGGACTGCAATATCCCAGGGCCAGACTCTTTCAGAGTAACCTGGGACAGGACATATGCAGGGACAATCAGCAGCAGGAATGAGGAAGTA
#  32 - VJ      0 405 407 428    seed IgJC SEG_- 9.531439e-38 7.491827e-38/2.039612e-38-c-c-c-c-c-c-c-c-c-c-c _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-C-C-C-C _ _ _ _-C-C-C-C-C-C-C _ _ _ _ _ _-C _ _ _ _ _ _-C-C-C-C-C-C-C-C-C _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ (...)
#  81 - VJ      0 339 406 428    seed IgVC SEG_- 2.634030e-23 2.634030e-23/3.652017e-110-c-c-c-c-c-c-c-c-c-c-c _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-Q-Q-Q-Q _ _ _ _-Q-Q-Q-Q-Q-Q-Q _ _ _ _ _ _-Q _ _ _ _ _ _-Q-Q-Q-Q-Q-Q-Q-Q-Q _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C _ _ _ _ _ _-C _ _ _ _ _ _-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-C-C-C-C-C-C-C-C-C-C _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _  _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _  (...)
#>6 - VJ        0 405 407 428    seed IgJC SEG_- 9.531439e-38 7.491827e-38/2.039612e-38

Que faire ? Arrêter la central région si on rencontre un k-mer "4" ? plusieurs k-mers "4" ?

Pas sûr de comprendre le problème. N'est-il pas censé y avoir une région centrale aussi ? Pourquoi y a-t-il trois types d'affectation dans la séquence du bas (-c, -Q, -C) ?

En bas, c'est 5=V=-C, 4=J=-Q, 3=isotypes=-c. Ne pas oublier que les k-mers 4 sont dans l'index.

Mais bon, reformulation plus simple : le problème est le choix entre VDJ et DJ :

VVVVVV-------DDDDDD-------JJJJJJJ    donc 33333(-----44444-----)5555
             DDDDDD-------JJJJJJJ    donc           33333(-----)5555

La zone centrale, entre parenthèses, est plus grande en haut qu'en bas, d'où une moins bonne e-valeur pour la région J en haut par rapport à en bas.

test 69ea8e6f

ping

Choses en cours dans hotfix_evalue_incomplete_germline

Voir aussi aho et xxx (pénalité qui était implicite avant) ?

À voir d'ici 2016.09

Il y a eu le hack pour 2016.09. À revoir tranquillement pour la prochaine release

Edited by Mathieu Giraud
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