should.py et tests avec utilisation conséquente du shell
3 tests posaient des problèmes liés au shell, uniquement sur kapla
sur dev-ci (chez moi cela passe, et @mikael-s, chez toi ?) :
should-get-tests/10-md5-germline.should-get
should-get-tests/large-r.should-get
should-get-tests/tools-vdj-assign-direct-input.should-get
J'imagine que cela vient, dans should.py
, de l'appel subprocess.POpen([cmd], shell=True, ...)
(testé avec cmd
à la place de [cmd]
, pas mieux) qui ne réalise pas exactement la même chose que l'invocation précédente dans should-to-tap
.
Avec 148fc115, on en corrige deux. (Mais pourquoi {homo-sapiens,mus-musculus,rattus-norvegicus}/*.fa
ne passe pas sur kapla
alors qu'il passe chez moi ?).
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/89764 -> Il ne reste plus que should-get-tests/large-r.should-get
, avec un for
, qui ne passe pas (et bloque #3116 (closed)).
@mikael-s, si tu es motivé pour trouver ce qu'il bloque, merci... sinon je crée un large-r.sh
qui fait ce qu'il faut et qui est appelé depuis large-r.should-get
, cela solutionnera le problème.