Quel mode de DP pour les gènes V et J ?
Actuellement c’est LocalEndWithSomeDeletions
(c’est à dire LeftLocal-RightSemiGlobalEndWithSomeDeletions
).
Mais j’ai l’impression qu’on souhaiterait plutôt un LeftSemiGlobal-RightSemiGlobalEndWithSomeDeletions
(on veut que toute la partie gauche du read soit retrouvée dans le V). À vrai dire je pensais que c’était déjà le cas. À creuser.
Notons que, si V1 est meilleur que V2 en raison de ce qui est au début du V (ou dans l’upstream), le bonus des match de V1 joue déjà même sans cela : dans la plupart des cas on doit donner actuellement la bonne réponse, mais on peut certainement construire des exemples où. Cela va devenir important dès que l’up/downstream jouera plus #3008 (closed).