Distribuer (ou packager) Vidjil / Docker
De toute façon : avoir un README décrivant les dépendances. Un(e) admin peut toujours vouloir installer les paquets à la main.
Distribuer une VM
- inconvénient : on ne peut pas séparer les aspects serveurs, calculs et visualisation. Tout est fait sur la même machine, ce qui en terme de répartition de charge, ou d'organisation d'un cluster de calcul peut être compliqué
Package deb/rpm
- avantage : relativement facile à installer
- inconvénients : sous distrib/OS exotiques ? il faut être root
Docker
- inconvénient : Docker n'est pas installé partout. Pour une plateforme bioinfo cela peut poser problème. Cela va surtout dépendre de la popularité de Docker.
VM : de toute façon on doit le faire pour le CHR
Mais autant documenter le plus possible (README, voire deb/rpm)
Mentionné par Rayan pour Mirkwood : https://github.com/lh3/proot-wrapper
« C'est un moyen pour diffuser des environnements complets, à la virtual machine, mais sans avoir besoin d'être root ou d'avoir par ex. VMWare ou Virtualbox installé. Trop beau pour être vrai? Pourtant Heng Li n'a pas réputation d'endosser n'importe quelle technologie (il n'a pas adopté docker par exemple).
A jeter un oeil.. cela pourrait être une solution idéale pour mirkwood si j'en crois la description. »
Avis de Heng Li (auteur de plusieurs logiciels de Bioinfo) : https://lh3.github.io/2015/04/25/a-few-hours-with-docker/ « I am particularly against dockerizing easy-to-compile tools such as velvet and bwa or well packaged tools such as spades. Another large fraction of tools in C/C++ can be compiled to statically linked binaries or shipped with necessary dynamic libraries (see salifish). While not ideal, these are still better solutions than docker. Docker will be needed for some tools with complex dependencies, but I predict most of such tools will be abandoned by users unless they are substantially better than other competitors, which rarely happens in practice. »
On en reparle en juin, pour éventuellement un travail en septembre/octobre.
(Live from JOBIM) J-F Gibrat (directeur de l'IFB) dit que Docker est une solution en train de s'imposer. Il y a un dépot à Genouest (Rennes), c'est ce qu'évoquait Guillaume ?
Guillaume O. ne doit pas connaître ce qui se fait chez Genouest, mais plutôt généralement à Inria, donc ici à Inria Rennes. Après, peut-être que Genouest utilise le Docker d'Inria Rennes...
Guillaume O. :
Il faut solliciter Charly Maupetit (charly.maupetit@inria.fr).
Ryan, tu pourras le contacter quand tu auras déjà un Docker un peu avancé qui tourne.
GenOuest : https://docker-ui.genouest.org/app/#/