.should-vdj: un cas particulier
(mis sur tâche à part) Florian, 18 sept:
un cas difficile a arbitrer (enfin je prefererais avoir votre avis, cf fichier joint). Il y a dans le cas de vidjil à la fois des insertions/déletions et mutations. Mais en même temps ,il y a un fragment de 6 nt qui colle après ça ...
voici 4 nouveaux cas. 3 sont a arbitrer car correct si l'on considère des mutations possibles, et la dernière (la TRB) me fait plus pencher pour une erreur de séquençage sur un nt, mais du coup l'assignaton en est fausse. Je ne sais aps si vidjil peut "corriger/detecter" des cas comme cela. PS: je vais demander à un technicien du lab de regarder si il a plus d'info sur ce nt.
merci ! On en discutera vendredi ensemble.
Une remarque : oui, une erreur de séquençage peut arriver... mais, étant donné une seule séquence, on ne peut pas savoir si c'est le cas ou une mutation somatique ou autre chose.
En tout cas, pour un fichier .should-vdj, on ne parle pas ici d'erreur de séquençage : on cherche à savoir quel serait la meilleure désignation VDJ possible (ou les meilleures) en supposant que cette séquence est la bonne.
@nobody