Les warnings ne sont pas produits avec `-c designations`
Je ne sais pas si c'est le cas de tous mais par exemple pour cette séquence on a un warning en -c clones -r 1
alors qu'il n'apparaît pas en -c designations
(deux V ont la même proba). C'est gênant pour app-analyze
>seq
GGAGTTGCTCATTTACTTTAACAACAACGTTCCGATAGATGATTCAGGGATGCCCGAGGATCGATTCTCAGCTAAGATGCCTAATGCATCATTCTCCACTCTGAAGATCCAGCCCTCAGAACCCAGGGACTCAGCTGTGTACTTCTGTGCCAGCAGTTT
CTCGACCTGTTCGG
CTAACTATGGCTACACCTTCGGTTCGGGGACCAGGTTAACCGTTGTAGAGGACCTGAACAA