Issues · vidjil / vidjil

New issue

Séquences germinales non définies

#2384 · opened Apr 21, 2017 by aurelBZH !!-bug *-go bio-germlines client
- 4
updated Aug 30, 2017
Sélection de texte par le navigateur lors d'une sélection multiple avec Ctrl

#2382 · opened Apr 18, 2017 by Téo Vasseur !!-bug *-go client-cloneList client-ergonomy client-keyboard client-ugly
- 2
updated May 22, 2017
Supprimer les fichiers fused si aucun résultat n'existe plus avec cette config

#2486 · opened May 23, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go server server-fuse
- 0
updated Jul 12, 2018
app/analyze: mauvais affichage lorsqu'il n'y a que des séquences non segmentées

#2283 · opened Mar 22, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug *-go app-analyze priority-1-low
- 2
updated May 22, 2017
Killer les processus en timeout

#2213 · opened Mar 02, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go server server-task.py
- 5
updated Mar 28, 2018
Faire fonctionner segmenter.py lorsqu'il reçoit un fichier

#2071 · opened Dec 15, 2016 by Mikaël Salson !!-bug *-go app-analyze
- 0
updated May 22, 2017
Notifications zombies

#1791 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !!-bug *-go client-notifications priority-3-month server
- 2
updated Nov 09, 2017
Des e-valeurs sont supérieures à 1

#1607 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !!-bug *-go bio-e-value client cpp-heuristic priority-1-low
- 0
updated May 22, 2017
Plot submenu: pas lisible sous Safari

#1374 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !!-bug *-go client-grid priority-2
- 0
updated Nov 21, 2017
Erreur JS avec l'axe 'clone average read length' dans la liste

#2503 · opened May 30, 2017 by Téo Vasseur !!-bug *-go client client-axis client-cloneList
- 3
updated May 30, 2017
Vh pas trouvé, uniquement Dh-Jh

#2508 · opened Jun 01, 2017 by Mathieu Giraud Algo -- Important !!-bug LIL-Lille bio-e-value cpp cpp-heuristic user-request
- 3
updated Jun 27, 2018
Le lien logout ne redirige pas correctement

#2477 · opened May 22, 2017 by Mikaël Salson Web 2018.01 !!-bug +-merge dev-dead-code server
- 1
- 17
updated Oct 18, 2019
Nom de clone renommé invisible dans la liste

#2539 · opened Jun 22, 2017 by Téo Vasseur !!-bug client client-cloneList
- 1
updated Jul 05, 2017
L'infobox peut être trop large en mode utilisateur

#2541 · opened Jun 28, 2017 by Mikaël Salson Web 2018.01 !!-bug client client-ergonomy client-info client-ugly
- 1
updated Nov 29, 2017
Clones qui n'apparaissent pas dans un compare samples

#2542 · opened Jun 28, 2017 by Mikaël Salson !!-bug KIE-Kiel server-compare-samples
- 2
updated Jun 28, 2017
Il manque le premier et dernier axe dans le mod_bar (notament le preset 4)

#2548 · opened Jun 30, 2017 by Thonier Florian !!-bug client client-axis client-bar
- 6
updated Aug 14, 2018
Moteur physique : on peut bloquer un petit clone derrière un ensemble de gros clones

#2113 · opened Jan 18, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug client client-grid
- 2
updated Jul 05, 2017
Graîne pour xxx

#1915 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !!-bug bio-germlines-pseudo cpp-heuristic priority-3-month
- 0
updated Jul 05, 2017
Surveiller périodiquement les erreurs / tickets sur le serveur + nettoyer

#1647 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team Dec 13, 2016 !!-bug priority-3-month server server-hosting ⟳-recurring-issue
- 2
updated Jul 05, 2017
.segEdited dans model_loader:442

#1645 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !!-bug client priority-2
- 0
updated Jul 05, 2017
Revoir la liste dans germline.js

#1609 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !!-bug bio-germlines priority-2
- 0
updated Jul 05, 2017
test.data : faire un nouveau fichier

#1164 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team old_tracker !!-bug client data dev-tests priority-2
- 0
updated Jul 05, 2017
La représentative couvre mal certains jeux de clones

#1541 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !!-bug Paris-Pitié bio-control cpp-representative dev-robust priority-3-month
- 2
updated Jul 20, 2018
Plus de détéction des VD(D)J

#2298 · opened Mar 30, 2017 by Thonier Florian Algo -- Important !!-bug cpp cpp-finesegmenter-D
- 8
updated Oct 25, 2018
Le FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du J

#2138 · opened Jan 27, 2017 by Mikaël Salson !!-bug !-hard Paris-Pitié bio-capture cpp cpp-dynprog cpp-finesegmenter sequencers-Nanopore
- 5
updated May 22, 2019
Configuration trop stringeante sur la recherche du D

#2002 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !!-bug LIL-Lille PAN-Necker bio-e-value cpp-costs cpp-finesegmenter cpp-finesegmenter-D priority-3-month user-request
- 5
updated Nov 23, 2019
Une erreur serveur se produit lorsqu'on essaye d'ajouter un dossier depuis le network

#2577 · opened Aug 23, 2017 by Ryan Herbert !!-bug *-go server
- 0
updated Aug 23, 2017
Supprimer un fichier sans results ne doit pas proposer de conserver les résults

#2578 · opened Aug 23, 2017 by Ryan Herbert !!-bug *-go server
- 0
updated Jan 10, 2019
Supprimer un process ne supprime pas le scheduler_task associé

#2579 · opened Aug 23, 2017 by Ryan Herbert !!-bug !-reflexion server server-task.py
- 0
updated Aug 23, 2017
Filtre à zéro à l'ouverture

#2583 · opened Aug 23, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug client
- 2
updated Sep 01, 2017
[Aho] Meilleure e-valeur avec xxx qu'avec une recombinaison classique

#2596 · opened Aug 28, 2017 by Mikaël Salson Heuristique 2.0 !!-bug +-working bio-e-value cpp-aho cpp-heuristic
- 6
updated Mar 06, 2019
.vidjil file list provoque une erreur serveur

#2617 · opened Sep 08, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go server
- 1
updated Sep 08, 2017
Timeout au moment du chargement de la page principale

#2623 · opened Sep 12, 2017 by Mikaël Salson Web 2018.01 !!-bug *-go client server-ergonomy
- 2
updated Jul 04, 2019
Le preset 3 ne met pas correctement l'axe y

#2633 · opened Sep 12, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug client client-grid
- 1
updated Sep 13, 2017
Erreurs dans rattus-norvegicus/IG*_{up,down}stream.fa

#2646 · opened Sep 17, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug !-important *-go bio-germlines
- 0
updated Sep 17, 2017
Erreur Access-Control-Allow-Origin dans le lien "set permission"

#2649 · opened Sep 19, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug server-auth server-groups
- 4
updated Sep 19, 2017
pear : resultat afficher en success malgré un fail.

#2677 · opened Sep 28, 2017 by Thonier Florian !!-bug com com-first-time-user server server-pre-process
- 5
updated Sep 29, 2017
liste déroulante vide si dépassement de la selection 15

#2693 · opened Oct 06, 2017 by Thonier Florian !!-bug client client-graph
- 0
updated Oct 06, 2017
Supprimer l'association d'un sample à un patient fait une server error

#2719 · opened Oct 12, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug server
- 4
updated Oct 16, 2017
fuse avec un fichier inexistant (deleted)

#2736 · opened Oct 19, 2017 by Thonier Florian !!-bug server server-database server-fuse server-sample-sets
- 2
updated Nov 16, 2017
Passer avec la souris sur les séquences du segmenteur supprime la vue des mutations

#2743 · opened Oct 20, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug LIL-Lille client client-segmenter user-request
- 3
updated Mar 19, 2019
L'option -! ne fonctionne pas avec des shell courants

#2748 · opened Oct 23, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go cpp cpp-options dev-robust
- 2
updated Dec 08, 2017
Message d'alerte non diffusé vers https

#2752 · opened Oct 24, 2017 by Thonier Florian !!-bug client client-ergonomy server server-config
- 3
updated Oct 24, 2017
Décalage dans les login de connexion

#2773 · opened Nov 10, 2017 by Thonier Florian !!-bug client server
- 3
updated Nov 23, 2017
tsne.js prend un peu de temps

#2786 · opened Nov 15, 2017 by Thonier Florian !!-bug client
- 2
updated Nov 17, 2017
plot by similarity and locus se comporte etrangement lorqu'il n'y a qu'un seul clone

#2787 · opened Nov 15, 2017 by Thonier Florian !!-bug client client-api client-graph
- 2
updated Nov 15, 2017
Les axes ne devraient pas toujours mettre les 'undefined' à la valeur max

#2788 · opened Nov 15, 2017 by Thonier Florian !!-bug !-important client client-axis client-graph
- 6
updated Nov 15, 2017
Export SVG (plot) est incorrect en multi-locus sur une vue par locus

#2817 · opened Nov 20, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go client client-export
- 3
updated Jul 05, 2018
La select box des axes n'affiche pas toujours la bonne valeur

#2821 · opened Nov 21, 2017 by Ryan Herbert !!-bug client client-axis
- 0
updated Nov 21, 2017
Coût du FineSegmenter : est-on trop généreux avec les mismatches ?

#2825 · opened Nov 21, 2017 by Mikaël Salson Algo -- Important !!-bug !-important BRU-Bruxelles PAR-Debré cpp-costs cpp-finesegmenter dev-tests-should-get
- 3
updated Jun 26, 2018
bug lors des click sur les locus pour les switcher

#2831 · opened Nov 21, 2017 by Thonier Florian !!-bug LIL-Lille client client-menu
- 2
updated Jan 10, 2019
le graph timeline ne se remplit plus si on switch les locus

#2832 · opened Nov 21, 2017 by Thonier Florian !!-bug LIL-Lille client client-graph client-menu
- 4
updated Jan 10, 2019
Barre de défilement dans le segmenteur sous Safari

#2835 · opened Nov 21, 2017 by aurelBZH !!-bug client-segmenter
- 2
updated Nov 22, 2017
cluster par v/5' et j/3' ne marche qu'en partie

#2841 · opened Nov 21, 2017 by aurelBZH !!-bug client client-menu
- 4
updated Nov 22, 2017
le color by reste sur la dernière valeur selectionnée lors d'un reload de la page (mais ne l'applique pas)

#2842 · opened Nov 21, 2017 by Thonier Florian !!-bug !-reflexion client client-menu
- 1
updated Nov 29, 2017
Le cluster par V ne marche pas

#2846 · opened Nov 21, 2017 by Thonier Florian !!-bug client client-menu client-virtual-clone
- 1
updated Nov 21, 2017
Configs qui apparaissent en double (dans les résultats)

#1988 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !!-bug server-config server-hosting
- 4
updated Mar 19, 2019
Un pre-process en timeout apparaît toujours running

#1989 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !!-bug priority-2 server server-ergonomy server-pre-process
- 2
updated Feb 28, 2019
Changement de désignation d'un clone et nom du clone

#2885 · opened Nov 23, 2017 by Tatiana Rocher !!-bug client-cloneList client-rapport client-segmenter
- 2
updated Nov 23, 2017
Erreur sur FloatAxis.getLabelText()

#2890 · opened Nov 23, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug client client-axis
- 1
updated Nov 23, 2017
Erreur serveur à la suppression de sample sets

#2893 · opened Nov 23, 2017 by Mikaël Salson !!-bug MON-Monza PAN-Necker REN-Rennes server server-sample-sets
- 3
updated Sep 24, 2018
Normalisation : dans le menu settings le choix actuel n'est pas sélectionné

#2897 · opened Nov 24, 2017 by Mikaël Salson prod-client-next !!-bug *-go client client-menu client-normalization
- 0
updated Nov 29, 2017
Dynprog : Une mauvaise résolution de l'overlap conserve une erreur en fin de gène

#2904 · opened Nov 27, 2017 by Mikaël Salson !!-bug cpp-dynprog
- 2
updated Jun 28, 2018
Nombre de répétitions de TAC différent entre Sanger et NGS

#2908 · opened Nov 29, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug Paris-Pitié cpp-representative
- 3
updated Mar 25, 2019
Rapport monitor et NORM_EXTERNAL

#2944 · opened Dec 08, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go client-export client-normalization client-rapport dev-tests
- 2
updated Jun 20, 2019
Séquence non analysée avec la présence du gène constant

#2964 · opened Dec 20, 2017 by Anne de Septenville Algo -- Important !!-bug !-reflexion bio-analyze-more bio-rnaseq cpp cpp-heuristic
- 9
updated Nov 27, 2019
Clone chimère

#2967 · opened Dec 22, 2017 by Anne de Septenville Algo -- Important !!-bug cpp cpp-representative
- 3
updated Jun 26, 2018
Le bouton « from IMGT » échoue parfois et provoque une erreur serveur

#3007 · opened Jan 23, 2018 by Mikaël Salson !!-bug repseq-IMGT server
- 0
updated Jan 23, 2018
Mise en cache de l'autocompletion des samples sets : problème des mises à jour

#3070 · opened Mar 02, 2018 by Thonier Florian !!-bug client-autocomplete client-database server server-sample-sets
- 5
updated May 16, 2018
Le compare samples ne fonctionne pas sur dev

#3095 · opened Mar 21, 2018 by Mikaël Salson !!-bug server
- 0
updated Mar 21, 2018
Un sample peut apparaître deux fois dans un set

#3098 · opened Mar 22, 2018 by Mathieu Giraud !!-bug server-sample-sets
- 0
updated Jan 10, 2019
Point caché (dans l'épingle) qui apparaît malgré tout dans le graphique

#3128 · opened Apr 05, 2018 by Mikaël Salson !!-bug LIL-Lille client-ergonomy client-graph user-request
- 0
updated Apr 05, 2018
fuse.py: codec can't encode character

#3160 · opened Apr 10, 2018 by Mikaël Salson !!-bug client-i18n server-fuse
- 0
updated Apr 10, 2018
La colonne groups n'affiche plus rien

#3174 · opened Apr 13, 2018 by Mikaël Salson !!-bug server server-groups
- 3
updated Jun 04, 2018
Le changement de patients via le menu patients, après demande de confirmation, est non fonctionnel

#3176 · opened Apr 16, 2018 by Mikaël Salson !!-bug *-go client client-database client-ergonomy
- 0
updated Apr 16, 2018
Export graph : ne pas le proposer si le graph n'est pas affiché

#3177 · opened Apr 16, 2018 by Mikaël Salson !!-bug *-go client-export client-graph client-grid
- 1
updated Sep 26, 2018
tous les sample sont affichés en deleted lors d'une analyse clntab/vidjil

#3220 · opened May 16, 2018 by Thonier Florian !!-bug client server server-config server-database
- 3
updated May 16, 2018
Upload qui provoque un "missing id" : d'où vient-il ?

#3253 · opened Jun 04, 2018 by Thonier Florian !!-bug client client-database server server-database server-upload
- 10
updated Jun 08, 2018
Ajout de samples : interdire de mettre en « specific set » le sample set qui est déjà « common set »

#3255 · opened Jun 04, 2018 by Mikaël Salson !!-bug *-go server-sample-sets
- 4
updated Jul 12, 2018
Séquences similaire trouvé après align_against collection et #3223

#3262 · opened Jun 07, 2018 by Cyprien Borée !!-bug
- 4
updated Jun 13, 2018
Bug dans should-vdj-to-tap.py losqu'il n'y a pas de N décrit et une alternative dans le V

#3265 · opened Jun 11, 2018 by Mikaël Salson !!-bug !-hard *-go dev-tests-curated-vdj
- 3
updated Jul 12, 2018
Les nouveaux samples sont ajoutés de multiple fois

#3280 · opened Jun 13, 2018 by Thonier Florian !!-bug client-database server-sample-sets server-upload
- 2
updated Jun 13, 2018
boucle recursive infinie avec la fonction compare

#3288 · opened Jun 15, 2018 by Thonier Florian !!-bug client client-offline
- 2
- 1
updated Sep 17, 2018
Mauvais alignement du J : check_and_resolve_overlap() et alignements curieux localement

#3315 · opened Jun 27, 2018 by Mikaël Salson !!-bug cpp cpp-costs cpp-dynprog
- 7
updated Jul 12, 2018
Erreur de segmentation avec une petite valeur -X n

#3337 · opened Jul 05, 2018 by Cyprien Borée !!-bug cpp
- 6
updated Jul 11, 2018
La redirection de /vidjil/default/index ne fonctionne pas toujours comme prévu

#3345 · opened Jul 06, 2018 by Ryan Herbert !!-bug server
- 0
updated Jul 06, 2018
Dockerimages starting order

#3351 · opened Jul 10, 2018 by Alexander Shlemov !!-bug server-docker
- 3
updated Jul 11, 2018
should-vdj-to-tap ne vérifie pas correctement le locus

#3365 · opened Jul 12, 2018 by Mikaël Salson Algo 2019.05 !!-bug *-go dev-tests-curated-vdj
- 1
updated Mar 14, 2019
Pas de résultat visible avec des runs COMPLETED

#3400 · opened Jul 19, 2018 by Ryan Herbert !!-bug LIL-Lille server server-task.py
- 2
updated Jul 19, 2018
Aho : segmentation en DJ au lieu de VDJ

#3402 · opened Jul 19, 2018 by Mikaël Salson Heuristique 2.0 !!-bug cpp cpp-aho math-stats
- 1
updated Oct 03, 2018
Compare sample : depuis la liste globale pour une même config on ne voit que le plus ancien résultat

#3412 · opened Jul 20, 2018 by Mikaël Salson !!-bug server server-compare-last-results server-compare-samples
- 7
updated Feb 27, 2019
Merge de reads bizarre, séquences trop courtes, clustérisant des séquences qui ne devraient pas l'être

#3427 · opened Aug 07, 2018 by Mathieu Giraud !!-bug server-pre-process
- 0
updated Jan 10, 2019
vdj_assign : out_of_range

#3462 · opened Sep 14, 2018 by Mathieu Giraud !!-bug
- 0
updated Sep 14, 2018
segmenter.js: typo dans highlightToString

#3486 · opened Sep 26, 2018 by Mathieu Giraud !!-bug client-segmenter
- 0
updated Sep 26, 2018
CloneDB : après la réponse du serveur le plot est remis à zéro

#3507 · opened Oct 04, 2018 by Mikaël Salson !!-bug *-go app-clonedb client client-axis
- 2
updated Apr 02, 2019
Scheduler : Error cleaning up

#3558 · opened Oct 16, 2018 by Ryan Herbert !!-bug server server-task.py
- 17
updated Aug 22, 2019
Export fasta non fonctionnels pour des données hors des germlines par défaut (ex: IKZF1/ERG)

#3561 · opened Oct 16, 2018 by Thonier Florian !!-bug !-hard bio-germlines client client-export dev-robust
- 2
updated Oct 16, 2018
sucess si pear assemble des fichiers de tailles différentes

#3637 · opened Nov 27, 2018 by Thonier Florian !!-bug server server-logs server-pre-process
- 0
updated Nov 27, 2018
Mauvaise position des clones dans le rapport exporté

#3665 · opened Dec 28, 2018 by Mathieu Giraud !!-bug *-go client-grid client-rapport
- 0
updated Jan 10, 2019
Impossible de modifier les permissions d'un groupe

#3669 · opened Jan 02, 2019 by Mikaël Salson !!-bug server server-admin server-auth server-groups server-permissions
- 5
updated Mar 08, 2019