TRB incomplet
- une entrée TRB+ dans germlines.data (regarde par exemple IGH+)
- un ou deux tests dans tests/should-vdj-tests/ sous la forme d'un fichier *.should-vdj.fa (il peut y avoir plusieurs séquences dans le même fichier)
Cela a l'air bon, il manque plus qu'à mettre le test en should-vdj au lieu de should-get
j’attends de récupérer des séquences tests additionnels avant.
Florian, ce serait bien de boucler ce point, quitte à ne prendre que la séquence que tu as maintenant. D'ici fin juillet on fera la release 2015.07, et normalement il faut un certain temps de "freeze" avant qu'on le fasse. merci !
j'ai modifié le should-get en should-vdj en attendant d'voir le jeu de séquences plus important de Necker que Patrick doit me fournir prochainement.
merci ! a35c301a: rajouté des "_", sinon il n y'avait que la première chaine qui était testée + le N détaillé + l'info sur le locus
python should-vdj-to-tap.py should-vdj-tests/trb+.bd2-bj2-3.should-vdj.fa
Teste uniquement le locus (-2q), et aussi le reverse (-r)
python should-vdj-to-tap.py -2q -r should-vdj-tests/trb+.bd2-bj2-3.should-vdj.fa
Vielle tâche bien faite, je ferme