vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-02-11T10:46:03+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4172fichier vidjil avec clone null dans l'interface web2020-02-11T10:46:03+01:00Thonier Florianfichier vidjil avec clone null dans l'interface webAvec la nouvelle option `--no-clone`, nous avons des fichiers avec des valeurs de clones qui sont égal à `null`.
L'interface dans ces cas là plante et nous n'avons aucunes information, ni les logs de dispo.
En lien avec #1773.Avec la nouvelle option `--no-clone`, nous avons des fichiers avec des valeurs de clones qui sont égal à `null`.
L'interface dans ces cas là plante et nous n'avons aucunes information, ni les logs de dispo.
En lien avec #1773.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2889Bypass your cache2020-02-11T11:17:12+01:00Mathieu GiraudBypass your cacheOriginellement dans #2734 :
On doit souvent dire aux utilisateurs de recharger Vidjil. Une suggestion pour indiquer de recharger le cache :
"Note that you should fully reload Vidjil to take into account these changes. Usually `shift+F5...Originellement dans #2734 :
On doit souvent dire aux utilisateurs de recharger Vidjil. Une suggestion pour indiquer de recharger le cache :
"Note that you should fully reload Vidjil to take into account these changes. Usually `shift+F5` or `control+F5` works, see https://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:Bypass_your_cache ."
Est-ce que cette phrase est bonne ?
Est-ce que ce type de phrase aurait aussi sa place quelque part dans la doc ?
(#2734 parle de comment réduire le besoin de ceci.)
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4100Des clones segEdited dans le analysis provoque une boucle infinies dans le se...2020-02-13T11:02:57+01:00Thonier FlorianDes clones segEdited dans le analysis provoque une boucle infinies dans le segmenter[Ici]( https://vlp004chr.chrul.net/browser/?set=32668&config=35).
Il semble, suite à un git bisect, que l'erreur se trouve dans le commit d36ca5022. Il se trouve que nous avons bien dans le fichier analysis des données de imgt.
Or, nou...[Ici]( https://vlp004chr.chrul.net/browser/?set=32668&config=35).
Il semble, suite à un git bisect, que l'erreur se trouve dans le commit d36ca5022. Il se trouve que nous avons bien dans le fichier analysis des données de imgt.
Or, nous avons une erreur dans le fichier segmenter.js (function `computeAAseq`).
Je cherche encore le mécanisme.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4183Lignes des graphiques d'export du rapport mal positionées2020-02-13T14:55:09+01:00Thonier FlorianLignes des graphiques d'export du rapport mal positionéesLe problème est présent sur firefox et chrome.
Nous observons sur les graphique du rapport un décallage des lignes, qui ne sont plus centré par rapport au axes, mais collé au bord droit de la zone graphique.
J'ai fait un git bisect, j...Le problème est présent sur firefox et chrome.
Nous observons sur les graphique du rapport un décallage des lignes, qui ne sont plus centré par rapport au axes, mais collé au bord droit de la zone graphique.
J'ai fait un git bisect, je trouve 68c3fd044d70042d9f9ec6976f133d21f75fa13a comme premier commit à problème.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2964Séquence non analysée avec la présence du gène constant2020-02-13T16:42:59+01:00Anne de SeptenvilleSéquence non analysée avec la présence du gène constantJ'ai passé dans mon dernier run, 4 patients dont le clontype a été amplifié sur cDNA (et non ADN),
Notamment celui ci, dont le clonotype n'est pas du tout reconnu par Vidjil :
https://app.vidjil.org/index.html?set=26028&config=2
La re...J'ai passé dans mon dernier run, 4 patients dont le clontype a été amplifié sur cDNA (et non ADN),
Notamment celui ci, dont le clonotype n'est pas du tout reconnu par Vidjil :
https://app.vidjil.org/index.html?set=26028&config=2
La reconnaissance du J est peut-être gênée par les mutations ?
Séquence attendue (obtenue en Sanger, et visible sans problème sur Arrest)
```
>CHA
caggtcaccttgaaggagtctggtcctgtactggttaaacccacagagaccctcacgctgacgtgcaccgtctctgggttctcactcaacagtgctagaatgggtgtgacctggatccgtcagtccccagggaaggccctggaatggcttgcacacatttcctcgaatgacgaaaaattgtatagtacatctctgaagaccaggctcaccatctccaaggacacctccagaagccaggtggtcctcaccgtgaccaacatggaccctgtggacacagccacatattactgtgcacggacacggggagtatatagttatgattctcttgagtactggggccagggagccctgatcaccgtctccgcag
```Algo -- Importanthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1703grep_reads2020-02-13T17:19:04+01:00Vidjil Teamgrep_readsFaire un outil indépendant, en c++, qui fait un grep sur .fa / .fa.gz / .fq.
Avec options approché, reverse complement, count, filtres qualité...
Cela nous servirait pour nous... et peut-être même cela serait utile, via le serveur, pour...Faire un outil indépendant, en c++, qui fait un grep sur .fa / .fa.gz / .fq.
Avec options approché, reverse complement, count, filtres qualité...
Cela nous servirait pour nous... et peut-être même cela serait utile, via le serveur, pour une version du "get reads".
... et ... cela existe déjà sûrement.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4143mkdocs: réorganiser la navigation dans la doc2020-02-18T10:16:19+01:00Mathieu Giraudmkdocs: réorganiser la navigation dans la docBeaucoup de fichiers et de points d'entrées, http://www.vidjil.org/doc devient un peu complexe.
On a la possibilité de faire une doc hiérarchique, je fais bientôt une proposition.Beaucoup de fichiers et de points d'entrées, http://www.vidjil.org/doc devient un peu complexe.
On a la possibilité de faire une doc hiérarchique, je fais bientôt une proposition.Déploiement 2020.06Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4193Certains tests ne sont plus lancés2020-02-20T16:38:18+01:00Mathieu GiraudCertains tests ne sont plus lancésVu par @flothoni il y a deux jours:
> je viens de pousser des modifs sur !565 et !564. Et je m'aperçois que les jobs ne contiennt plus les stage habituelles mais jsute le release-tgz et deploy.
Bien vu.
Aïe, serait-ce une conséquence ...Vu par @flothoni il y a deux jours:
> je viens de pousser des modifs sur !565 et !564. Et je m'aperçois que les jobs ne contiennt plus les stage habituelles mais jsute le release-tgz et deploy.
Bien vu.
Aïe, serait-ce une conséquence de !597 ? D'autres choses ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4148Utiliser only: pour lancer les tests de doc sur toute modification sur doc/2020-02-21T07:15:21+01:00Mathieu GiraudUtiliser only: pour lancer les tests de doc sur toute modification sur doc/Pour commencer #3588.
Merci Mikaël pour cette suggestion :)
(et aussi si mkdocs.yml change ? tant pis si pas possible)Pour commencer #3588.
Merci Mikaël pour cette suggestion :)
(et aussi si mkdocs.yml change ? tant pis si pas possible)Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/915Calculer valeur entière d'un k-mer à partir de la précédente et non pas recal...2020-02-21T21:20:02+01:00Vidjil TeamCalculer valeur entière d'un k-mer à partir de la précédente et non pas recalculer from scratchnon, difficile pour spaced seeds
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Même dans le cas d'une graine espacée, cela peut se faire en O(1), en stockant juste un buffer plein, sans les espaces, en faisant évoluer le buffer à chaque caractère, puis en appliquant le masque qu...non, difficile pour spaced seeds
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Même dans le cas d'une graine espacée, cela peut se faire en O(1), en stockant juste un buffer plein, sans les espaces, en faisant évoluer le buffer à chaque caractère, puis en appliquant le masque qu'il faut pour avoir la valeur. On passerait de O(nk) à O(n).
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kmerstore.h : getResults (rigolo, actuellement pas du tout la même implémentation pour Map et Array, pourquoi ?)
- buffer = (buffer << 2) && xx || yy
- kmer = buffer && zz
... mais après il reste dans kmer des trous à zéro.
Enlever ces zéros n'est pas si facile et revient, dans le cas le pire, en O(k).
Une autre solution est de laisser ces zéros, ce qui fait juste "gâcher" 4x d'espace par joker pour le ArrayKmerStore (et rien pour le MapKmerStore). Jouable, non ?
Mais seul un esprit supérieurement templatisé réussira à faire cela...
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(et le "gâchis" est le même que celui induit par les jokers dans Aho)
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> kmerstore.h : getResults (rigolo, actuellement pas du tout la même implémentation pour Map et Array, pourquoi ?)
eb031bf2 et f7f1690
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branch spaced
Ne marche pas encore
Voir par exemple
sh should-to-tap.sh multi-short-affects.should_get
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1575Enregistrer les analyses globalement, par patient, pas par config2020-02-25T10:51:33+01:00Vidjil TeamEnregistrer les analyses globalement, par patient, pas par configQuand on navigue entre plusieurs configs, il faut tout recommencer. On pourrait hésiter pour certains éléments (les couleurs, les merges, et encore), mais pour d'autres non (les noms des points).
Bref, par simplicité, on pourrait décide...Quand on navigue entre plusieurs configs, il faut tout recommencer. On pourrait hésiter pour certains éléments (les couleurs, les merges, et encore), mais pour d'autres non (les noms des points).
Bref, par simplicité, on pourrait décider de ne sauver qu'un seul .analysis par patient. (Cela veut dire qu'il pourrait y avoir plusieurs tailles de fenêtre différent.) Cela permettrait dès maintenant de mieux naviguer entre plusieurs configs, de mieux faire les transitions entre versions/configs, et ce sera encore plus vrai dans le futur, si on a d'autres logiciels.
- qu'en pensez-vous ? est-ce souhaitable ?
- est-ce difficile ou pas ?
- et, si on le fait, il faudra regarder la transition (pas de soucis si un seul fichier .analysis sauvé pour une seule config, sinon regarder à la main, mais il n'y aura pas beaucoup de cas).
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discuté la semaine dernière ensemble, Marc trouvait cela faisable... ce serait très souhaitable et simplifierait beaucoup de choses.
Pour mémoire, cela veut bien dire qu'il y a des clones mentionnés dans le .analysis qui ne concernent peut-être pas la config en cours, mais que ces infos doivent tout de même être sauvegardées.
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> d29c81d6
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@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3907Vérifier qu'un pre-process a le bon nombre de fichiers avant de le soumettre/...2020-03-09T11:58:41+01:00Mikaël SalsonVérifier qu'un pre-process a le bon nombre de fichiers avant de le soumettre/lancerUn peu discuté dans vdj#868 : on peut choisir un pre-process et ne pas sélectionner tous les fichiers sans que le formumlaire se plaigne.
De plus on peut imaginer la situation où l'upload d'un des deux fichiers plante.
Bref il faut vér...Un peu discuté dans vdj#868 : on peut choisir un pre-process et ne pas sélectionner tous les fichiers sans que le formumlaire se plaigne.
De plus on peut imaginer la situation où l'upload d'un des deux fichiers plante.
Bref il faut vérifier que le bon nombre de fichiers requis est dispo à la soumission et avant de lancer le pre-processMikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3894Roadmap à long terme2020-03-09T12:48:30+01:00Mathieu GiraudRoadmap à long terme#1, #2, #3, #4, #5 et #6 n'étaient pas particulièrement des choses précises à faire, mais une ~"+\-roadmap". Si cela est pertinent, reprendre et/ou mettre à jour ces textes dans quelque chose comme `doc/roadmap.md` et/ou sur la page web.#1, #2, #3, #4, #5 et #6 n'étaient pas particulièrement des choses précises à faire, mais une ~"+\-roadmap". Si cela est pertinent, reprendre et/ou mettre à jour ces textes dans quelque chose comme `doc/roadmap.md` et/ou sur la page web.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4203Dockeriser les tests algo sur divers compilateurs2020-03-10T09:49:03+01:00Mikaël SalsonDockeriser les tests algo sur divers compilateursPour des questions de maintenance il serait préférable de dockeriser les tests algos multi-compilateurs. Pour l'instant on a divers compilateurs installés sur un slave, mais on est à la merci de l'évolution de ce slave. Ce n'est pas très...Pour des questions de maintenance il serait préférable de dockeriser les tests algos multi-compilateurs. Pour l'instant on a divers compilateurs installés sur un slave, mais on est à la merci de l'évolution de ce slave. Ce n'est pas très robuste.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4213Le top de fuse n'est pas bon2020-03-16T15:56:59+01:00Thonier FlorianLe top de fuse n'est pas bonUne erreur que je pensais corrigé et dont je me suis aperçu l'autre jour. Le top n'est pas bon, nous avons un `<` au lieu d'un `<=` dans la fonction `cut`.
Concrètement, cela donne que si nous choisissons un top 10, nous n'avons que 9 ...Une erreur que je pensais corrigé et dont je me suis aperçu l'autre jour. Le top n'est pas bon, nous avons un `<` au lieu d'un `<=` dans la fonction `cut`.
Concrètement, cela donne que si nous choisissons un top 10, nous n'avons que 9 clones.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3870Trier automatiquement les clones de la liste2020-03-18T08:40:50+01:00Thonier FlorianTrier automatiquement les clones de la listeRennes préfére avoir un reclassement automatique des clones dans la liste.
Dans ce cas, on pourrait avoir une case a cocher pour spécifier si on veux ou non ce comportement
En lien avec l'enregistrement des settings (#2836 ?)Rennes préfére avoir un reclassement automatique des clones dans la liste.
Dans ce cas, on pourrait avoir une case a cocher pour spécifier si on veux ou non ce comportement
En lien avec l'enregistrement des settings (#2836 ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4104N'afficher dans le graph que les clones du sample courant2020-03-18T08:40:50+01:00Mikaël SalsonN'afficher dans le graph que les clones du sample courantSolution pour éviter ce type de graph : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960
À activer automatiquement au delà d'un certain nombre de samples (mais doit être désactivable/activable à la main aussi).Solution pour éviter ce type de graph : https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960
À activer automatiquement au delà d'un certain nombre de samples (mais doit être désactivable/activable à la main aussi).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4211getHTMLinfo : adapter pour clones de distributions, representative sequence2020-03-18T08:57:26+01:00Mathieu GiraudgetHTMLinfo : adapter pour clones de distributions, representative sequenceDiscuté avec @flothoni: enlever cette section
Aussi enlever le get reads (il y avait une autre issue ?)Discuté avec @flothoni: enlever cette section
Aussi enlever le get reads (il y avait une autre issue ?)Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3911Fusion de reads avec Flash2020-03-20T12:20:57+01:00Mathieu GiraudFusion de reads avec FlashSuite à #3219, on part donc avec Flash.
@flothoni :
> Je vais donc rajouter flash2 (GPLv3) sur le serveur. Je fais un test sur dev avant pour vérifier la manipulation sur docker.Suite à #3219, on part donc avec Flash.
@flothoni :
> Je vais donc rajouter flash2 (GPLv3) sur le serveur. Je fais un test sur dev avant pour vérifier la manipulation sur docker.Déploiement 2020.06https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3219Fusion de reads : essayer Flash (et BBMerge ?)2020-03-20T12:51:41+01:00Mikaël SalsonFusion de reads : essayer Flash (et BBMerge ?)Dans la publi d'OAS (cf. vdj#677) ils disent utiliser FLASH pour fusionner les reads :
* Site d'origine : https://ccb.jhu.edu/software/FLASH/
* Github : https://github.com/dstreett/FLASH2
L'avantage c'est que c'est open source.
Un arti...Dans la publi d'OAS (cf. vdj#677) ils disent utiliser FLASH pour fusionner les reads :
* Site d'origine : https://ccb.jhu.edu/software/FLASH/
* Github : https://github.com/dstreett/FLASH2
L'avantage c'est que c'est open source.
Un article compare plusieurs logiciels de fusion (dont le leur, BBMerge, qui est évidemment le meilleur) : http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0185056
Flash semble faire moins d'erreur que PEAR et être plus rapide. Flash est aussi plus rapide que BBMerge sur 1 thread. Mais il semble moins correct que BBMerge (d'après leur évaluation…). C'est Flash 1 qui est testé et non Flash 2. BBMerge ne semble pas être distribué seul mais au sein d'un package regroupant d'autres logiciels ce qui risque de rendre la distribution moins pratique.Thonier FlorianThonier Florian