vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-07-22T13:55:02+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4374Taille des clones de distribution dans le grid V/J // Cacher les clones non i...2020-07-22T13:55:02+02:00Mathieu GiraudTaille des clones de distribution dans le grid V/J // Cacher les clones non intéressantshttp://app.vidjil.org/?set=25736&config=56, 3è sample
Les clones de distribution font un clone "undefined V/undefined J" (normal), mais... il y a juste un petit point, alors que c'est 80% ! C'est probablement qu'on voit en fait 200+ pet...http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56, 3è sample
Les clones de distribution font un clone "undefined V/undefined J" (normal), mais... il y a juste un petit point, alors que c'est 80% ! C'est probablement qu'on voit en fait 200+ petits points superposés (changer par exemple l'axe x en "average read length").
C'est déjà curieux qu'ils ne soient pas "décalés" poru faire un nuage de points...
... mais un seul paquet serait mieux qu'un nuage (qui dépend juste de l'axe de distribution). Avoir un moyen de regrouper ces clones ? Est-ce que cela correspondrait à faire un "nouveau" clone de distribution ?
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4372self.user non défini alors que l'utilisateur est loggé2020-06-23T11:03:26+02:00Mikaël Salsonself.user non défini alors que l'utilisateur est loggéOn a des erreurs serveur (en l'occurrence de @flothoni) quand il essaie d'accéder à [une URL](https://db.vidjil.org/vidjil/results_file/download?filename=079301.vdj.fa&results_file_id=79301), alors qu'il est bien connecté.
[L'erreur](ht...On a des erreurs serveur (en l'occurrence de @flothoni) quand il essaie d'accéder à [une URL](https://db.vidjil.org/vidjil/results_file/download?filename=079301.vdj.fa&results_file_id=79301), alors qu'il est bien connecté.
[L'erreur](https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/131.254.15.191.2020-06-23.10-21-33.239d60b6-68f2-42f5-b398-9e0f6ed1fa15) montre que `self.user` vaut `None`, ce qui est étonnant puisqu'il est bien loggé.
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/results_file.py", line 182, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/cache.py", line 645, in wrapped_f
rtn = func()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/results_file.py", line 120, in download
if auth.can_view_sample_set(sample_set_id) and not '..' in request.vars['filename']:
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/VidjilAuth.py", line 466, in can_view_sample_set
perm = self.get_permission(PermissionEnum.read.value, 'sample_set', sample_set_id, user)\
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/VidjilAuth.py", line 180, in get_permission
perm_groups = self.get_permission_groups(action, user)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/VidjilAuth.py", line 118, in get_permission_groups
user = self.user.id
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'id'
```marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4366Verifier les resets lors du chargement d'une nouvelle analyse2022-05-10T10:22:21+02:00Thonier FlorianVerifier les resets lors du chargement d'une nouvelle analyseAprès avoir ouvert une première analyse et changer la coloration (productive), puis ouvert une seconde analyse, la liste indique encore `color by productive`, mais ce n'est pas la coloration effective.
Il me semble que l'erreur est aus...Après avoir ouvert une première analyse et changer la coloration (productive), puis ouvert une seconde analyse, la liste indique encore `color by productive`, mais ce n'est pas la coloration effective.
Il me semble que l'erreur est aussi présente sur les choix de settings (verifier à l'instant avec le choix fait de `sample key`).
Il s'agit de répercuter des resets fait sur le modèle lors du chargement d'une nouvelle analyse avec les choix correspondant sur le html.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4359URL: problème si l'on recharge une page en local2020-12-02T20:07:45+01:00Thonier FlorianURL: problème si l'on recharge une page en localEn lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il...En lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il m'est arrivé de me voir bloquer par la gestion des URLs.
Les url finissent parfois par un `?` et je me retrouve avec une erreur 404.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4342problème d'échelle sur les axes2021-02-19T08:16:10+01:00Thonier Florianproblème d'échelle sur les axesEn testant une nouvelle option algo, j'ouvre un fichier qui ne contient des clones qui ne font nunquement que 300 et 301 nt.
Le rendu n'est pas jolie du tout. Les clones ont maintenant une largeur aussi large que l'ensemble du graph.
...En testant une nouvelle option algo, j'ouvre un fichier qui ne contient des clones qui ne font nunquement que 300 et 301 nt.
Le rendu n'est pas jolie du tout. Les clones ont maintenant une largeur aussi large que l'ensemble du graph.
En voici un exemple:
![Screenshot_20200611_180027](/uploads/0c6be42524f2cebc8a4621f42fa5f573/Screenshot_20200611_180027.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4305Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer un set2021-10-08T11:28:52+02:00Thonier FlorianLes utilisateurs ne peuvent pas supprimer un setUn utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne ...Un utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne sais pas si c'est volontaire ou s'il s'agit d'une régression.
ps: c'est valable pour tous les usagers.Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4303Waiting for server reply / still waiting alors que le .vidjil est chargé2020-06-12T20:44:03+02:00Mathieu GiraudWaiting for server reply / still waiting alors que le .vidjil est chargé
J'ai un message "still waiting...", sur deux navigateurs différents, sur Demo : https://app.vidjil.org/browser/?set=3241&config=25
Ce qui est curieux est que je pense déjà avoir récupéré le `.vidjil`, quasi tout s'affiche, je peux util...
J'ai un message "still waiting...", sur deux navigateurs différents, sur Demo : https://app.vidjil.org/browser/?set=3241&config=25
Ce qui est curieux est que je pense déjà avoir récupéré le `.vidjil`, quasi tout s'affiche, je peux utiliser certaines fonctionnalités... de toute manière, tant qu'on n'a pas tout récupéré le `.vidjil`, rien ne se passe ?
Cela vient peut-être de ma machine/connexion, mais, même dans ce cas, il faudrait comprendre ce qu'il se passe.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4298Erreur si aucun clone présent à l'ouverture d'une analyse.2020-06-09T11:08:37+02:00Thonier FlorianErreur si aucun clone présent à l'ouverture d'une analyse.Je viens de tomber sur un cas d'analyse IKZF1/ERG pour lequel il n'y a aucun clone.
L'interface dans ce cas produit une erreur et ne va pas au bout du chargement. L'utilisateur reste alors "bloqué" sur la page base de données et on con...Je viens de tomber sur un cas d'analyse IKZF1/ERG pour lequel il n'y a aucun clone.
L'interface dans ce cas produit une erreur et ne va pas au bout du chargement. L'utilisateur reste alors "bloqué" sur la page base de données et on continue d'afficher `still waiting server reply`.
Un cas: https://app.vidjil.org/?set=38056&config=49Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4272Vidjil-algo : double free or corruption2020-05-07T21:56:26+02:00Mikaël SalsonVidjil-algo : double free or corruptionSuite de #4263 : il reste des fichiers en échec.Suite de #4263 : il reste des fichiers en échec.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4265Erreur Javascript dans computeBarTab2020-06-12T20:06:45+02:00Mikaël SalsonErreur Javascript dans computeBarTabOn a des remontées (automatiques) d'erreurs dans le client pour plusieurs utilisateurs. Voilà la traceback, ça concerne `computeBarTab` et une propriété inexistante.
```
/client/: TypeError: Cannot set property 'bar_y' of undefined
...On a des remontées (automatiques) d'erreurs dans le client pour plusieurs utilisateurs. Voilà la traceback, ça concerne `computeBarTab` et une propriété inexistante.
```
/client/: TypeError: Cannot set property 'bar_y' of undefined
at ScatterPlot.computeBarTab (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:703:47)
at ScatterPlot.updateClones (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:1141:18)
at ScatterPlot.update (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:1098:18)
at ScatterPlot.resize (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:885:14)
at ScatterPlot.init (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:185:18)
at Model.init (http://rbx.vidjil.org/js/model.js:1337:26)
at Model.applyAnalysis (http://rbx.vidjil.org/js/model.js:461:14)
at Model.initClones (http://rbx.vidjil.org/js/model.js:355:14)
at Database.display_result (http://rbx.vidjil.org/js/database.js:453:18)
at Object.success (http://rbx.vidjil.org/js/database.js:860:22)
```
cc @duezmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4263Vidjil-algo : Double free or corruption2020-05-07T21:56:26+02:00Mikaël SalsonVidjil-algo : Double free or corruptionAvec la configuration « Export all clones » du serveur (`-3 -y all -z all -e 1 -2 -d -w 50 -r 5 --no-vidjil`), fichier 64565.Avec la configuration « Export all clones » du serveur (`-3 -y all -z all -e 1 -2 -d -w 50 -r 5 --no-vidjil`), fichier 64565.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4259Fuse plante parfois : “Unterminated string starting at”2020-04-29T20:35:38+02:00Mikaël SalsonFuse plante parfois : “Unterminated string starting at”Exemples le 22/04 :
* `result/tmp/out-075543//075543-37506.fuse.log`
* `result/tmp/out-075545//075545-37508.fuse.log`
* `result/tmp/out-075583//075583-37506.fuse.log`
La traceback est celle-là :
```
File "../../tools/fuse.py", line 15...Exemples le 22/04 :
* `result/tmp/out-075543//075543-37506.fuse.log`
* `result/tmp/out-075545//075545-37508.fuse.log`
* `result/tmp/out-075583//075583-37506.fuse.log`
La traceback est celle-là :
```
File "../../tools/fuse.py", line 1558, in <module>
main()
File "../../tools/fuse.py", line 1456, in main
jlist.load(path_name, args.pipeline)
File "../../tools/fuse.py", line 614, in load
self.load_vidjil(file_path, *args, **kwargs)
File "../../tools/fuse.py", line 653, in load_vidjil
self.init_data(json.load(f, object_hook=self.toPython))
File "/usr/lib/python2.7/json/__init__.py", line 291, in load
**kw)
File "/usr/lib/python2.7/json/__init__.py", line 352, in loads
return cls(encoding=encoding, **kw).decode(s)
File "/usr/lib/python2.7/json/decoder.py", line 364, in decode
obj, end = self.raw_decode(s, idx=_w(s, 0).end())
File "/usr/lib/python2.7/json/decoder.py", line 380, in raw_decode
obj, end = self.scan_once(s, idx)
ValueError: Unterminated string starting at: line 1 column 438022 (char 438021)
```
Comme si le fichier n'était pas complet, mais relancer le fuse fonctionne.
@magiraud @flothoni @duez déjà vu ce genre d'erreurs (avec Fuse ou autre) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4252Impossible de relancer une analyse effectuée2020-04-21T15:36:49+02:00Anne de SeptenvilleImpossible de relancer une analyse effectuéeJe ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurai...Je ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurais préféré d'abord réanalyser avec la dernière config (prenant en compte le consensus on random sample).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4242Le compare samples ne fonctionne pas sur app : connection refused2020-04-10T18:06:06+02:00Mikaël SalsonLe compare samples ne fonctionne pas sur app : connection refusedhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4232Il manque de nombreuses informations sur la page d'un sample set sur la branc...2020-04-07T18:38:19+02:00Mikaël SalsonIl manque de nombreuses informations sur la page d'un sample set sur la branche devSur la branche dev on n'a plus les informations des configs utilisées, du nombre de fichiers dans chaque sample set et les noms des créateurs sont remplacés par les identifiants.
Tout cela empêche un déploiement.Sur la branche dev on n'a plus les informations des configs utilisées, du nombre de fichiers dans chaque sample set et les noms des créateurs sont remplacés par les identifiants.
Tout cela empêche un déploiement.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4231Mauvaise mise à jour du graph après un changement de tag2023-01-25T17:21:25+01:00Mikaël SalsonMauvaise mise à jour du graph après un changement de tag@RyanHerb a un problème sur un test fonctionnel qui ne passe pas avec VMI.
Il s'agit du test qui charge les fichiers `doc/analysis-example2.vidjil` et `doc/analysis-example2.analysis`.
On peut reproduire le problème à la main, mais ça d...@RyanHerb a un problème sur un test fonctionnel qui ne passe pas avec VMI.
Il s'agit du test qui charge les fichiers `doc/analysis-example2.vidjil` et `doc/analysis-example2.analysis`.
On peut reproduire le problème à la main, mais ça demande de bien placer la souris.
On va modifier le tag du clone en rouge, pour cela on clique sur l'étoile et on va cliquer sur le 5è tag à la place (« standard (noise) ») mais il faut faire attention à ce que la souris soit bien à gauche pour que sa position ne soit pas au dessus du graph mais de la liste. Après avoir cliqué le menu se referme, ne plus toucher à la souris.
![select](/uploads/a0edd65d780fabed97b1587c217868c6/select.png)
Chez moi, et c'est le bug, le clone a disparu de la liste et du scatterplot mais pas du graph. Un problème d'update @duez ?marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4229Il n'est plus possible d'ajouter plusieurs samples d'un coup2020-04-09T16:02:07+02:00Thonier FlorianIl n'est plus possible d'ajouter plusieurs samples d'un coupEn voulant tester de jouer avec les dates, j'ai créé un patient et lui ai ajouté 3 samples d'un coup, avec des dates différentes. Je me suis aperçu que je ne pouvais pas valider. Le bouton submit est alors sans effet. Comme j'étais en lo...En voulant tester de jouer avec les dates, j'ai créé un patient et lui ai ajouté 3 samples d'un coup, avec des dates différentes. Je me suis aperçu que je ne pouvais pas valider. Le bouton submit est alors sans effet. Comme j'étais en local sur une branche de travail, j'ai aussi testé sur dev. Et le problème est le même. En revanche, sur app, pas de souci.
Je ne sais pas encore si c'est côté serveur ou client. Je penche quand même pour e second car je ne vois pas d'échange avec le serveur dans la console. Je vais faire un bisect pour retrouver l'origine.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4227Le worker n'accede pas au dossier databases en écriture2020-06-25T20:01:29+02:00Thonier FlorianLe worker n'accede pas au dossier databases en écritureJe viens de tenter de refaire une nouvelle instance d'un docker de dev avec vidjil. Je suis retombé sur un bug comme lors de mes premiers essais. Je me suis alors souvenu que les premières fois, j'avais rajouté un `sudo chmod 777 /opt/vi...Je viens de tenter de refaire une nouvelle instance d'un docker de dev avec vidjil. Je suis retombé sur un bug comme lors de mes premiers essais. Je me suis alors souvenu que les premières fois, j'avais rajouté un `sudo chmod 777 /opt/vijil/databases` qui avait permis de rendre accessible le dossier à `docker_workers`.
Je ne sais pas comment faire autrement. On a pourtant bien `worker` qui récupère les volumes de `uwsgi`, qui les récupère lui-même de `fuse`.
Une idée @mikael-s @RyanHerb ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4225Affectations manquantes avec l'option `-1`2020-03-25T12:09:53+01:00Mikaël SalsonAffectations manquantes avec l'option `-1`Comme noté dans #3954, avec l'option `-1` on se retrouve avec des affectations `_` là où on ne devrait pas.Comme noté dans #3954, avec l'option `-1` on se retrouve avec des affectations `_` là où on ne devrait pas.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4217Erreurs sur la segmenter page avec feature-c/axis-rework2020-09-29T16:47:24+02:00Mikaël SalsonErreurs sur la segmenter page avec feature-c/axis-reworkJob [#572928](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/572928) failed for a3f158bd4e15bceb9f11f04c32c35c272e6dc0a7:
En lançant chez moi FF v45 :
```
TypeError: this.m.system_available is undefined
scatterPlot.js:497:13
loadGermli...Job [#572928](https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/jobs/572928) failed for a3f158bd4e15bceb9f11f04c32c35c272e6dc0a7:
En lançant chez moi FF v45 :
```
TypeError: this.m.system_available is undefined
scatterPlot.js:497:13
loadGermline : undefined com.js:146:13
initClones() com.js:146:13
ScatterPlot scatter_container: init() com.js:146:13
TypeError: Object.values is not a function
scatterPlot.js:1038:20
TypeError: Object.values is not a function
scatterPlot.js:1038:20
```
`Object.values` n'est valide qu'à partir de [FF 47 et Chrome 54](https://caniuse.com/#search=Object.values)
N'hésite pas aussi à essayer de ton côté avec [un FF 45](https://download-installer.cdn.mozilla.net/pub/firefox/releases/45.9.0esr/) (en utilisant la variable d'environnement `WATIR_BROWSER_PATH` pour spécifier le chemin vers celui-ci)marc duezmarc duez