check_and_resolve_overlap() pourrait, dans certains cas, générer un N
Voir exemple de #3315, et peut-être #2904.
Créer aussi une séquence artificielle qui mettrait encore plus cela en valeur :
par exemple un V-AAAAAA-30/J
avec accroche pas terrible pour le tout début du J dans le V.
Notons que cela va encore plus être le cas avec #2768.
Une manière de faire, sans relancer des calculs :
- le point optimal de séparation est déterminé comme maintenant : il minimise la somme
- puis on regarde dans les alignements s’il y a des délétions (ou équivalent si alignement local, voir aussi #xxxxx) dans V et/ou J), et on applique ces délétions pour faire ressortir le N.