vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-11-20T08:57:26+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1802Release: bioinfo.lifl.fr, www.vidjil.org/releases/2018-11-20T08:57:26+01:00Vidjil TeamRelease: bioinfo.lifl.fr, www.vidjil.org/releases/La version actuellement sur la page web est... 2015.10-2, soit quatre mois / deux versions de retard :-)
Peux-tu mettre manuellement la page web à jour, avec les .tar.gz ?
Sinon, solution simple, on héberge cela... sur www.vidjil.org.
...La version actuellement sur la page web est... 2015.10-2, soit quatre mois / deux versions de retard :-)
Peux-tu mettre manuellement la page web à jour, avec les .tar.gz ?
Sinon, solution simple, on héberge cela... sur www.vidjil.org.
***
Ryan, tu peux utiliser http://www.vidjil.org/releases/vidjil-latest.tgz
C'est une solution temporaire, on préfère héberger cela sur les pages de Bonsai, mais le serveur de l'équipe est en restructuration.
***
@mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1797Avoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clones2017-02-02T12:51:43+01:00Vidjil TeamAvoir une interface pour le FineSegmenter d'un petit nombre de clonesEst-ce que cela serait utile d'avoir un serveur public permettant, sans aucun compte ni enregistrement, de lancer un FineSegmenter sur < 100 séquences ? Pas d'upload obligé, juste un textarea POST/GET où on met ses séquences, éventuellem...Est-ce que cela serait utile d'avoir un serveur public permettant, sans aucun compte ni enregistrement, de lancer un FineSegmenter sur < 100 séquences ? Pas d'upload obligé, juste un textarea POST/GET où on met ses séquences, éventuellement avec une API.
(Uniquement la segmentation, sans le browser derrière, ou même avec le browser ?)
Cela pourrait aider les gens qui ont juste une séquence ou deux à tester (de la même manière qu'on se sert nous d'IgBlast ou IMGT/V-QUEST).
***
Et à côté de chaque segmentation on pourrait avoir une petit icone pour demander aux utilisateurs s'ils sont satisfaits de la segmentation proposée. Dans le cas contraire on leur demande ce qu'ils s'attendaient à avoir et on génère un should-vdj automatiquement :)
***
Yeah.
***
C'est donc Marc qui s'y colle, en lien avec ce qu'il fait dans task.py pour supprimer fuse_server et avoir quelque chose de plus robuste avec les workers. Merci !
***
Mentionné au cours d'un échange de mail avec Nikos
***
Hier, Michaela demande exactement cela, et souvent elle crée un fichier .fa juste pour une séquence venant de Sanger, l'uploade... voir aussi "Créer un nouveau clone artificiel"
***
Rando 2016 : ébauche faite par Marc. Tu peux pousser ?
***
Marc, peux-tu pousser ce que tu as fait ? merci.
***
ping. Mentionné par Aurélie/Nathalie, leur envoyer l'adresse
***
Voir aussi "Le -c segment devrait sortir un .vidjil"
***
https://app.vidjil.org/vidjil/segmenter
***
ok. Tâche décomposée en plusieurs tâches pour les améliorations futures.
***
@mikael-s @Duez @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1796make unit_browser est cassé : germline.js / germline.data2021-04-08T08:12:58+02:00Vidjil Teammake unit_browser est cassé : germline.js / germline.dataNous tests unitaires browsers sont cassés (et donc notre build public sur travis mis ) jour après la dernière release). La cause est subtile :
7ed4fb2, Marc, juin 2015 : buildBrowserGermline.py : output json file instead of js file
...Nous tests unitaires browsers sont cassés (et donc notre build public sur travis mis ) jour après la dernière release). La cause est subtile :
7ed4fb2, Marc, juin 2015 : buildBrowserGermline.py : output json file instead of js file
→ l'avait fait car le C++ s'était mis à prendre en compte germline.data
MAIS depuis, on n'avait pas remis à jour les germlines IMGT.
526beeb, Mikaël, 3 février 2016 : remise à jour des germlines
→ germline.js n'a plus germlines_data de défini, et depuis les tests ne passent plus.
Je ne vois pas à quel endroit germline.js ou germline.data est lu dans les tests browsers. Marc, Ryan, est-ce que vous pouvez regarder cela ?
***
Mais 7ed4fb2 ne modifie que germline.js. Or le C++ ne lit pas germline.js. Donc quel est le rôle de 7ed4fb2 ? Peut-on le reverter de manière sûre pour que buildBrowserGermline.py crée toujours un fichier JS ? Ou alors y avait-il une autre raison à vouloir un fichier JSON ?
***
Au passage, j'ai fait un "make germline" sur rbx, édité à la main le fichier germline.js pour que cela passe.
***
74db4e9 et suivants.
unit_browser est quasi réparé (c'est autre chose qui casse, lien avec germline, mais plus ce problème)
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1795Diversity measures : Ds vaut 42 sur Demo L42016-11-29T14:40:43+01:00Vidjil TeamDiversity measures : Ds vaut 42 sur Demo L4Cela devrait être entre zéro et un.
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=146&config=26
***
Arrive sur les gros jeux de données, pas sur nos tests. Avec démo L4 :
~/vidjil/vidjil -G ~/vidjil/germline/TRG -y 0 -z 0 L4.fastq
Ds = 21.791...Cela devrait être entre zéro et un.
http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=146&config=26
***
Arrive sur les gros jeux de données, pas sur nos tests. Avec démo L4 :
~/vidjil/vidjil -G ~/vidjil/germline/TRG -y 0 -z 0 L4.fastq
Ds = 21.791
Formule vérifiée, cela ne peut pas être supérieur à 1. Pb de stabilité numérique ou autre bug ailleurs ?
***
b2d64f6
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1794Vidjil-release ne nettoie pas son répertoire ?2016-11-29T14:40:42+01:00Vidjil TeamVidjil-release ne nettoie pas son répertoire ?L'échec du job Vidiil-release est sur stanford-data.should_get... qui n'existe plus (stanford-json.should_get).
Y aurait-il un "rm" à ajouter au début des commandes de Vidjil-release ?
***
(offline jusqu'à 14h)
***
rajouté "rm -rf algo"...L'échec du job Vidiil-release est sur stanford-data.should_get... qui n'existe plus (stanford-json.should_get).
Y aurait-il un "rm" à ajouter au début des commandes de Vidjil-release ?
***
(offline jusqu'à 14h)
***
rajouté "rm -rf algo" au début, et relancé
***
hmm étrange : la case « Delete workspace before build starts » est bien cochée
***
bon, c'est passé.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1792VDDJ et sortie json2022-06-21T11:40:21+02:00Vidjil TeamVDDJ et sortie jsonLa release 2016.02 sort "4", "4a" pour D1 (avant D) et "4b" pour D2 (après D). Florian, tu peux traduire cela en ce que tu veux pour toi.
Il faudra réfléchir à un nommage plus régulier : 4a, 4b, 4c.. ? mais donc pas de 4 si plusieurs D ...La release 2016.02 sort "4", "4a" pour D1 (avant D) et "4b" pour D2 (après D). Florian, tu peux traduire cela en ce que tu veux pour toi.
Il faudra réfléchir à un nommage plus régulier : 4a, 4b, 4c.. ? mais donc pas de 4 si plusieurs D ? Idem pour les N1/N2, sont-ils vraiment nécessaires dans le json ?
***
Très bonne question.
Disons que pour l'utilisateur, l'information sur le premier D trouvé n'a que peu d'intérêt, mais d'un point de vue technique, il s'agit pourtant du plus fiable non ?
Pour une question d'interopérabilité entre différents logiciels, il serait bon de simplement les nommer 4a,b , c... (pour les cas extrêmes). On aurait ainsi plus de flexibilité.
Pour les N, la question c'est de savoir si on continue sur N1, N2, et Nxx ensuite. N1 peut passer, mais N2 devient obsolète. Est-il possible de faire Nx-y ? Ça donnerait Nv-j, Nv-a, Na-b, ... Ce n'est pas très esthétique, mais plus parlant pour quelqu'un d'extérieur.
Ensuite il reste les cas des ddj. Le premier d est toujours considéré comme un 5 ? Ça donnerait quoi dans ce cas ? il faudrait empêcher les N1 pour aller directement au "Na-b", ou autre solution retenue.
***
On parlera de cela tranquillement en mars voire avril, rien d'urgent.
Pour les N, une solution est tout simplement de .... supprimer cette sortie, comme c'est redondant avec les coordonnées.
(Les DDJ sont pour l'instant toujours mis comme 5-4-3.)
***
Fait. 4a, 4b, etc.
***
Non, ce n'est pas fait. "4a" / "4" / "4b" sont codés en dur dans core/segment.cpp.
Voir par exemple la sortie de should-vdj-tests/0000-nck-TRD+-VDDJ.should-vdj.fa
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1790Séparation serveur / calcul2017-02-02T06:05:35+01:00Vidjil TeamSéparation serveur / calcul
***
@magiraud
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1789Server error sur URL mal formée2021-11-04T11:07:03+01:00Vidjil TeamServer error sur URL mal forméehttp://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=123xx&config=25
***
@magiraud @RyanHerb @Duez @mikael-shttp://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=123xx&config=25
***
@magiraud @RyanHerb @Duez @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1787Documentation : format de la doc, technique2018-09-07T08:17:05+02:00Vidjil TeamDocumentation : format de la doc, technique- garder le truc actuel (.org) ? avec navigation entre les docs ?
- https://readthedocs.org
- autre ?
Je pense que readthedocs ou alors un wiki seraient le plus facile d'accès/ergonomique
@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duez- garder le truc actuel (.org) ? avec navigation entre les docs ?
- https://readthedocs.org
- autre ?
Je pense que readthedocs ou alors un wiki seraient le plus facile d'accès/ergonomique
@magiraud @RyanHerb @mikael-s @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1786Documentation2016-11-29T14:40:37+01:00Vidjil TeamDocumentationAvant le workshop, ce serait bien de faire une passe d'ensemble sur la doc.
Pour qui est-elle destinée ? Contenu ?
***
Je ferme les tâches qui disent "il faut plus de doc". Ce n'est pas assez précis.
***
@magiraud @RyanHerb @Duez @mikael-sAvant le workshop, ce serait bien de faire une passe d'ensemble sur la doc.
Pour qui est-elle destinée ? Contenu ?
***
Je ferme les tâches qui disent "il faut plus de doc". Ce n'est pas assez précis.
***
@magiraud @RyanHerb @Duez @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1785Export ou import VDJtools2023-06-28T16:39:34+02:00Vidjil TeamExport ou import VDJtoolshttp://vdjtools-doc.readthedocs.org/en/latest/input.html#vdjtools-format
Nécessite d'avoir d'abord le CDR3.
***
@nobodyhttp://vdjtools-doc.readthedocs.org/en/latest/input.html#vdjtools-format
Nécessite d'avoir d'abord le CDR3.
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1781Indice/index de clonalité, diversité : par locus ?2022-02-17T09:53:37+01:00Vidjil TeamIndice/index de clonalité, diversité : par locus ?Ce serait intéressant d'avoir aussi les mesures de diversité par locus.
- avec un Stats étendu ? (bof, va stocker bcp de choses redondantes)
- avec BinReadStorage ? (et supprimer définitivement Stats ?)
- ou bien, peut-être plus simp...Ce serait intéressant d'avoir aussi les mesures de diversité par locus.
- avec un Stats étendu ? (bof, va stocker bcp de choses redondantes)
- avec BinReadStorage ? (et supprimer définitivement Stats ?)
- ou bien, peut-être plus simple, tout laisser tel quel et faire des boucles dans windowStorage au moment de computeDiversity()
***
Évoqué lors du VW16.
***
@nobodyAlgo 2022.01Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1779xxx problème dans le nommage de certains clones2017-02-04T10:12:16+01:00Vidjil Teamxxx problème dans le nommage de certains cloneshttp://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1347&config=25
Nom de la séquence : Unexpected -/home/vidjil/vidjil-release//germline//TRBV.fa /+/home/vidjil/vidjil-release//germline//IGHV.fa
***
d65a9c9 : c'était une feature, ou bien j'étais bou...http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=1347&config=25
Nom de la séquence : Unexpected -/home/vidjil/vidjil-release//germline//TRBV.fa /+/home/vidjil/vidjil-release//germline//IGHV.fa
***
d65a9c9 : c'était une feature, ou bien j'étais bourré ?
Disons que, en ligne de commande, ce sera souvent " Unexpected germline/TRBV.fa", ce qui peut être souhaitable, en particulier si on a "mouse/TRBV.fa" ou bien "new-germline/TRBV.fa".
Ici, c'est illisible parce que le chemin est absolu. Est-ce que cela pourrait être géré plutôt par le browser ? Comme tu veux, c'est vrai que ce n'est pas joli actuellement.
Si on veut changer cela dans le C++, il suffit de faire ce qu'on veut lignes 707 et 709 de segment.cpp. Il y a bien une fonction basename quelque part ?
***
ae31aba
***
@magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1777Release 2016-022016-11-29T14:40:30+01:00Vidjil TeamRelease 2016-02- Vk/Vk Nouredine
- index de clonalité : au moins entropie
- (déjà fait) corrections dans .vidjil, dans -z
***
Je fais cela ce matin (une dernière passe sur la doc dans le train). Peut-être pas le déploiement sur rbx, on verra.
***
pkg...- Vk/Vk Nouredine
- index de clonalité : au moins entropie
- (déjà fait) corrections dans .vidjil, dans -z
***
Je fais cela ce matin (une dernière passe sur la doc dans le train). Peut-être pas le déploiement sur rbx, on verra.
***
pkg #995 approuvé, mais vidjil-release pas déclenché tout seul (comme les fois d'avant) → vidjil-release lancé manuellement.
***
On dirait que vidiil-release a fonctionné... mais webpages/release-production ne marche pas (j'imagine que bioinfotest n'est plus là). Bref, comment publier la release ? Ou au moins récupérer le .tgz pour l'envoyer à Florian et Radia ?
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1776Génération de données simulées2018-04-16T16:54:14+02:00Vidjil TeamGénération de données simuléesIl y a notre programme Python maison mais aussi repgenHMM http://www.lps.ens.fr/~tmora/publi.html
***
@magiraud @mikael-sIl y a notre programme Python maison mais aussi repgenHMM http://www.lps.ens.fr/~tmora/publi.html
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1774BJH, .doc2016-11-29T14:40:28+01:00Vidjil TeamBJH, .docFait la semaine dernière
***
@magiraud @mikael-sFait la semaine dernière
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1771FineSegmenter et xxx en +/-, comme pour les Vk-Vk2017-07-05T09:15:55+02:00Vidjil TeamFineSegmenter et xxx en +/-, comme pour les Vk-VkLe FineSegmenter ne fonctionne pas encore sur les Vk-Vk de Nordine.
Le KmerSegmenter fonctionne bien, puis Germline::override_rep5_rep3_from_labels
positionne rep5 et rep3 tous les deux sur IGKV.fa
mais... Le deuxième V est sur le brin...Le FineSegmenter ne fonctionne pas encore sur les Vk-Vk de Nordine.
Le KmerSegmenter fonctionne bien, puis Germline::override_rep5_rep3_from_labels
positionne rep5 et rep3 tous les deux sur IGKV.fa
mais... Le deuxième V est sur le brin négatif, et pour l'instant on ne fait pas cela : le FineSegmenter est lancé en + sur l'ensemble, puis en - sur l'ensemble, pas en mélangé. En général, le FineSegmenter est incapable de segmenter un +V -J ou un -V +J. (tant mieux ?). Bref, sur les données de Nordine, le premier Vk est trouvé, pas le deuxième.
Solutions possibles:
1. Tester les 4 combinaisons dans le FineSegmenter, au moins quand on a xxx (et en profiter pour faire cela de manière plus générique qu'actuellement, il y a du code dupliqué pour le +/-)
2. Faire un Germline::override_rep5_rep3_from_labels qui prend en compte le strand (et donc reconstruit un rep3 renversé si les labels ne sont pas dans le même sens). Cela irait au bout de la logique du "xxx" avec détection d'une partie gauche et droite, en sortie du KmerSegmenter on a bien cette info de strand.
3. (Ou sinon, juste pour le Vk-Vk, faire une germline spéciale où il ne fait pas le revcomp. Bofbof.)
***
1. : Non, finalement ce n'est pas la logique du "xxx", on connait les strands, on ne va pas tester les 4 combinaisons (mais il faudrait tout de même un jour nettoyer le code dupliqué)
2: Mvoui, mais attention à ne pas recréer un rep3 renversé pour chaque séquence. Un peu lourd...
... mieux, 4: mettre juste un flag "opposite_strand" dans la germline, et le faire prendre en compte par le FineSegmenter. Ce serait plus simple et relativement propre, car le FineSegmenter utilise déjà des flags pour passer en revcomp. Mvouais, pas si facile...
dans tous les cas, factoriser le doublon dans segmenter.cpp:723-763 aiderait à faire la solution 4 (ou la solution 1).
Tentant... il va falloir que je me contrôle pour ne pas faire cela avant d'avoir envoyé mon HdR (arg, 10 jours).
***
à faire avant visite de Mathieu à Amiens, le lundi 8.
Lien avec VDDJ ?
***
8d25f55
***
Au final, doublon dans le code supprimé, et flags (reverted_V et reverted_J) passés depuis le KmerSegmenter MAX_12 vers le FineSegmented.
***
Yououh : https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil-benchmark/FILENAME=data%7dStanford_S22.fasta,GERMLINE=-G%20germline%7dIGH,label=bonsai-debian-wheezy-amd64/plot/
40% faster on IGH :-)
***
Ouaouh ! Vive le CERNA :)
Juste pour chipoter, il vaut mieux regarder ce graphique-là https://ci.inria.fr/bonsai/job/Vidjil-benchmark/FILENAME=testPr1.fastq.gz,GERMLINE=-G%20germline%7DIGH,label=bonsai-debian-wheezy-amd64/plot/ (ça baisse aussi)
Il y a très peu de clones détectés sur le jeu Stanford, et donc peu de clones passent à la FineSegmentation
***
Oui, j'étais emporté par mon enthousiasme et je me disais bien que c'était le meilleur chiffre. Bref, entre 20% et 40% suivant les cas :-)
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1767Notifications : mettre un lien vers le format de markdown (?) supporté sur la...2017-11-09T12:37:02+01:00Vidjil TeamNotifications : mettre un lien vers le format de markdown (?) supporté sur la page d'édition
***
@RyanHerb
***
@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1765clone.js, .getShortName() : setting pour afficher ou non les séquences2017-11-15T17:01:09+01:00Vidjil Teamclone.js, .getShortName() : setting pour afficher ou non les séquences
@mikael-s : "pas très lisible, tous ces chiffres."
On pourrait aussi afficher de temps en temps des séquences... si elles ne sont pas trop longues.
Par exemple 6/AAT/5, 6/AACAGT/7, 6/AACT...(12)/5
Et controller tout cela par un ...
@mikael-s : "pas très lisible, tous ces chiffres."
On pourrait aussi afficher de temps en temps des séquences... si elles ne sont pas trop longues.
Par exemple 6/AAT/5, 6/AACAGT/7, 6/AACT...(12)/5
Et controller tout cela par un paramètre.
***
Au passage, Lille voudrait voir -6/3/-5, mais on ne va pas faire cela pour l'instant.
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1764Nomenclature originale, PMC27063712022-06-20T18:15:41+02:00Vidjil TeamNomenclature originale, PMC2706371Florian:
Sinon, j'étais tombé sur ça il y a déjà quelques temps. Pour un humain, c'est complètement illisible, et ça demande des transformations. Ça a déjà 6 ou 7 ans, et j'ai l'impression que personne ne l'utilise non ? Des fois que ça ...Florian:
Sinon, j'étais tombé sur ça il y a déjà quelques temps. Pour un humain, c'est complètement illisible, et ça demande des transformations. Ça a déjà 6 ou 7 ans, et j'ai l'impression que personne ne l'utilise non ? Des fois que ça vous donne des idées. (PMC2706371)
Mathieu:
Rigolo, merci ! Effectivement, cela n'a pas l'air d'être utilisé, mais on devrait le regarder de plus près.
***
@nobody