algo : mauvaise dénomination du Vh si séquence trop courte
Lors de tests de QC à Rennes, nous nous sommes aperçu que vidjil retournait anormalement beaucoup de V4-34 là ou il aurait du y avoir des V4-(59-61, ...). Il se trouve que sur la portion des segments V séquencée est trop courte. Ainsi, on a une identité de 100% sur plusieurs segments, et nous pourrions faire la distinction uniquement sur des données plus longues.
Cependant, nous n'avons aucun retour à l'écran sur la compatibilité de la séquence avec de nombreux sous-segments. Il faudrait donc intégrer un tel retour. C'est d'ailleurs ce que semble faire immonuSeq lorsqu'il y a des incertitudes. Il donne le segment V inconnu, et il a un champs étiquette du segmentV (segmentV-tiles) avec une liste de segments compatibles.
Concrètement, pour de la clinique, on sais que le CDR3 que l'on trouve est bon, mais le design de l'AJO peut être biaisé par cette erreur. Pour la recherche, l’interprétation aussi, puisque nombre de séquences se retrouvent finalement regroupées sous les même segments alors qu'ils s sont peut-être différents dnas la séquence manquante (et n'ont donc pas la même signification biologique).