Normalisation pour le multi-système
Si on a plusieurs systèmes (ou, plus généralement, plusieurs PCRs)... on peut avoir plusieurs normalisations différentes :-(
Sur Leu-multi, on dirait que le clone TRG principal normalisé (vs standard TRG) et le clone IGH normalisé (vs standard IGH) sont d'ailleurs très proches, beaucoup plus que si on normalise tout de la même manière. Quelque part c'est une bonne nouvelle, cela montre l'intérêt de la normalisation.
C'est rigolo, on en a donc parlé tout à l'heure. Avant de coder, on en parlera, ce n'est pas si évident que cela et cela ajoutera peut-être trop de complexité.
Pour l'article, on fera à la main ou même, deux courbes à côté, ce sera plus lisible.
On ne peut pas comparer les courbes des clones IGH et TRG, ce sont des % sur le total de reads segmentés.
Un clone IGH à 1% (1% des reads segmentés) sur le graphique peut tres bien représenter 50% des IGH ou seulement 2% suivant la proportion d'IGH dans les reads segmentés.
C'est ce qui se passe pour leu entre les timepoints 4 et 5, la proportion d'IGH chute
(console javascript >> m.clusterBy(function(id){return m.clone(id).getSystem()});
)
Il faudrait un mode qui sépare chaque système et calcul la taille d'un clone en fonction des reads segmentés dans son système (mais ca veut dire qu l'on risque de voir des clones avec tres peu de reads se retrouver avec un % élevé si leurs systèmes sont peu ou pas segmentés (bref du bruit au milieux des clones patho ... ))