vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-04-05T10:15:36+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3898Erreur dans le calcul de certain coverage2019-04-05T10:15:36+02:00Thonier FlorianErreur dans le calcul de certain coverageJe viens de regarder des données : https://app.vidjil.org/index.html?custom=53049&custom=54345&clone=43,82
Il s'agit du même clone avec une variation dasn le strectch de A. donc en lisant les tableaux de coverage de l'un et de l'autre, j...Je viens de regarder des données : https://app.vidjil.org/index.html?custom=53049&custom=54345&clone=43,82
Il s'agit du même clone avec une variation dasn le strectch de A. donc en lisant les tableaux de coverage de l'un et de l'autre, j'ai eu un doute.
|_average_read_length | 251 | 251 |
|:---------------------:|:-----:|:------:|
|_coverage_info |119 bp (51% of 251.0 bp) | 129 bp (51% of 251.0 bp)|
|_coverage | 0.51792| 0.51394|
En comparant les deux tableaux, j'ai remarqué que `129 gt 119`, pourtant, le coverage est en sens inverse. En faisant le calcul, il se trouve que c'est le premier qui est faux, 119 étant moins que la moitié que 251... On devrait donc avoir pour être précis `47,4103585657` dans la première colonne.
Je ne sais pas à quoi cette variation est dûe. Elle est présente dans le .vidjilhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3897Cas particulier d'un clone retrouvé dans une analyse2019-04-04T18:03:31+02:00Thonier FlorianCas particulier d'un clone retrouvé dans une analyseDésolé pour le nom, il n'est pas très parlant.
@Patrick a remonté une information sur un clone qui avait un problème de dénomination, et qui pouvait l’intéressé car il apparaissait/disparaissait/réapparaissait: https://app.vidjil.org/?...Désolé pour le nom, il n'est pas très parlant.
@Patrick a remonté une information sur un clone qui avait un problème de dénomination, et qui pouvait l’intéressé car il apparaissait/disparaissait/réapparaissait: https://app.vidjil.org/?set=30814&config=25&clone=94
Le souci c'est que ce clone à une séquence consensus très courte, environ 50% de la longueur moyenne. Point positif, on lève bien une alerte.
J'ai voulu regarder de plus près ce clone. J'ai exploité la nouvelle fonction `get_reads` pour obtenir un fichier se concentrant sur ses reads.
En regardant de plus près, on voit que toutes les séquences ont une première partie commune, sur les 60nt en 5', mais complètement différentes sur le reste, avec énormément de stretch de A. (voici le [fichier extrait](/uploads/0c8581c5f6ecd879c49270bffee86876/seq_patrick.fastq)).
J'ai alors voulu jouer avec pour comprendre les affectations, rallonger les fenêtres, ...
```
>seq1
ATCGATTTTCTGCAGAGAGGCTGACAGTGCTCGGTAAGAGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCACTCCGGAGAATCTCGTATGCCGTCTTCTGCTTGAAAAAAAAAAAAAAACAACAATAAAGAACATAAAACTATTCTGAATGTTAAAGAGACAAAAAAACAAATAATATAGAAGATAATATTACGAGGATACAGTAGAGTAATCTAGACATAGCAAAGTAAAACAGGACCAAGAAGGTTGGG
# 18 + VJ 1 18 23 251 seed TRB SEG_+ 1.972121e-08 5.559703e-16/1.972121e-08+B+B+B+B+B+B+B+B+B+B _ _ _ _ _ _ _ _+b+b+b+b+b+b+b+b _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
#>seq1 + VJ 1 18 23 251 w55/10 seed TRB SEG_+ 1.972121e-08 5.559703e-16/1.972121e-08
```
On peut donc voir que l'on n'a que quelques nt vus comme V et J, sur 251nt. Je pense donc qu'il s'agit d'un artefact.
Si j'essaye de rallonger la fenêtre, je n'ai pas le résultat escompté car il m'indique qu'il shift la fenêtre, probablement trop proche en 5'. Je me retrouve donc quoi qu'il arrive avec la même fenêtre.
Quoi qu'il en soit, je ne sais pas quoi faire de cette séquence. Je peux l'ajouter dans un test, mais que devrait-on y mettre ? On ne devrait pas la ressortir comme un clone avec si peu d'affectations de kmer ?
cc @magiraud @mikael\-s @Patrickhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3896Ameliorer l'interaction avec des sample dans la vue timeline2021-11-22T14:34:47+01:00Thonier FlorianAmeliorer l'interaction avec des sample dans la vue timelinePour le moment, nous avons seulement moyen de cacher les samples en les déplaçant par drag n drop. Ce n'est pas optimal, surtout quand on arrive à de grands nombres de samples tel que nous en avons maintenant dans les runs.
Du coup, je...Pour le moment, nous avons seulement moyen de cacher les samples en les déplaçant par drag n drop. Ce n'est pas optimal, surtout quand on arrive à de grands nombres de samples tel que nous en avons maintenant dans les runs.
Du coup, je pense qu'il faut rajouter une interaction sur les noms de samples pour que l'on puisse les cacher par des clics directement dessus.
* Quelle combinaison ? juste un double clic, ctrl+clic ?
* Pouvoir cacher tous les autres par un shift+clic comme sur les locus (que l'on pourrait d’ailleurs implémenter aussi sur les tags).
* Afficher le nombre de samples cachés au lieu des points de suspension.
cc @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3895Comparer dans le client beaucoup de samples d'un coup2019-12-13T12:26:11+01:00Mathieu GiraudComparer dans le client beaucoup de samples d'un coup@Anne, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960 :
> la visualisation par run est aussi un peu longue à ouvrir et pas très facile à manier (65 samples dans mon dernier run)
Oui ! C'est dommage. Nous avons des c...@Anne, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960 :
> la visualisation par run est aussi un peu longue à ouvrir et pas très facile à manier (65 samples dans mon dernier run)
Oui ! C'est dommage. Nous avons des choses en cours de développement pour avoir une vue d'ensemble sur un run via une page du ~server (~"server\-qc\-stats"), mais on pourrait se demander ce qu'on pourrait voir depuis le ~client.
L'axe `number of samples sharing each clone` peut être utile. Voir par exemple http://app.vidjil.org/?set=30982&config=2&plot=v,nbSamples,grid&clone=7,25,166 , ici au moins trois clones se trouvent dans au moins 10 samples.
Y aurait-il un moyen de mieux voir cela ?
- limiter le ~"client\-graph" ? À un moment, on n'affichait qu'au plus 20 samples (mais c'était ~"server\-fuse"). Cela pourrait être une limitation soft, ou les données sont présentes et on se contente de cacher (dans l'épingle à droite) des choses (serait-ce plus rapide ?)
- enlever complètement le ~"client\-graph" ? (mais comment indiquer clairement qu'on visualise alors un sample ? mettre en valeur le nom du sample en haut à gauche ?)
- avoir par défaut une vue ~"client\-grid" avec l'axe `nbSamples` ? (~"!\-easy") Si on enlève le ~"client\-graph", on pourrait avoir cette vue en plus de la ~"client\-grid" habituelle.
- avoir une autre vue faite pour cela, qui remplace le ~client-graph et qui donne un "résumé" lisible (type #1887) ? (~"!\-hard")
cc @flothoni @mikael\-s
~"client\-axis"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3894Roadmap à long terme2020-03-09T12:48:30+01:00Mathieu GiraudRoadmap à long terme#1, #2, #3, #4, #5 et #6 n'étaient pas particulièrement des choses précises à faire, mais une ~"+\-roadmap". Si cela est pertinent, reprendre et/ou mettre à jour ces textes dans quelque chose comme `doc/roadmap.md` et/ou sur la page web.#1, #2, #3, #4, #5 et #6 n'étaient pas particulièrement des choses précises à faire, mais une ~"+\-roadmap". Si cela est pertinent, reprendre et/ou mettre à jour ces textes dans quelque chose comme `doc/roadmap.md` et/ou sur la page web.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3889Actualiser régulièrement la CloneDB2023-04-03T12:00:21+02:00Anne de SeptenvilleActualiser régulièrement la CloneDBJ'ai ajouté un nouveau run hier, et quand je recherche un clone (qui vient manifestement d'une contamination par le patient voisin), il n'est pourtant pas retrouvé dans CloneDB. Peut-être est-ce simplement parce qu'il faut attendre une a...J'ai ajouté un nouveau run hier, et quand je recherche un clone (qui vient manifestement d'une contamination par le patient voisin), il n'est pourtant pas retrouvé dans CloneDB. Peut-être est-ce simplement parce qu'il faut attendre une actualisation de Clone DB ?
C'est dommage car cela ne me permet pas de contrôler certains clones dans l'immédiat.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3888"to CloneDB" fait disparaître l'affichage dans le panneau supérieur2020-06-09T11:19:14+02:00Anne de Septenville"to CloneDB" fait disparaître l'affichage dans le panneau supérieurQuand je sélectionne un clone et que je l'envoie sur CloneDB, la visualisation de clones dans les 2 panneaux de droite (clone average read length et V/J) disparaît, puis seule la visualisation du panneau inférieur V/J réapparaît.Quand je sélectionne un clone et que je l'envoie sur CloneDB, la visualisation de clones dans les 2 panneaux de droite (clone average read length et V/J) disparaît, puis seule la visualisation du panneau inférieur V/J réapparaît.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3887vidjil-algo: parse config.labels within CL11_json2019-04-02T16:45:19+02:00Mathieu Giraudvidjil-algo: parse config.labels within CL11_json!456 permet de répondre en partie à #3838, mais ce serait plus joli d'avoir du code directement dans `CL11_json` pour faire cela avec !446.!456 permet de répondre en partie à #3838, mais ce serait plus joli d'avoir du code directement dans `CL11_json` pour faire cela avec !446.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3886Testing spike-normalization.py2021-01-19T10:53:29+01:00Mathieu GiraudTesting spike-normalization.pyDear @meidanis,
Thank you for d872b7733.
Could you put a short `.vidjil` test file (in `tools/tests/data`) to be given as an input as your script ?
Ideally we would like to have a short test `tools/tests/should-get-tests/spike-norma...Dear @meidanis,
Thank you for d872b7733.
Could you put a short `.vidjil` test file (in `tools/tests/data`) to be given as an input as your script ?
Ideally we would like to have a short test `tools/tests/should-get-tests/spike-normalization.should-get`.
For an example, run from `tools/tests/` the command `../should.py should-get-tests/fuse-three-files.should-get`
More documentation on http://should-test.net/.
cc @mikael\-s @flothoni2019-04-24https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3885Intro.js ou autres2021-11-19T11:06:57+01:00Mathieu GiraudIntro.js ou autresVu par @flothoni : https://introjs.com/
Existe-t-il d'autres solutions ?
Question @mikael\-s : peut-on interagir avec l'application pendant ce temps ?
Sinon, pas très différent d'une vidéo/screencast #2715. La question du contenu est o...Vu par @flothoni : https://introjs.com/
Existe-t-il d'autres solutions ?
Question @mikael\-s : peut-on interagir avec l'application pendant ce temps ?
Sinon, pas très différent d'une vidéo/screencast #2715. La question du contenu est orthogonale.
Plutôt ~"wont\-fix" pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3884Flex2020-08-27T12:20:21+02:00Mathieu GiraudFlexcc @flothoni
https://css-tricks.com/snippets/css/a-guide-to-flexbox/cc @flothoni
https://css-tricks.com/snippets/css/a-guide-to-flexbox/https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3881Doc : add germline genes, hypermutations...2019-03-29T14:39:25+01:00Mathieu GiraudDoc : add germline genes, hypermutations...(pas besoin d'attendre #2836...)
Voir aussi #3877.
cc @flothoni (pas besoin d'attendre #2836...)
Voir aussi #3877.
cc @flothoni https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3880My Account: Pouvoir accéder facilement aux dernières analyses effectuées2020-12-10T09:30:51+01:00Anne de SeptenvilleMy Account: Pouvoir accéder facilement aux dernières analyses effectuéesCela m'arrive régulièrement de relancer des analyses sur des patients plus ou moins anciens.
Ce serait pratique de pouvoir facilement retrouver les dernières analyses effectuées, car via la liste de patients, ces analyse sont loin, et ép...Cela m'arrive régulièrement de relancer des analyses sur des patients plus ou moins anciens.
Ce serait pratique de pouvoir facilement retrouver les dernières analyses effectuées, car via la liste de patients, ces analyse sont loin, et éparpillées.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3877Mettre à jour la doc sur "voir tous les clones" et sur "get reads" / récupére...2019-09-24T17:54:47+02:00Mathieu GiraudMettre à jour la doc sur "voir tous les clones" et sur "get reads" / récupérer les readsOn reçoit encore fréquemment des demandes. Ce serait bien d'avoir une référence en ligne plus claire.
Refaire une passe sur http://www.vidjil.org/doc/user/#can-i-see-all-the-clones-and-all-the-reads et
http://www.vidjil.org/doc/user/#go...On reçoit encore fréquemment des demandes. Ce serait bien d'avoir une référence en ligne plus claire.
Refaire une passe sur http://www.vidjil.org/doc/user/#can-i-see-all-the-clones-and-all-the-reads et
http://www.vidjil.org/doc/user/#going-back-to-the-analyzed-reads
- pour expliquer le get reads #1469
- et pour #3842
- et si d'autres choses nous viennent en tête là-dessus
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3876Ajouter une colonne pourcentage par locus dans la liste des clones2019-03-28T13:38:28+01:00Thonier FlorianAjouter une colonne pourcentage par locus dans la liste des clonesIl semble que cela rentre dans les règles de définition de la clonalité. On pourrait imaginer affichier l'information aisément en rajoutant une colonne avec cette information. Cependant, je ne sais pas si cela ne surchargera pas trop cet...Il semble que cela rentre dans les règles de définition de la clonalité. On pourrait imaginer affichier l'information aisément en rajoutant une colonne avec cette information. Cependant, je ne sais pas si cela ne surchargera pas trop cette liste.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3875Deux personnes peuvent acceder au même sample/run en même temps2019-03-25T15:31:30+01:00Thonier FlorianDeux personnes peuvent acceder au même sample/run en même tempsOn devrait éclaircir le comportement en cas ou l'on est plusieurs personnes à accéder au même fichier.
Je ne sais pas la mécanique à mettre en place. C'est probablement assez compliqué. Je me demande si l'on ne devrait pas avoir un sock...On devrait éclaircir le comportement en cas ou l'on est plusieurs personnes à accéder au même fichier.
Je ne sais pas la mécanique à mettre en place. C'est probablement assez compliqué. Je me demande si l'on ne devrait pas avoir un socket ou une session pour savoir si un fichier est déjà accéder par quelque qu'un d'autre.
Il faudrait s'inspirer des autres logiciels du même genre, ou des règles de dev en vigueur. Vous avez des idées ?
@magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3874Tout passe en selection si shift+click sur les locus2019-03-25T13:17:40+01:00Thonier FlorianTout passe en selection si shift+click sur les locusAprès il faut donc reclicker en dehors pour "désélectionner", si on a une liste de clones select, on peut très facilement l'effacer.
Je ne sais pas à quoi c'est dû. Ca ne me semble pas constant. Je pense à un problème dans la fonction ...Après il faut donc reclicker en dehors pour "désélectionner", si on a une liste de clones select, on peut très facilement l'effacer.
Je ne sais pas à quoi c'est dû. Ca ne me semble pas constant. Je pense à un problème dans la fonction de désactivation des combinaisons de touches.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3873pouvoir restreindre les logs par patient/run2021-11-19T11:06:57+01:00Thonier Florianpouvoir restreindre les logs par patient/runJe sais que l'on log tout, mais il me semble que l'on affiche sans filtre les logs d'un groupe. On pourrait imaginer un process pour restreindre aux logs qui concerne directement le patient concerné.Je sais que l'on log tout, mais il me semble que l'on affiche sans filtre les logs d'un groupe. On pourrait imaginer un process pour restreindre aux logs qui concerne directement le patient concerné.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3872Enlerver d'un coup tous les autres samples d'une analyse2021-11-22T12:32:45+01:00Thonier FlorianEnlerver d'un coup tous les autres samples d'une analyseLa demande est quelque part similaire à #2726. Après avoir ouvert un run, on voudrait pouvoir recentrer sur un seul fichier, voir sur ce patient, voir sur ce sample.
Dans ce cas, il faut reouvrir le sample différemment. Mais on pourrai...La demande est quelque part similaire à #2726. Après avoir ouvert un run, on voudrait pouvoir recentrer sur un seul fichier, voir sur ce patient, voir sur ce sample.
Dans ce cas, il faut reouvrir le sample différemment. Mais on pourrait déjà envisager une alternative en cachant d'un coup l'ensemble des autres samples du reads. Dans ce cas, on pourrait aussi cacher les clones d'autres samples (peut-être difficile).
On pourrait aussi imaginer un shortcut pour cacher d'un coup tous ces samples, un peu comme pour les locus.
Enfin, dernière possibilité, ouvrir dans un nouvel onglet le sample en solo. Mais dans ce cas comment gérer les sauvegardes ... pas simple de mon point de vue.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3871Ajouter une etiquette "dimers" dans les tags de clones2019-03-25T13:14:26+01:00Thonier FlorianAjouter une etiquette "dimers" dans les tags de clonesJe pense que l'on pourrait rajouter ce tag. Pour le moment ~"REN\-Rennes" utilise hide. Cette information n'est pas sauvegardée. J'ai suggéré de mettre un tag sur ces clones pour y remerdié. CEpdnant, nous n'avons pas un tag dédié.
On p...Je pense que l'on pourrait rajouter ce tag. Pour le moment ~"REN\-Rennes" utilise hide. Cette information n'est pas sauvegardée. J'ai suggéré de mettre un tag sur ces clones pour y remerdié. CEpdnant, nous n'avons pas un tag dédié.
On pourrait mettre custom, mais les dimers mériterais peut-être un tag spécifique.