Supprimer GERMLINES_REGULAR / _INCOMPLETE suite à -i ?
Dans ce qui arrive bientôt :
-c clones -g germline/homo-sapiens.g -i -2 -3 data/Stanford_S22.fasta # (basic usage, detect the locus for each read, including unusual/unexpected recombinations)
-c clones -g germline/homo-sapiens.g:IGH -3 data/Stanford_S22.fasta # (restrict to IGH complete locus)
J'aimerais supprimer -i
(le mettre par défaut) : le mécanisme de filter est plus générique (:IGH
ou :IGH,IGH+
) , et l'interaction entre -i
et le filter est confuse (actuellement :IGH,IGH+
ne sélectionne pas IGH+
si on ne met pas -i
...)
Dans mes rêves les plus fous, je voudrais même supprimer -2
et le mettre par défaut, mais non, ce n'est pas raisonnable et c'est une porte-dans-le-nez. @mikael-s