BCL2 / JH
merci Nathalie !
Elle doit nous envoyer une ref, on peut parier que c'est http://www.nature.com/leu/journal/v14/n9/full/2401889a.html
Lymphomes
BCL2.fa MBR 1,2 MCR 1,2,3 5'MCR
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germlines mises sur rbx
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test de BCL2.fa (en gros les primers) négatif : après avoir tout relancé sur toutes les séquences du serveur, seulement 3 patients avec > 1% segmenté (BCL2/bcl2-more-than-1-percent.log), vérification manuelle, non, faux positifs, on reste sur Chr14 (mais recombinaisons bizarres dans locus IGH)
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mais... est-ce que BCL2.fa était la bonne germline ? prendre plutôt en amont/aval ? (essayé aussi avec BCL2-complete.fa, mais là trop gros, 200kb)
- et est-ce qu'on est censé trouver du BCL2 sur les séquences du serveur ? J'imagine oui, au moins en capture
Primers Biomed-2 : il y a plusieurs jeux de primers (dans l'exon 3 et en aval de celui-ci)
On peut avoir BCL2/JH ou IGH/BCL2. Le point de cassure n'est pas à position fixe.
Prendre les 6 séquences de Sarah et essayer de faire un .should-vdj avec... Mais bon, pas si important que cela si on n'y arrive pas.
Rando 2016: Florian s'y met (ou s'y mettra à Rennes). merci !