vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-11-10T15:06:47+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5194Problème de récupération de gosu2023-11-10T15:06:47+01:00Mikaël SalsonProblème de récupération de gosuErreur 502 avec un wget sur github : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/3571211#L1510
Est-ce un ban de github ?
Discuté avec @clement.chesnin. Peut-être tester en faisant un gitlab-ci.yml sur un autre repo, juste avec un wget...Erreur 502 avec un wget sur github : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/3571211#L1510
Est-ce un ban de github ?
Discuté avec @clement.chesnin. Peut-être tester en faisant un gitlab-ci.yml sur un autre repo, juste avec un wget sur l'URL et un autre sur un autre dépôt Github.CHESNIN ClementCHESNIN Clementhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5063nightmare en erreur2022-11-10T17:55:25+01:00Mikaël Salsonnightmare en erreurhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/2373884
Quelle cause ? (version trop ancienne ?)
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/2373884
Quelle cause ? (version trop ancienne ?)
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5044Erreurs serveurs depuis le déploiement : MySQL server has gone away2022-06-29T13:50:56+02:00Mikaël SalsonErreurs serveurs depuis le déploiement : MySQL server has gone awayOn a une dizaine d'erreurs serveurs depuis le 18 juin.
Je n'ai pas investigué.
cc @duez @flothoniOn a une dizaine d'erreurs serveurs depuis le 18 juin.
Je n'ai pas investigué.
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5029Le CI cypress ne test plus que le script aligner, et bypass tous les autres2022-05-25T17:14:16+02:00Thonier FlorianLe CI cypress ne test plus que le script aligner, et bypass tous les autresJe ne sais pas pourquoi le CI reagit comme ça ni depuis quand.
Mais il ne lance que le script `test_aligner.js` du doccier cypress. Ils sont pourtant tous présent quand on charge les artefact. Il y en a 2 en `external_xxx`, et ensuite ...Je ne sais pas pourquoi le CI reagit comme ça ni depuis quand.
Mais il ne lance que le script `test_aligner.js` du doccier cypress. Ils sont pourtant tous présent quand on charge les artefact. Il y en a 2 en `external_xxx`, et ensuite c'est le premier script dans l'ordre alphabétique...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5016Les branches en doc/ font échouer le CI (gitlab-ci.yml)2023-03-02T17:54:49+01:00Thonier FlorianLes branches en doc/ font échouer le CI (gitlab-ci.yml)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4983Pipeline de publi de la doc HS2022-04-07T18:28:49+02:00Mathieu GiraudPipeline de publi de la doc HSVoir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1924159 lancé à l'instant
```
$ scp -r site/ $VIDJIL_WWW:doc/
Warning: Permanently added 'vde...' (ECDSA) to the list of known hosts.
site: No such file or directory
```
Pourtant cela a...Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1924159 lancé à l'instant
```
$ scp -r site/ $VIDJIL_WWW:doc/
Warning: Permanently added 'vde...' (ECDSA) to the list of known hosts.
site: No such file or directory
```
Pourtant cela avait marché pour vidjil-algo 2022.03. Je relance.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4947Tests cassés sur dev / server-functional2023-06-19T17:13:14+02:00Mathieu GiraudTests cassés sur dev / server-functionalThe following discussion from !1087 should be addressed:
vu par @flothoni :
> un bouton "continue" pourtant présent mais non détécté par watir. Une erreur qui n'a aucun rapport avec les changements ici.
> J'ai donc créé une nouvelle b...The following discussion from !1087 should be addressed:
vu par @flothoni :
> un bouton "continue" pourtant présent mais non détécté par watir. Une erreur qui n'a aucun rapport avec les changements ici.
> J'ai donc créé une nouvelle branche `feature-s`avec juste une modif dans le readme. Et l'erreur y est aussi présente.
> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/pipelines/424530.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4941multiple-compilers: plusieurs échouent sur la récupération de S22, https ?2022-01-27T16:37:55+01:00Mathieu Giraudmultiple-compilers: plusieurs échouent sur la récupération de S22, https ?Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1718722 sur !1123
```
sh get-sequences
tar (child): Stanford_S22.tar.gz: Cannot open: No such file or directory
```
Plus de place sur un slave ? Une connection à vidjil.org perdue ? (l...Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/1718722 sur !1123
```
sh get-sequences
tar (child): Stanford_S22.tar.gz: Cannot open: No such file or directory
```
Plus de place sur un slave ? Une connection à vidjil.org perdue ? (lien https !1124 ?) Autre chose ?
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4867Gitlab-ci invalide2021-09-30T14:11:57+02:00Mikaël SalsonGitlab-ci invalideJe viens de pousser une nouvelle branche (créée depuis dev) et Gitlab me dit que le YAML du gitlab-ci est invalide (sans y avoir touché).
cc @duez @flothoniJe viens de pousser une nouvelle branche (créée depuis dev) et Gitlab me dit que le YAML du gitlab-ci est invalide (sans y avoir touché).
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4793Erreur de vidjil/segmenter2021-06-15T10:09:47+02:00Mikaël SalsonErreur de vidjil/segmenterSignalé par un utilisateur. Après avoir perdu son adresse d'origine (vdj#1103), la segmenter page ne fonctionne plus du tout.
La requête à `vidjil/segmenter` renvoie comme réponse : `Error while processing the file`. Cela date probablem...Signalé par un utilisateur. Après avoir perdu son adresse d'origine (vdj#1103), la segmenter page ne fonctionne plus du tout.
La requête à `vidjil/segmenter` renvoie comme réponse : `Error while processing the file`. Cela date probablement du déploiement.
Notons que cela casse également les jobs CI puisque la segmenter page de app est utilisée pour les tests.marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4749Les tests unitaires browser ne passent plus2021-04-14T08:43:15+02:00Mathieu GiraudLes tests unitaires browser ne passent plusVu sur au moins deux MR qui n'ont rien à voir entre elles:
```
not ok 257 - function return the correct sequence for the gene J: TRGJ1*02, expected: true, got: false, test: findGermlineFromGene, module: Model, source: at Object.<anonymo...Vu sur au moins deux MR qui n'ont rien à voir entre elles:
```
not ok 257 - function return the correct sequence for the gene J: TRGJ1*02, expected: true, got: false, test: findGermlineFromGene, module: Model, source: at Object.<anonymous> (file:///home/gitlab-runner/builds/b8d876c1/0/vidjil/vidjil/browser/test/QUnit/testFiles/model_test.js:490:12)
```
Et peut-être d'autre liés.
Un effet du nouvel aligneur !836 ?
Ou bien plutôt du changement de germline !885 qui fait que certaines germlines ne sont plus les mêmes ? (comme, il y a 4+ ans, #1796)
Florian, pourrais-tu y jeter un coup d'oeil ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4649mulitple-test et json.decoder.JSONDecodeError2021-02-03T09:57:42+01:00Mathieu Giraudmulitple-test et json.decoder.JSONDecodeErrorSur [plusieurs](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/pipelines/203732/failures) slaves, `should-get-tests/productive.should` est en échec a priori sur `dev`, comme dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/927650 :
```
shou...Sur [plusieurs](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/pipelines/203732/failures) slaves, `should-get-tests/productive.should` est en échec a priori sur `dev`, comme dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/927650 :
```
should-get-tests/productive.should
(...)
File "should.py", line 401, in deep_get
raise KeyError(key)
KeyError: 'clones[1].seg.junction.unproductive'
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
File "should.py", line 1324, in <module>
fs.test(variables = variables, cd = args.cd, cd_same = args.cd_same, output = args.output, verbose = args.verbose, only = only)
File "should.py", line 1177, in test
s.test(open(f), variables, verbose - 1, only=only)
File "should.py", line 952, in test
self.one_test(test, current_test_lines, verbose, colorize)
File "should.py", line 1060, in one_test
test.test(test_lines, variables=self.variables_all, verbose=verbose-1)
File "should.py", line 747, in test
except (json.decoder.JSONDecodeError, KeyError):
AttributeError: 'module' object has no attribute 'JSONDecodeError'
```
Une version de python qui n'est pas la bonne ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4530Envirionnement de review serveur cassés / fontello2020-11-03T15:33:29+01:00Mathieu GiraudEnvirionnement de review serveur cassés / fontelloDepuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/829#note_398302:
> Sur clipo, le `make` dans `browser/css/icons` ne passe pas: https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/805233#L201 (rien touché depuis > 3 ans là-dedan...Depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/829#note_398302:
> Sur clipo, le `make` dans `browser/css/icons` ne passe pas: https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/805233#L201 (rien touché depuis > 3 ans là-dedans !)
Idem sur dev !815. Est-ce un soucis temporaire de fontello ou autre chose ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4046Erreurs serveur : ValueError: invalid literal for long() with base 10: '[obje...2019-11-15T20:04:17+01:00Mikaël SalsonErreurs serveur : ValueError: invalid literal for long() with base 10: '[object Object]'Il y en a eu 14 depuis la mise à jour du serveur.
Voici le début de la traceback :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)...Il y en a eu 14 depuis la mise à jour du serveur.
Voici le début de la traceback :
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py", line 695, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/default.py", line 252, in get_data
).select(db.fused_file.ALL).first()
```https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4044Le rapport monitor ne fonctionne plus2019-11-13T07:40:05+01:00Mikaël SalsonLe rapport monitor ne fonctionne plusExemple : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&plot=v,j,plot
Remonté par ~"PRA-Prague"Exemple : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=25&plot=v,j,plot
Remonté par ~"PRA-Prague"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4027test_browser-functional-external cassé, timeout sur IgBlast2020-10-20T14:12:29+02:00Mathieu Giraudtest_browser-functional-external cassé, timeout sur IgBlastSur dev: Job [#442051](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/442051) failed for b90786ac1f8e187b3434540a69ca28912c9d8586
Ce type de test passait il y a quatre jours, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/438580. #2809 ? Au...Sur dev: Job [#442051](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/442051) failed for b90786ac1f8e187b3434540a69ca28912c9d8586
Ce type de test passait il y a quatre jours, https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/438580. #2809 ? Autre chose ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3957Problème d'accès à Vidjil2019-08-20T19:55:04+02:00Anne de SeptenvilleProblème d'accès à VidjilBonjour,
Depuis hier fin d'après-midi, nous n'arrivons plus à accéder à https://app.vidjil.org/ (écran vide)
Je viens de tester ce matin https://rescue.vidjil.org/ et j'obtiens une erreur réseau.
Qu'en est-il de votre côté ?Bonjour,
Depuis hier fin d'après-midi, nous n'arrivons plus à accéder à https://app.vidjil.org/ (écran vide)
Je viens de tester ce matin https://rescue.vidjil.org/ et j'obtiens une erreur réseau.
Qu'en est-il de votre côté ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3793A quoi sert la div data de la div liste2019-03-13T15:27:10+01:00Thonier FlorianA quoi sert la div data de la div listeIl semble que nous ayons en ce moment un souci avec la div data presente dans `list`. Je ne comprend pas à quoi elle sert.
~lille semble avoir un souci dans son rendu avec chrome. Elle prend toute la place. Il s'agit probablement d'une ...Il semble que nous ayons en ce moment un souci avec la div data presente dans `list`. Je ne comprend pas à quoi elle sert.
~lille semble avoir un souci dans son rendu avec chrome. Elle prend toute la place. Il s'agit probablement d'une erreur d'interpretation de règle CSS mais je n'arrive pas a reproduire le bug.
Cependant, dans mon cas, elle est toujours présente en fin de liste, mais toujours vide.
Peux-t-on envisager de la supprimer ou tout du moins de la mettre en hidden/dev tant qu'il n'y a pas d'informations à l'intérieur ?
cc @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3789FreeBSD cassé, timeout should2020-10-20T14:12:29+02:00Mathieu GiraudFreeBSD cassé, timeout shouldSuite à !433 ?Suite à !433 ?Algo 2018.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3771vidjil-all-slaves cassé2020-10-20T14:12:29+02:00Mathieu Giraudvidjil-all-slaves casséPlusieurs tests ne passent pas (suite à !412 ?), au moins sur freebsd.
```
15:58:01 should-get-tests/vidjil-warning-A.should-get
15:58:01 �[1m�[31mfailed�[0m (0/1) - Warning in json output
15:58:01 �[1m�[31mfailed�[0m (1) - Exit code is...Plusieurs tests ne passent pas (suite à !412 ?), au moins sur freebsd.
```
15:58:01 should-get-tests/vidjil-warning-A.should-get
15:58:01 �[1m�[31mfailed�[0m (0/1) - Warning in json output
15:58:01 �[1m�[31mfailed�[0m (1) - Exit code is 0
15:58:01 �[1m�[35mcd should-get-tests ; ../../..//vidjil-algo -A -g ../../..//germline/homo-sapiens.g:IGH ../data//toy_V.fa ; cat out/toy_V.vidjil | python ../../..//tools/format_json.py -1�[0m
15:58:01 stdout --> 74 lines
15:58:01 stderr --> 10 lines
15:58:01 �[1m�[36mTraceback (most recent call last):
15:58:01 File "../../..//tools/format_json.py", line 15, in <module>
15:58:01 print(json.dumps(json.loads(json_data),
15:58:01 File "/usr/local/lib/python2.7/json/__init__.py", line 339, in loads
15:58:01 return _default_decoder.decode(s)
15:58:01 File "/usr/local/lib/python2.7/json/decoder.py", line 364, in decode
15:58:05 obj, end = self.raw_decode(s, idx=_w(s, 0).end())
15:58:05 File "/usr/local/lib/python2.7/json/decoder.py", line 380, in raw_decode
15:58:05 obj, end = self.scan_once(s, idx)
15:58:05 ValueError: Expecting object: line 1 column 1 (char 0)
15:58:05 �[0m
15:58:05 ----------------------------------------
```