Skip to content
GitLab
Projects Groups Topics Snippets
  • /
  • Help
    • Help
    • Support
    • Community forum
    • Submit feedback
    • Contribute to GitLab
  • Sign in
  • vidjil vidjil
  • Project information
    • Project information
    • Activity
    • Labels
    • Members
  • Repository
    • Repository
    • Files
    • Commits
    • Branches
    • Tags
    • Contributor statistics
    • Graph
    • Compare revisions
  • Issues 1.7k
    • Issues 1.7k
    • List
    • Boards
    • Service Desk
    • Milestones
  • Merge requests 115
    • Merge requests 115
  • CI/CD
    • CI/CD
    • Pipelines
    • Jobs
    • Schedules
  • Deployments
    • Deployments
    • Environments
    • Releases
  • Packages and registries
    • Packages and registries
    • Container Registry
  • Monitor
    • Monitor
    • Incidents
  • Analytics
    • Analytics
    • Value stream
    • CI/CD
    • Repository
  • Snippets
    • Snippets
  • Activity
  • Graph
  • Create a new issue
  • Jobs
  • Commits
  • Issue Boards
Collapse sidebar
  • vidjilvidjil
  • vidjilvidjil
  • Issues
  • #1801
Closed
Open
Issue created Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

CD et autres choses utiles pour l'immuno en RNA-Seq

(splité depuis "Classes des Ig en RNA-Seq" #2261 (closed) ?)

On ne va pas devenir un outil générique de mapping...

... néanmoins, est-ce que cela ne vaudrait pas le coup de détecter qui pourraient arriver en RNA-Seq ? (voire en capture, cela dépend du protocole)

Par exemple au moins les CD3, CD4, CD8, CD19, CD45RA/CD45RO... ou d'autres...


Cela est fortement tentant d'avoir une méthode de segmentation qui fait... uniquement du mapping sur des gènes connus #1724 (closed). Hum, c'est interdit par la doxa de Vidjil (recombinaisons)... mais l'intérêt serait toujours de suivre des populations et des ratios (par exemple, un pseudo-germline avec tous les CDx, et les ratios seraient intéressants).

Edited Sep 17, 2017 by Mathieu Giraud
To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
Time tracking