Upload de plusieurs fichiers .fasta via un .zip / .csv
Tâche originelle dans #1362 (closed)
PAN a envoyé un .zip avec 4 fichiers dedans. Et ça on ne sait pas faire. Il faudrait « juste » décompresser l'archive et itérer sur tous les fichiers et les remplir tous avec les mêmes propriétés.
Oui, cela simplifierait beaucoup certains usages... mais ce n'est pas si évident à faire :
- le "sampling date" peut ne pas être le même (mais on pourrait faire une passe manuelle ensuite)
- et surtout, si on décompresse, il faut le faire dans environnement sécurisé pour que cela ne mette pas le bazar dans nos fichiers
- et éduquer les utilisateurs pour que le .zip soit uniquement des fichier fasta (pas un fichier .txt ou je ne sais quoi en plus)...
En mode production MRD, ce n'est pas forcément nécessaire (un point à la fois).
Mentionné par nos amis du NHS.
Pour eux, ce serait même différents patients ? Au passage, c'est vrai que c'est plus réaliste. En production, on a le(s) run(s) de la semaine, avec du diag, et des MRDs de patients existants
Vraiment pas facile...
Début de réflexion : on uploade une archive, cela ajoute les fichiers, on arrive sur un tableau avec la liste des fichiers et des controles pour ajouter au patient qu'on veut ?
On suppose par contre que producer / sequencer sont le même pour tous... Mais primers, non.
Pb: tant que le .zip n'est pas arrivé, on ne peut pas afficher le tableau. Bof / bof...
Il faudrait expliciter le scénario avec nos users pour voir ce qu'ils veulent vraiment.
Est-ce vraiment un problème de ne pas voir le tableau ? De toute façon on voit l'upload en cours dans le widget.
Remis au goût du jour pour Lyon ?
Après le R1+R2, il faudra voir si on remet cela au goût du jour. Heinrik a exactement le problème d'uploader régulièrement >20 fichiers, il faudrait un moyen de le faire plus rapidement. À voir comment cela pourrait marcher avec le R1+R2.
Discuté lors de la Rando 2016. Pas prioritaire. L'idée pour les prochains mois est déjà d'utiliser les "runs", de voir si nos utilisateurs aiment cela.
Ping. Henrik est revenu à la charge. La solution la plus simple est un upload de plusieurs fichiers pour un même patient. À mon avis on peut bidouiller un truc côté Javascript, à voir si c'est souhaitable (récupère tous les fichiers et les envoie 1 par 1 ou 2 par 2 au contrôleur).
@nobody
cc @RyanHerb